국심1999부0425 (1999.12.27)

법인

취소

조세감면에 관한 내용을 규정한 조세법령에서 연구개발전담부서의 신고를 필수요건으로 명시하고 있니 아니하므로 신고하지 않은 것을 이유로 들어 조세감면을 배제하여서는 안됨

조세감면규제법 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 / 조세감면규제법시행령 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】

국심1999경0756

가락세무서장이 1998.6.3 청구법인에게 경정고지한 1996사

업연도분 법인세 42,382,960원, 1997사업연도분 법인세 163,073,270원은 이를 취소한다.

1. 처분개요

청구법인은 1996.1.1～1996.12.31 사업연도분 법인세 신고시 법인세 산출세액에서 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제액 27,780,000원과 기술 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제액 8,420,000원 등 합계 36,200,000원을 공제하였고, 1997.1.1～1997.12.31 사업연도분 법인세 신고시 법인세 산출세액에서 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제액 159,064,840원(이상의 세액공제액을 이하 “쟁점세액공제”라 한다)을 공제하였다.

처분청은 청구법인의 연구개발전담부서가 기술개발촉진법시행규칙 제5조에 규정된 바와 같이 과학기술부장관 또는 그의 위임을 받은 OOOOOOOO협회장에게 신고한 연구개발전담부서가 아니라는 이유로 쟁점세액공제를 배제하여 1998.6.3 청구법인에게 1996사업연도분 법인세 42,382,960원, 1997사업연도분 법인세 163,073,270원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1998.8.1 이의신청 및 1998.11.5 심사청구를 거쳐 1999.2.8 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

기술개발촉진법시행규칙 제5조 제2항에 의하면 “과학기술처장관은 조세, 금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하고 고시한다.”라고 하여 연구개발전담부서의 신고가 필수요건이라던가 신고되지 아니한 연구개발전담부서는 인정하지 않는다는 등의 규정은 없다. 또한 과학기술처 고시 제94-16호(1994.11.10) 「기업부설연구소와 기업의 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 법인의 신고요령」 제4조를 보아도 전담부서의 신고가 필수요건이 아님이 명백하다. 따라서 처분청의 이 건 부과처분은 근거없는 해석에 기인한 것이므로 취소되어야 한다.

과학기술부장관에게 신고하는 것을 세액공제의 요건으로 규정한 것은 1998.3.21 조세감면규제법 시행규칙 제7조의 개정규정에 의하여 비로소 산입되었으므로 이러한 신고요건은 부칙의 규정에 의하여 1998.1.1이후 최초로 개시하는 과세연도부터 적용하여야 하며, 이 건에 대해 적용하는 것은 소급과세에 해당되어 부당하다.

나. 국세청장 의견

기술 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 연구개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조에 규정하는 전담부서의 요건을 갖춘 경우에 적용하는 것이며, 과학기술부장관(위임받는 OOOOOOOO협회장 포함)에게 전담부서를 신고하지 아니한 경우에는 기술 및 인력개발비 세액공제대상 전담부서에 해당하지 않으므로(같은뜻 : 국세청 심사 법인98-268, 1998.11.6등 다수, 재정경제부 조예46019-139, 1994.4.19, 국세청 법인22601-1517, 1992.7.11, 법인46012-474, 1995.2.22) 처분청이 청구법인에 대한 기술 및 인력개발비 세액공제를 배제하여 과세한 처분이 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

기업내 연구개발전담부서를 기술개발촉진법 제5조에 의거 과학기술부장관(위임받은 OOOOOOOO협회장)에게 신고하지 않은 경우 기술 및 인력개발비 세액공제를 배제하는 것인지 여부

나. 관련법령

조세감면규제법 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】제1항은 「제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술·인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(…생략…) 또는 법인세에서 공제한다.」라고 규정하고 있고,

같은법시행령 제9조 제2항은 「법 제9조 제1항에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표4의 비용을 말한다.」고 규정하고 있으며,

같은법 제10조【기술 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 등】제1항 본문은 「내국인이 기술 및 인력개발 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 하거나 손금산입을 할 수 있다.」고 규정하고 있고, 그 제1호는 「당해 자산의 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 다음 각목에 의한 금액을 공제하는 방법」을, 그 가목은 「제2항 제1호의 규정에 의한 연구시험용 시설에 있어서는 그 투자금액의100분의 5(대통령령이 정하는 국산기자재를 사용하여 투자하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 10)에 상당하는 금액」을 규정하고 있으며, 같은조 제2항 본문은 「제1항에서 기술 및 인력개발 또는 신기술의 기업화를 위한 시설이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.」고 규정하고 있고, 그 제1호는 「연구시험용 시설로서 대통령령이 정하는 시설」을 규정하고 있으며, 같은법시행령 제10조 제2항은 「법 제10조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 시설”이라 함은 기술개발을 위한 연구·시험용 시설로서 총리령이 정하는 것을 말한다.」고 규정하고 있다.

같은법시행령【별표3】「기술개발준비금의 사용기준(제8조 제4항 관련)」은 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목 「자체기술개발」에서 「총리령이 정하는 기업의 연구개발 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 자체기술개발을 위한 다음의 비용」을 규정하고 있으며,

같은법시행령【별표4】「기술 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조 제1항 관련)」은 1. 기술개발란의 가목 「자체기술개발」에서 「① 전담부서에서 근무하는 연구요원으로서 총리령이 정하는 자의 인건비」 등을 규정하고 있다.

같은법시행규칙 제7조【기술·인력개발비 및 연구시험용 시설의 범위】제1항은 「영 별표3의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조에 규정된 기업의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.」고 규정하고 있고, 같은조 제13항은 「영 제10조 제2항에서 “총리령이 정하는 것”이라 함은 전담부서 및 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합에서 직접 사용하기 위한 연구시험용 시설로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.(단서생략)」고 규정하고 있으며, 그 제1호는 「공구 또는 사무기기 및 통신기기, 시계·시험기기 및 계측기기, 광학기기 및 사진제작기기」를, 그 제2호는 「법인세법시행규칙 별표2 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받은 자산으로서 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품을 제외한 것」을 규정하고 있다.

참고로, 위의 같은법시행규칙 제7조 제1항은 1998.3.21 개정시 「영 별표 3의1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비의 가목에서 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.」로 개정되어 신고요건이 추가되었다.

한편, 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제1항 본문은 「영 별표1. 기술개발준비금의 사용기준 제1호 가목의 규정에서 “총리령에서 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 영 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소와 다음 각호의 요건을 갖춘 기업내의 연구개발전담부서를 말한다.(이하 제1호 내지 제3호 생략)」라고 규정하고 있고, 같은조 제2항은 「과학기술처장관은 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다.」고 규정하고 있다.

참고로, 과학기술처 고시 제1994-16호(1994.11.10.)【기업부설연구소와 기업의 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령】제4조(전담부서의 신고사항 등) 제1항 본문은 「규칙 제5조 제2항의 규정에 의하여 전담부서를 신고하고자 하는 자는 별지 제1호 서식에 의한 신고서에 다음 각호의 사항을 기재한 서류를 첨부하여 OOOOOOOO협회장에게 제출하여야 한다.(이하 제1호 내지 제3호 생략)」고 규정하고 있고, 같은조 제2항은 「OOOOOOOO협회장은 제21항의 규정에 의하여 신고를 받은 때는 별지 제2호 서식에 의한 연구개발전담부서 확인서를 교부하여야 한다.」고 규정하고 있다.

다. 세액공제대상 여부

청구법인은 과학기술촉진법시행규칙 제5조 및 과학기술처 고시 제94-16호(1994.11.10)【기업부설연구소와 기업의 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령】에도 기업의 연구개발전담부서의 신고가 전담부서 인정의 필수요건으로 되어 있지 않고, 또한 조세감면규제법시행규칙 제7조는 1998.3.21 개정시에 신고요건을 추가하였으므로 동 규정이 적용되기 이전(1998.12.31 이전)에는 신고되지 아니한 기업의 연구개발전담부서에 지출한 비용 및 설비투자액에 대하여도 세액공제를 적용하여야 한다는 주장이다.

살피건대,

(1) 관련규정의 내용을 보면, 구 조세감면규제법 제9조 제1항은 “대통령령이 정하는 비용(이하 “기술·인력개발비”라 한다)”을 지출한 경우에 세액공제를 한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제9조 제2항은 위의 “대통령령이 정하는 비용”이란 “별표 4”의 비용을 말한다고 규정하고 있으며, “별표 4”의 “1.” 나목은 국내외 기업의 전담부서에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 등을 규정하고 있다.

한편, 같은법시행령 “별표 4”보다 앞서 규정되어 있는 “별표 3”의 “1.” 가목은 “총리령이 정하는 기업의 연구개발 전담부서(이하 ”전담부서“라 한다)”를 규정하고 있고, 이에 따른 같은법시행규칙 제7조 제1항은 별표 3의 1. 가목의 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조에 규정된 기업의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다고 규정하고 있다.

기술개발촉진법시행규칙 제5조는 제1항에서 연구개발전담부서의 요건을 규정하고 있고, 제2항에서 과학기술처장관은 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 신고하게 할 수 있다고 규정하고 있다. 그러나 조세의 경우에 있어서 조세법률주의원칙상 과세대상과 과세요건을 법률로 명확하게 정할 것을 요구하고 있으므로 여기에서 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우란 기술개발을 위한 장기저리 자금지원 기타 기술개발장려시책강구 등을 말하는 것으로 해석하여야 할 것이고 조세에 관한 사항까지 과학기술부장관에게 신고하도록 한 것은 아니라고 보아야 할 것이다.

따라서, 조세감면규제법시행규칙 제7조에서 기술개발촉진법시행규칙 제5조에 규정된 기업의 연구개발전담부서라고 규정한 것은 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제1항에 규정된 요건을 갖춘 전담부서를 말하는 것이라고 보아야 할 것이다.

(2) 조세감면의 신청과 관련하여 대법원에서는, 조세감면규제법 제55조의 “자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제”를 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 되어있는 규정에 대하여, 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제는 그 면세요건이 충족되면 당연히 면제되고 면제신청이 있어야만 면제되는 것은 아니며, 그 면제신청은 양도인의 협력의무에 불과하다는 입장(대법원 97누10628, 1997.10.24)이고, 구 조세감면규제법(1991.12.27 법률 제4451호로 개정되기 전의 것) 제62조(현행 제66조)의 “국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면”의 경우 주택건설등록업자가 감면신청을 한 경우에 한하여 이를 적용한다고 되어있는 규정에 대하여, 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 할 것이므로 면제신청을 하지 아니한 경우에는 양도소득세 등을 면제받을 수 없다는 입장(대법원 95누9822, 1997.7.8)을 취하고 있다.

위 판례의 사례에서 알 수 있는 바와 같이 감면신청을 한 경우에 한하여 적용한다고 한 경우처럼 감면신청이 조세감면의 필수적요건(신청감면)임이 명시된 경우에는 감면신청을 하지 않은 자에 대하여 감면을 배제하지만, 감면을 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 한 경우에는 감면신청이 납세자의 협력의무에 불과하다고 하여 감면을 허용(당연감면)하고 있으며, 이러한 대법원 판례의 내용에 따라 이와 같은 해석방법은 현재 조세감면신청여부에 따른 감면적용의 일반화된 해석기준으로 통용되고 있다.

이처럼 감면신청을 필수적 감면요건으로 법령에 명시한 경우에 한하여 감면신청이 없는 경우에 대해 감면을 배제한다는 해석기준은 연구개발전담부서의 신고에 따른 감면적용여부의 판단에 있어서도 적용되어야 할 것이다.

(3) 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 하는 것이 판례 등에 의하여 확립된 해석기준임에도, 처분청에서는 기술개발촉진법시행규칙 제5조에서 연구개발전담부서를 일정한 경우에 신고하게 할 수 있다고 한 규정을 근거로 하여 신고하지 아니한 연구개발전담부서에 지출한 기술·인력개발비를 세액공제대상에서 제외하였다. 그러나 기술개발촉진법시행규칙을 보면 기업부설연구소에 대하여는 그 제6조에서 OOOOOOOO협회장에게 신고서를 제출하도록 규정하고 있는 반면에 연구개발전담부서에 대하여는 그와 같은 명문의 규정이 없고, 그 제5조에 단지 신고하게 할 수 있다고 규정하여 신고를 기업의 의무로 규정하고 있지 아니하며, 또한 인력개발비세액공제 신청시 과세표준신고서와 함께 기술 및 인력개발비 지출에 관한 명세서를 소관세무서장에게 제출하도록 규정하고 있을 뿐 과학기술처장관등으로부터 발급받은 확인서등의 첨부를 요건으로 규정하고 있지 아니하다. 이처럼 조세감면에 관한 내용을 규정한 조세법령에서 연구개발전담부서의 신고를 필수요건으로 명시하고 있지 않으며, 또한 조세감면규제법시행규칙에서 인용한 기술개발촉진법시행규칙 제5조에서도 신고를 기업의 의무로 규정하고 있지 않은 이상 이를 신고하지 않은 것을 이유로 들어 조세감면을 배제하여서는 안된다고 본다(같은 뜻, 서울고등법원 99누5568, 1999.7.8.).

조세감면규제법시행규칙 제7조는 1998.3.21 개정시 종전의 “ 기술개발촉진법시행규칙 제5조에 규정된 기업의 연구개발 전담부서”를 “ 기술개발촉진법시행규칙 제5조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서”로 개정하여 이 규정은 1998년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하도록 하고 있다. 이러한 조세감면규제법시행규칙의 개정취지는 과학기술부장관에의 신고가 세액공제를 받기 위한 필수적인 요건인지의 여부가 불분명하던 것을 명확하게 하기 위한 것으로 보이는 바 법령에서 명확하게 규정하지 아니한 경우에는 정책목적이나 집행과정상의 특별한 사유가 있는 경우를 제외하고는 그동안 일반적으로 받아들여온 해석기준에 따르는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 청구법인의 경우 그 동안 운영해 오던 연구개발전담부서를 보강한 후 기술개발촉진법시행규칙 제4조에 규정된 기업부설연구소로 인정받기 위해 1998.2.17 OOOOOOOO협회에 신고를 하여 1998.3.2 OOOOOOOO협회장으로부터 기업부설연구소 인정서를 교부받은 사실이 있고, 그 동안 기술·인력개발비 지출 및 설비투자를 다년간 해 온 점 및 연구소 건물형태가 분리구역의 528㎡에 설치된 점 등으로 보아 비록 신고를 하지 않았지만 기술개발전담부서의 실체는 갖추어져 있었던 것으로 판단된다.

(5) 따라서 청구법인의 연구개발전담부서가 쟁점세액공제 신청당시 OOOOOOOO협회장에게 신고한 연구개발전담부서가 아니라는 이유로 쟁점세액 공제를 배제하여 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

(국심 99경756, 1999.12.28 합동회의 같은 뜻임)

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.