1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 4.경 장지지구(이하 ‘이 사건 사업지구’라 한다) 택지개발사업의 사업시행자인 에스에이치공사로부터 위 사업지구 택지조성공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 수급하였는데, 이 사건 공사는 이 사건 사업지구 내 도로, 조경, 상하수도 설치공사를 그 내용으로 한다.

한편 이 사건 사업지구 중 에스에이치공사가 유상으로 공급하는 주택건설용지에는 주택법 제2조 제3호에서 정한 ‘국민주택’의 건설을 위하여 공급되는 부분이 포함되어 있다.

나. 서울특별시는 에스에이치공사가 시행하는 국민주택 건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에는 국민주택단지 외부에 제공된 도로, 공원, 시설녹지 등 무상공급 면적에 해당하는 용역 중 국민주택건설용지의 면적이 총 유상공급 면적에서 차지하는 비율(이하 ’국민주택건설용지 비율‘이라 한다)에 상응하는 부분도 포함되므로 이 부분에 해당하는 부가가치세도 면제된다는 결론을 내리고, 2007. 8.경 에스에이치공사에게 이와 같은 결론에 따라 기납부한 부가가치세는 경정청구를 통해 환급받고, 아직 부가가치세 상당액이 공사대금으로 지급되지 않은 국민주택 건설사업은 시공사와의 설계변경을 통해 공사대금 감액조치를 취하라고 지시하였다.

다. 이에 따라 원고는 2004년 제2기부터 2007년 제1기까지의 부가가치세에 관하여 수정신고 및 경정청구를 통해 추가납부하거나 환급받았고, 2007년 제2기부터는 위와 같은 방법으로 계산하여 면세용역의 공급에 해당하는 것으로 본 부분에 대해서는 에스에이치공사에게 ‘계산서’를 발행하였고, 나머지 부분에 대해서는...