주문
1. 피고가 2016. 5. 31. 원고에 대하여 한 부가가치세 경정청구 거부처분을 취소한다.
2....
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 2014. 10. 10.부터 화성시 B에서 ‘C’이라는 상호로 고철 및 철스크랩 등의 도소매업에 종사하고 있다.
원고는 위 사업장과 관련하여 아래와 같이 2014년 2기분 부가가치세와 2015년 1기분 부가가치세를 신고납부하였다.
(단위: 원) 구 분 2014년 2기분 2015년 1기분 공급가액 세 액 공급가액 세 액 매출 12,353,739,070 1,235,373,907 21,250,218,340 2,125,021,834 매입 245,286,585 15,025,066 26,289,410 2,628,941 납부세액 1,220,348,841 2,122,392,893 공제세액 35,800 61,600 매입자납부특례 기납부세액 1,233,576,657 2,125,021,834 차감환급세액 13,263,616 2,690,541
나. 중부지방국세청장은 2015. 4.경부터 원고의 사업장에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2014년 2기, 2015년 1기의 과세기간 동안 실물 거래 없이 허위의 세금계산서를 발행하였음을 확인하고, 원고가 발행한 세금계산서 중 2014년 1기분 합계12,353,739,070원을 취소하고 세금계산서불명가산세를 부과하면서 원고를 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부) 혐의로 고발하였다.
다. 원고는 2016. 3. 23. 피고에게 조세특례제한법 제106조의9 매입자납부특례 규정에 의하여 납부된 2014년 2기분 부가가치세 1,233,576,650원 및 2015년 1기분 부가가치세 2,125,021,830원 합계 3,358,598,480원(이하 ‘쟁점 세액’이라 한다)의 환급을 구하는 취지의 경청청구를 하였으나, 피고는 2016. 5. 31. 이를 거부하였다
(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.
이에 대하여 원고는 2016. 7. 11. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2016. 11. 30. 조세특례제한법 제106조의9 소정의 매입자납부특례에 의하여 납부한 부가가치세의 실제 납부자는 원고가 아니라 원고의 매출처(매입자)라는 이유로 원고의 청구를 각하하였다...