1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 비상장법인인 주식회사 B(상호를 ‘주식회사 C’로 변경하였으며, 이하 ‘이 사건 회사’라 한다) 발행주식 261,000주를 보유하고 있었는데, 그 중 171,100주(이하 ‘이 사건 제1주식’이라 한다)를 2009. 7. 21. 주식회사 D(이하 ‘D’이라 한다)에게 대금 412억 원에 양도한 후 2009. 11. 27. 양도소득세율 100분의 10을 적용하여 2009년 귀속 양도소득세를 신고납부하였다.

나. 이후 원고는 2012. 8. 24. 주식회사 C(이하 ‘C’이라 한다)에게 나머지 주식 90,000주(이하 ‘이 사건 제2주식’이라 하고, 이 사건 제1주식과 합쳐서 ‘이 사건 각 주식’이라 한다)를 대금 162억 900만 원에 양도한 후 2012. 11. 30. 양도소득세율 100분의 10을 적용하여 2012년 귀속 양도소득세를 신고납부하였다.

다. 피고는 이 사건 제2주식 양도일 현재 이 사건 회사가 ‘중소기업’에 해당하지 않는다고 보아 양도소득세율 100분의 20을 적용하여 2014. 4. 1. 원고에게 2012년 귀속 양도소득세 1,687,437,170원을 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.

원고가 이 사건 처분에 불복하여 2014. 5. 8. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2014. 5. 8. 기각되자, 원고는 여기에 불복하여 2014. 12. 22. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장 이 사건 제1주식 양도와 이 사건 제2주식 양도의 각 매매계약서는 대금지급과 명의개서를 위한 부수적인 계약서에 불과하고, 이 사건 제1주식 양도시 작성한 매매계약서의 부속합의서가 원고가 보유하던 이 사건 회사 발행주식 전부를 매매하는 것을 내용으로 하는 실질적인 주된 계약서로서, 이 사건 제1주식 양도와...