1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 2008. 7. 1.경부터 자동차 정비업을 영위해오고 있는 법인으로, 2012. 1. 1.부터 2015. 12. 31.까지 원고 대표이사인 B 명의의 농협 계좌(C) 및 국민은행 계좌(D, 이하 위 농협 계좌와 통틀어 ‘이 사건 각 계좌’라 한다)를 통해 정비용역에 대한 대가 일부를 수령하였다.

중부지방국세청장은 2016. 4. 28.부터 2016. 6. 3.까지 원고의 사업연도 2012년부터 2015년까지에 대한 법인세 통합조사를 실시하고, 이 사건 각 계좌에 입금된 돈 중 416,540,000원을 원고의 정비용역에 대한 대가로서 매출금액으로 보아 원고가 이를 누락하고 신고하였음을 이유로, 피고에게 원고에 대한 부가가치세 및 법인세 등을 경정ㆍ고지할 것을 통보하였다.

이에 피고는 2016. 8. 1. 원고에게 2012년부터 2015년까지의 법인세 합계 57,320,230원, 2012년 1기부터 2015년 2기까지의 부가가치세 합계 59,231,720원을 경정ㆍ고지하였다가, 이후 원고의 중부지방국세청장에 대한 이의신청 및 국세청장에 대한 심사청구를 거치면서 최종적으로 원고가 385,774,000원(부가가치세 포함, 이하 ‘이 사건 매출누락액’이라 한다)을 매출에서 누락하였다고 보고, 일부 감액하여 별지 1 기재와 같이 법인세 합계 42,806,710원, 부가가치세 합계 54,804,910원을 재경정ㆍ고지하였다

(이하 위와 같이 감액된 위 2016. 8. 1.자 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1 내지 12, 17, 18호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 이 사건 처분의 적법 여부 원고의 주장 계좌에 입금된 현금을 매출누락으로 과세하기 위해서는 당해 금원이 매출과 관련되었다는 관련 정황을 확인하고 당해 사업자가 부가가치세로 신고한 내용 중...