1. 원고의 주위적 청구와 예비적 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 남성복 도소매업 등을 영위하는 법인으로서 2009. 7. 30.부터 2013. 4. 29.까지 199회에 걸쳐 원고와 일구상사 주식회사(누리상사로 법인명이 변경되었다, 이하 ‘일구상사’라 한다)의 명의로 중국산 남성복을 수입하였다.

나. 피고는 원고가 원고와 일구상사 명의로 남성복을 수입하면서 거래가격보다 저가로 신고하여 관세 등을 포탈하였다는 혐의로 관세 범칙사건 조사를 하고 2013. 9. 16. 원고에게 “관세 1,152,348,810원, 부가가치세 1,001,657,863원, 관세 가산세 564,598,483원, 부가가치세 가산세 608,594,564원 합계 3,327,199,719원을 경정고지할 예정”이라는 내용의 과세전 통지를 하였다.

다. 이에 원고는 피고에게 2013. 11. 12. 수입신고번호 40538-13-001130U 외 11건에 대하여 수정신고를 하였으며, 2013. 11. 13. 부가가치세 39,605,140원을 포함하여 합계 109,985,200원을 납부하고 별지 목록과 같이 위 부가가치세 39,605,140원에 대한 수정수입세금계산서 발급을 신청하였다. 라.

피고는 2013. 11. 27. 부가가치세법 제35조 제2항 제2호(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)와 부가가치세법 부칙(제11944호, 2013. 7. 26.) 제2조(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다), 구 부가가치세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25196호로 개정되기 전의 것) 제72조 제3항 제1호에 따라 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지받아 과세표준 또는 세액의 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 수정신고하는 경우에는 수정수입세금계산서의 발급대상에 해당하지 않는다는 이유로, 원고에 대하여 수정수입세금계산서 발급을 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론...