1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

기초사실

원고의 지위 원고는 1986. 4. 4. 토목, 건축, 주택건설사업, 택지조성사업 등을 목적으로 설립된 회사로서, 2013. 10. 22. 상호가 제이에이건설 주식회사에서 현재의 상호로 변경되었다.

원고의 주택단지 조성공사 도급계약 체결 신정3지구(이하 ‘이 사건 사업지구’라 한다) 국민임대주택단지조성사업의 사업시행자인 에스에이치공사는 2007. 11. 28. 원고와 성원건설 주식회사(이하 ‘성원건설’이라 한다)에게 이 사건 사업지구의 주택단지 조성공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 공사대금 21,172,358,000원, 공사기간 2007. 12. 5.부터 2010. 9. 4.까지로 정하여 도급하는 내용의 공사도급표준계약(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하면서, 위 공사대금에 포함된 부가가치세는 이 사건 공사의 면세비율을 31.90%(≒ 국민주택 건설용지 면적 153,860㎡ ÷ 총 개발지구 면적 482,255㎡)로 정하여 산정하였다.

부가가치세 면세율 변경 지시에 따른 변경계약 체결 서울특별시는 국민주택 건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에는 국민주택 건설용지 외부에 제공된 도로, 공원, 시설녹지 등 무상공급 면적에 해당하는 용역 중 국민주택건설용지의 면적이 총 유상공급 면적에서 차지하는 비율에 상응하는 부분도 포함되므로, 이 부분에 해당하는 부가가치세도 면제된다는 결론을 내리고, 2007. 8.경 에스에이치공사에게 이와 같은 결론에 따라 기납부한 부가가치세는 경정청구를 통해 환급받고, 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은 국민주택 건설사업과 관련하여서는 시공사와의 설계변경을 통해 공사대금 감액조치를 취하라고 지시하였다....