농어촌특별세 과세대상 여부

양도소득세가 일부 감면되었다하여 농어촌특별세 비과세대상이 아니라고 본 사례

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 이 사건 소를 각하한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

1. 처분의 경위

다음의 각 사실은 당사자사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3, 4호증의 각 1, 2, 3, 갑 제5, 6, 7호증, 을 제1호증 내지 을 제6호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 반증 없다.

가. 별지목록 기재 각 부동산(이하 이 사건 부동산이라 한다,은 1968. 2. 20. 원고명의로 소유권이전등기가 경료된 원고소유 부동산인 바, 원고는 위 부동산이 1993. 12. 8. 택지개발촉진법 제8조의 규정에 의거하여 건설교통부 고시 제93-508호로 승인된 ㅇㅇㅇㅇ택지개발사업지구에 편입되자 1994. 12. 26. 공공용지의취득및손실보상에관한특례법에 정해진 협의취득 방법에 따라 이 사건 부동산을 ㅇㅇ시에 양도하고 1994. 12. 31. ㅇㅇ시 앞으로 소유권이전등기를 경료하여 주었다.

나. 그후 원고는 1995. 1. 25. 이 사건 부동산의 기준시가에 따라 위 부동산의 양도가액을 금2,399,934,400원으로, 양도차익을 금1,661,242,511원으로 각 산정하고, 이에 기초하여 양도소득세액 금962,245,506원을 산출한후, 위 세액중 금300,000,000원은 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되어 1994. 1. 1.부터 시행된후 1994. 12. 22. 법률 제4806호로 개정되기 전의 것. 이하 조감법이라 한다) 부칙 제16조 제8항 및 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정 되기 전의 것. 이하 구 조감법이라 한다) 제57조, 제88조의2에 의한 양도소득세 감면대상이라는 이유로 위 산출세액에서 감면액 금300,000,000원과 예정납부세액 등을 공제한 나머지 금596,020,956원을 1994년도 귀속 양도소득세로 확정신고・납부하면서, 농어촌특별세법(이하 농특법이라 한다) 제5조 제1항 제1호, 제7조 제1항에 따라 위 양도소득세 감면액 금300,000,000원의 20%에 상당하는 금60,000,000원을 1994년도 귀속 농어촌특별세로 신고・납부 하였다.

다. 원고는 그후 1995. 3. 31. 자진신고 납부한 위 양도소득세액의 산출에 오류가 있어 금14,270,731원의 양도소득세가 초과납부 되었고 위 조감법등의 규정에 의해 감면된 양도소득세 금300,000,000원은 농특법 제4조 제2호, 같은법 시행령 제4조 제1항 제1호, 제7항에 의해 농어촌특별세 비과세 대상임에도 불구하고 과세대상으로 잘못알고 오납하였다고 주장하며 구 국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것. 이하 구 국세기본법이라 한다) 제45조에 의해 초과납부된 양도소득세 금14,270,731원과 오납된 농어촌특별세 금60,000,000원에 대한 감액결정과 위 각 금원의 환급을 구하는 국세수정신고를 하였던바, 피고는 1996. 4. 6. 이에대해 이 사건 부동산의 양도와 관련된 산출세액은 금946,404,239원 이고, 감면세액은 금300,000,000원 이며, 예정신고납부세액을 공제하고 원고에게 정당하게 부과되어야할 양도소득세액은 금581,763,816원 이라면서 위 금원을 이 사건 부동산 양도에 따른 양도소득세로 원고에게 부과하고, 따라서 원고가 확정신고 납부한 양도소득세액 금596,020,950원은 정당하게 납부할 위 세액보다 금14,257,134원이 초과 신고납부된 결과가 되었으므로 위 금원에 대한 양도소득세 수정신고 및 환급신청은 이유있으나 감면된 양도소득세에 대해 신고납부한 농어촌특별세 금60,000,000원은 비과세대상임에도 불구하고 오납된 것이아니라 과세대상으로서 정당하게 신고 납부된 것이라는 이유로, 원고의 국세수정신고중 농어촌특별세에 대한 수정감액결정 및 환급처분을 거부하고 초과납부된 양도소득세 금14,257,134원에 대해서만 수정감액 결정한 후 원고에게 위 금원을 환급받아 가라는 취지의 통지(이하 농어촌특별세 수정감액결정 거부부분에 한해 이 사건 처분이라 한다)를 하였다.

2. 당사자의 주장.

피고는 이 사건 처분은 항고소송의 대상인 행정처분이 아니므로 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하고, 가사 이 사건 소가 적법하다하더라도 원고가 신고납부한 농어촌특별세 금60,000,000원은 법률에 따라 정당하게 납부된 것이므로 위 세금이 법률상 근거없이 오납되었음을 전제로 하는 원고의 청구는 이유없다고 주장함에 대하여, 원고는 공공사업에 필요한 토지를 공공용지의취득및손실보상에관한특례법에 따라 양도함으로써 감면된 양도소득세 부분은 농특법 제4조 제2호, 같은법 시행령 제4조 제1항 제1호, 제7항, 조감법 부칙 제16조 제8항, 구 조감법 제57조, 제88조의2 등의 규정에 의하여 농어촌특별세 비과세대상인데도 불구하고 원고가 이를 과세대상으로 잘못알고 오납한 농어촌특별세 금60,000,000원에 대한 원고의 수정신고에 대해 감액수정결정 및 환급을 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

3. 판단

가. 이 사건 처분이 항고소송의 대상이 되는 행정처분인지 여부에 대한 판단.

살피건대 원고가 한 이 사건 수정신고의 근거법령인 구 국세기본법 제45조 제1항은 과세확정신고를 법정기한내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락오류가 있을 때에는 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다고 규정하고 있고, 제2항은 과세표준신고서의 기재사항중 대통령령이 정하는 국세에 관하여 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 사항이 있는 경우에는 정부는 이를 조사하여 그 결과를 신고인에게 수정신고를 받은날로부터 60일 이내에 통지하는 동시에 경정할 사항은 경정하여야 한다고 규정하고 있으며, 이를 받은 같은법 시행령 제25조 제2항, 제10조의2 제1호는 대통령령이 정하는 국세로 법인세, 부가가치세, 특별소비세, 주세, 증권거래세 또는 교육세등 신고납부에 의하여 조세채무가 확정되는 양도소득세와 그 부가세인 농어촌특별세에 대하여는 수정신고에 대하여 과세관청의 결과통지 의무나 경정의무를 규정하고 있지는 아니하다.

그렇다면 원고의 이 사건 수정신고는 세액의 결정을 하는 과세관청에 대해 수정자료를 제공한 것에 지나지않을 뿐, 피고가 원고의 농어촌특별세 감액수정신고에 대하여 이를 거부하는 취지의 이 사건 처분을 하였다하더라도 이러한 거부나 단순한 지급거절에 불과한 자진납세액에 대한 환급신청거부는 행정소송의 대상이 되는 독립한 처분이라고 할 수 없으므로(대법원 1991. 2. 12. 선고 90누5948 판결 및 1990. 4. 27. 87누276 판결등 참조) 행정소송의 대상이 될 수 없는 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 소는 부적법하다.

현행 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호는 과세표준신고서를 법정기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 제3항은 위와 같은 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있어, 종전과 달리 위와 같은 제한없이 적법하게 수정신고된 모든 국세에 대해 결과통지 의무나 경정의무를 부과하고 있으므로 위 규정에 따르면 수정신고를 거부한 이 사건 처분도 행정소송의 대상이 되는 독립한 처분이라 하겠으나, 위 조항은 구 국세기본법이 1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되면서 신설된 규정으로 위 개정법률 부칙 제1조, 제5조에 의해 위 개정법률 시행일인 1995. 1. 1. 이후 최초로 개시되는 과세기간분부터 적용되는데, 그 시행이전인 1994. 12. 31. 양도된 이 사건 부동산에 대한 본세인 양도소득세의 과세기간은 1994. 1. 1.부터 1994. 12. 31.까지이고(소득세법 제5조 제1항), 그 부가세인 농어촌특별세도 이에 따르고 있어(농특법 제8조 제2항 제1호 등) 본세인 양도소득세와 부가세인 농어촌특별세 모두 위 부칙 소정의 개정법률 시행이후 과세기간이 최초로 개시되는 경우에 해당하지 아니하므로 위 조항은 적용되지 않는다 할 것이다.

나. 감면된 양도소득세 부분이 농어촌특별세 비과세 대상이라는 주장에 대한 판단.

따라서 이 사건 소는 행정소송의 대상이 되지않는 처분의 취소를 구하는 것으로서 부적법하여 각하를 면할 수 없다하겠으나, 가사 이 사건 처분이 행정소송의 대상이 되는 독립한 처분이라 하더라도 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 다음과 같은 점에서 역시 이유없다.

(1) 관계법령

농어촌특별세 비과세대상과 관련된 관계법령은 다음과 같다.

(가) 농특법 제2조, 제3조, 제5조 제1항 제1호는 조세감면규제법 등에 의하여 소득세 등(이른바 본세를 일컫는다)을 감면 받는 자는 감면받은 세액의 20%에 해당하는 금원을 농어촌특별세로 납부하여야 한다고 규정하여 농어촌특별세 납부의무를 규정하고 있고, 제4조는 제1호에서 제12호까지 농어촌특별세 비과세대상을 규정하고 있는데 그 제2호는 농어민(양축가를 포함한다) 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체(농어촌발전특별조치법에 의한 영농조합법인과 농업회사법인을 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것을 들고 있으며, 이를 받은 같은법 시행령 제4조 제1항 제1호는 농특법 제4조 제2호에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 〜 조세감면규제법 제63조[조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세・감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 한한다〕・・・의 규정에 의한 감면을 말한다 고 규정하고 있고, 같은조 제7항은 농특법 또는 그 시행령에서 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 또한 조감법 제63조 제1항 제1호는 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지로서 그 사업인정 고시일로부터 소급하여 5년이상 소유하다가 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 그 부칙 제13조 내지 제19조는 소득공제에관한 경과조치, 양도소득세등에 관한 경과조치, 산업합리화대상 기업에 관한 경과조치, 중소제조업에 대한 특별세액 감면에 관한특례 등 각종 조세에 대한 여러종류의 감면에 대한 경과조치등을 규정하고 있는데, 그 제16조 제8항은 이 법 시행당시(1994. 1. 1. 이다) 내국인이 15년 이전에 취득한 토지등으로서 종전의 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지등을 1995. 12. 31. 이내에 양도하는 경우에는 양도소득세등의 감면 및 추징등에 관하여는 종전의 제57조, 제88조의2 등의 규정에 의한다고 규정하고 있다.

(다) 한편 구 조감법 제57조 제1항 제1호는 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지로서 그 사업인정 고시일로부터 소급하여 5년이상 소유하다가 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 그 양도소득세의 100분의 70에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 제88조의2는 위 제57조의 규정등에 의하여 감면받는 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다고 규정하고 있다.

(2) 판단.

(가) 본세인 양도소득세 감면액과 이에 대한 농어촌특별세 납부의무의 성립.

원고가 1968. 2. 20. 이 사건 부동산을 취득하여 소유하고 있다가 1993. 12. 8. 위 부동산을 포함한 일대의 토지가 건설교통부 고시 제93-508호로 사업승인 고시된 ㅇㅇㅇㅇ택지개발사업지구에 편입되자 1994. 12. 26. 공공용지의취득및손실보상에관한특례법의 절차에 따라 위 부동산을 사업시행자인 ㅇㅇ시에 양도하고 1994. 12. 31. 위 대전광역시 앞으로 소유권이전등기를 경료하여 주었음은 위에서 본 바와 같고, 이와같이 공공사업 승인고시일 15년 전에 취득한 토지등을 위 특례법 규정에 따라 1995. 12. 31. 이내에 양도한 소득에 대한 양도소득세 감면에 대하여는 조감법 부칙 제16조 제8항에 의해 구 조감법 제57조, 제88조의2의 규정이 적용되는데, 위 조항들에 의하면 이 사건과 같이 공공사업을 위해 위 특례법에 따라 토지를 양도한 경우에는 3억원을 감면한도로 하여 양도소득세액의 70%를 감면하도록 규정하고 있는바, 위에서 본 바에 의하면 피고는 이 사건 부동산의 양도와 관련한 양도소득산출세액 금946,404,239원중 70%의 감면범위 내에서 양도소득 감면한도액인 금300,000,000원을 감면하고 양도소득세를 부과하였음을 알 수 있으므로 피고의 위와같은 감면결정은 정당하고, 따라서 원고는 위 양도소득세 감면세액이 농어촌특별세 비과세대상에 해당하지 않는 한 위에서 본 농특법 제2조, 제3조 제1호, 제5조 제1항 제1호, 제7조 제1항 등의 규정에 따라 금60,000,000원(양도소득세 감면액 300,000,000원×세율 20%)을 농어촌 특별세로 신고납부할 의무가 있다.

(나) 농어촌특별세 비과세대상인지의 여부에 대한 판단.

① 위에서 본 농특법 제4조 제2호는 농어촌특별세 비과세대상의 하나로 농어민 등에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것을 들고 있고, 같은법 시행령 제4조 제1항 제1호는 대통령령이 정하는 것의 하나로서 조감법 제63조를 들면서 그중에서도 조감법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상이 되는 토지에 대한 감면양도소득세에 한해 농어촌특별세 비과세대상을 한정하고 있다.

그러므로 조감법 제63조(이 건과 같이 조감법 부칙 제16조 제8항에 의해 구 조감법 제57조, 제88조의2가 적용되는 경우에는 위 조항)에 의해 양도소득세액의 일부가 감면 되었다고 하여 그 감면세액이 무조건 농어촌특별세 비과세대상이 되는 것은 아니고, 그 감면세액이 농어촌특별세 비과세대상이 되는지 여부는 농특법 제4조 제2호, 같은법 시행령 제4조 제1항 제1호가 농어민 등에 대해 비과세대상으로 규정하고 있는 취지에 따라서 조감법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상에 되는 토지의 양도로 인해 감면된 것이어야만 농어촌특별세의 비과세 대상으로 된다할 것이다.

그런데 조감법 제55조 제1항 제1, 2호는 양도소득세 면제대상자로 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자와 농업생산을 주된 사업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인 또는 영농조합법인을 들고있고, 같은법 시행령(1995. 7. 6. 령 제14720호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제55조 제2항은 법 제55조 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 바에따라 농지소재지에 거주하는 거주자라 함은 농지가 소재하는 시・구(광역시의 경우)・읍・면 안의 지역에서 거주하며 경작하거나(1호) 위 지역과 연접한 시・구・읍・면안의 지역에서 거주하며 경작한자(2호) 또는 농지로부터 농지임대차관리법시행령 제23조 제2항 제2호에 규정된 거리이내에 있는 지역에서 거주하면서 경작한 자(3호)를 말한다고 규정하고 있고, 조감법 제55조 제3항은 법 제55조 제1항 제2호에서 대통령령이 정하는 법인이라 함은 농업을 주업으로 하는 법인을 말하되 농업과 다른 사업을 경영하는 경우에는 당해 농지의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 농업생산수입금액이 당해법인의 총수입금액의 100분의 50 이상인 법인을 말한다고 규정하고 있는바, 이 사건에 있어 원고가 위 조감법 및 그 시행령 조항에 해당하는 자라고 인정할만한 자료가 없을뿐만 아니라 이 사건 부동산은 모두 임야 내지 대지로서 농지세의 과세대상이라고 볼만한 자료도 없으므로 이 사건 부동산의 양도로 인한 감면액은 어느모로보나 농특법 제4조 제2호, 같은법 시행령 제4조 제1항 제1호 소정의 농어촌특별세 비과세 대상에는 해당하지 않는다 할 것이다.

② 원고는 농특세법 또는 그 시행령에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률의 해당규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다 는 위에서 본 농특법시행령 제4조 제7항을 근거로, 조감법 부칙 제16조 제8항의 경과규정을 적용하여 구 조감법 제57조 등에 의해 양도소득세를 감면한 이 건의 경우 감면된 위 양도소득세액은 농어촌특별세 비과세대상이 된다고 주장하나, 위 시행령 제4조 제7항에 의하면 조감법의 위 부칙조항을 적용하여 양도소득세가 면제되는 경우에 그 감면된 양도소득세액이 무조건 농어촌특별세 비과세 되는게 아니라 비과세되는지 여부는 위 시행령 조항의 취지에 따라 정하는 것임이 문언상 명백하다.

즉 위 시행령 제4조 제7항의 취지는 농특법과 그 시행령에 의해 이미 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조감법의 감면규정에 대하여 조감법의 위 부칙 조항에 의한 특례가 있어 그 감면세액이 확대되는 경우 그 확대된 감면세액에 대하여도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다는 것으로서, 시행령의 규정에 의하여 이미 비과세대상으로 정하여진 것에 대하여 비과세의 범위를 확대시키는 규정에 불과하다할 것이고, 농특법과 그 시행령의 규정과는 무관하게 비과세대상을 별도로 규정하고 있는 것은 아니라 할 것이다.

그러므로 위 시행령 제4조 제7항이 조감법 제63조의 적용대상중 일부에 대하여 감면범위를 확대하는 특례를 규정하고 있는 조감법 부칙 제16조 제8항에 의하여 구 조감법 제57조, 제88조의2가 적용된다하더라도 위 시행령 제4조 제1항 제1호가 조감법 제63조의 적용대상이 되는 경우중 조감법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지로서 농지세 과세대상이 되는 토지만을 비과세대상으로 규정하고 있는 이상 위 시행령 제4조 제7항 역시 위 시행령 제4조 제1항 제1호가 규정하고 있는 바에 따라 조감법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지로서 농지세 과세대상이 되는 토지를 양도한 경우에 한해 그 감면되는 양도소득세액이 농어촌 특별세 비과세대상이 된다할 것인바, 이 사건 부동산이 위와같은 농지세 과세대상이 되는 토지라거나 원고를 조감법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자로 볼 수 없음은 위에서 본 바와 같으므로 원고의 위 주장은 결국 이유없고 달리 이 사건 처분에 어떤 위법이 있음을 찾아볼 수 없다.

4. 결론.

따라서 이 사건 소를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1997. 10. 31.