원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 의료기기 제조, 도소매업 등을 목적으로 설립된 법인으로 2014년 2기분부터 2015년 2기분까지 과세기간에 대한 부가가치세 관련 매입세금계산서 수취 및 매출세금계산서(이하 위 각 세금계산서를 ‘이 사건 세금계산서’라 한다) 발급 내역을 다음과 같이 각 신고하였고, 해당 과세기간의 관련 매입세액을 공제한 후 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

1) 원고가 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다

)로부터 매입세금계산서를 수취한 내역 : 2014년 2기분 공급가액 합계 500,000,000원, 2015년 1기분 공급가액 합계 900,000,000원, 2015년 2기분 공급가액 합계 300,000,000원 2) 원고가 주식회사 C(이하 ‘C’라 한다)에 매출세금계산서를 발급한 내역 : 2014년 2기분 공급가액 합계 500,000,000원, 2015년 1기분 공급가액 합계 900,000,000원, 2015년 2기분 공급가액 합계 300,000,000원

나. 피고는 2018. 2.경부터 2018. 5.경까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 원고가 가공거래에 의해 이 사건 세금계산서를 수수한 것으로 파악하고 실물거래 없는 매출분과 매입분에 대하여 매출세액 감액과 매입세액 불공제를 함으로써 과세표준을 정정한 후 구 부가가치세법(2016. 12. 20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제3항 제1, 2호에 의한 세금계산서불성실가산세 부과를 전제로 2018. 7. 1. 원고에 대하여 부가가치세 2014년 2기분 20,000,000원, 2015년 1기분 36,000,000원, 2015년 2기분 12,000,000원을 각 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2019. 2. 15. 위 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 4호증, 을1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 이를 포함, 이하 같다)의 각...