1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 토목, 건축, 상하수도, 포장, 방수, 도장공사 도급업 등을 영위하는 법인으로, 2007. 12. 13. 에스에이치공사와 사이에 세곡지구 국민임대주택단지 조성공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 도급받기로 하는 계약을 체결하였다

(갑 제6호증). 이 사건 공사는 아래 표와 같이 구성된 세곡지구 총 공급면적 263,814㎡에 대하여 토공사, 우수공사, 오수공사, 상수도공사, 포장공사, 구조물공사, 부대공사 등을 실시하여 국민임대주택단지 건축을 위한 택지를 조성하는 것을 내용으로 한다.

나. 이 사건 공사대금은 조세특례제한법 제106조에 따라 공사비에 전체 공사면적에서 국민주택 부지면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 부가가치세가 면제되고 나머지만 부가가치세의 과세대상인 것을 전제로 결정되었다.

그러나 서울특별시에서 이 사건 공사를 포함하여 에스에이치공사가 시행하는 국민주택 건설사업의 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 관하여 검토한 결과, 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에는 국민주택단지 외부에 제공된 도로, 공원, 시설녹지 등 무상공급면적에 해당하는 용역 중 국민주택건설용지의 면적이 총 유상공급면적에서 차지하는 비율에 상응하는 부분 역시 국민주택에 부수되는 부대시설의 건설용역으로서 부가가치세가 면제되어야 한다는 결론을 내리고, 2007. 9. 3.경 에스에이치공사에게 위와 같은 결론에 따라 이미 납부한 부가가치세에 대한 경정청구 및 아직 지급되지 않은 부가가치세에 대한 공사대금 감액조치를 할 것을 명하였다.

다. 에스에이치공사가 2008. 1. 15.경부터 원고에 대하여 서울특별시의 위 검토결과에 따른 변경계약...