1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 음료 판매사업 등을 목적으로 2011. 11. 29. 설립된 법인으로서, 생수(B) 도매업을 영위하고 있는 회사이다.

나. 피고는 2013. 7. 10.부터 2013. 7. 29.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하였다.

피고는 원고의 거래처에 대한 매출세금계산서 교부내역과 원고의 주거래 통장인 C협 계좌(D, 이하 ‘이 사건 계좌’라고 한다)에 대한 금융거래내역을 비교하여, 원고가 공급가액 합계 2012년 제1기분 82,915,000원(㉠ 100원 미만 버림, 이하 같다. ㉡ 공급가액 기준, 이하 모두 공급가액 기준으로 표시한다), 2012년 제2기분 329,544,000원의 매출세금계산서를 과소발급하여 매출신고를 누락한 것으로 판단하였다.

피고는 위 매출누락금액을 각 과세기간 동안의 과세표준으로 산입하여, 2013. 12. 3. 원고에게 부가가치세 2012년 제1기분 14,497,670원, 2012년 제2기분 55,801,770원 및 2012년 사업연도 법인세 117,048,920원을 각 경정고지하고, 동시에 455,855,363원을 원고의 대표이사 E에 대한 인정상여로 소득처분한 소득금액변동통지를 하였다

(이하 ‘당초 처분’이라 한다). 다.

원고는 이에 불복하여 2014. 2. 28. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다.

조세심판원은 2015. 4. 2. 이 사건 계좌 입금액 중에서 파렛트 보증금, 운송료, 금전대차, 홈뱅킹 실수 입금액 합계 2012년 제1기 263,915,000원, 2012년 제2기 26,226,000원은 매출과 관련 없는 입금액에 해당함을 이유로 매출누락에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준, 세액 및 소득금액변동통지 대상금액을 각 경정하도록 결정하였다. 라.

이에 피고는 원고의 매출신고누락 금액을 아래의 표와 같이 특정한 후 2015. 4. 17. 당초 처분 중 2012년 제1기 부가가치세를 취소하고, 2012년 제2기 부가가치세를 51,764,559원으로,...