1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고와 원고의 동생 B을 포함한 6명(이하 ‘원고 등’이라 한다)은 2007. 12. 13. 비상장회사인 C 주식회사(이하 ‘C’이라 한다)가 발행한 주식 44,800주(이하 ‘이 사건 44,800주’라 한다)를 엠앤엠 주식회사(이후 승화산업 주식회사로 상호가 변경되었다, 이하 ‘승화산업’이라 한다)에게 양도하는 내용을 포함하는 주식 및 경영권 양수도계약을 체결하고, 계약 당일 계약금 및 중도금으로 80억 원을, 2008. 1. 10. 잔금으로 1,695,616,000원을 지급받았다.

원고

등은 이를 주식 및 출자지분의 양도로 보아 10%의 세율을 적용하여 2008. 5. 27. 양도소득세를 신고납부하였다.

나. 원고는 2010. 12. 14. 엠앤엠산업 주식회사에게 C의 발행주식 5,200주(이하 ‘이 사건 5,200주’라 한다)를 1,395,160,000원에 양도하는 주식 양수도계약을 체결하고, 계약 당일 계약금 10억 원, 2010. 12. 24. 잔금 395,160,000원을 지급받았으며, 세율 10%를 적용하여 2011. 2. 28. 양도소득세를 신고납부하였다.

다. 서울지방국세청장은 주식변동조사를 실시하여 ① 원고는, 원고 등이 이 사건 44,800주를 양도한 때로부터 3년 이내에 이 사건 5,200주를 양도하였으므로, 위 각 주식은 소득세법 제94조 제1항 제4호의 기타자산에 해당하는 특정주식(과점주주가 소유하는 부동산과다보유법인의 주식)에 해당하여 누진세율을 적용하여야 하고, ② 원고가 이 사건 5,200주를 양도한 2010. 12. 24.로부터 3개월 이내인 2010. 10. 1. 승화산업이 마이트앤메인 주식회사에 C의 발행주식 2,987주를 주당 167,392원에 거래한 사실이 있으므로, 위 거래가액을 위 주식의 시가로 보아야 하는데, 원고는 이 사건 5,200주를 그보다 높은 주당 268,300원에 양도함으로써 그 차액 상당[(268,300원 - 167,392원) × 5,200주 - 3억 원]을...