소외 법인이 설립 당시 벤처기업에 해당하는지 여부

소외 법인이 개인사업자의 사업을 포괄적으로 양수하였다고 보기 어려움.

2015구단59818 양도소득세경정거부처분취소

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강남세무서장

2017. 03. 17.

2017. 05. 16.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2014. 7. 24. 원고에 대하여 한 2011년, 2012년 귀속 양도소득세 합계 130,991,543원의 경정청구거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 이AA은 2000. 2. 10. ○○시 ○○면 ○○리 ○○에서 휴대전화 부품 제조업체로서 개인기업인 BBB(이하 'BBB'라 한다)를 운영하다가 2001. 6. 30. 폐업하고, 2001. 6. 20. 같은 장소에서 정보통신기기 제조 및 판매업 등을 목적으로 하는 주식회사 BBB(이하 '소외 법인'이라 한다)를 설립한 후 대표이사로 취임하였다.

나. 원고는 2001. 6. 20.부터 2008. 2. 4.까지 사이에, 아래 표 기재와 같이 소외 법인의 주식 합계 631,481주(이하 주식 취득 일자에 따라 차례로 '①주식' 내지 '⑤주식'이라 하고, 이 사건에서 쟁점이 되는 ①, ②, ③주식 및 ⑤주식 중 105,000주를 통칭할 경우에는 '이 사건 주식'이라 한다)를 취득하였다.

다. 원고는 2011. 9. 19.부터 2012. 5. 22.까지 사이에, 아래 표 기재와 같이 소외 법인의 주식 합계 587,095주를 양도한 후 2011년, 2012년 귀속 양도소득세 합계 175,612,418원을 납부하였다가, '법인 설립 후 3년 이내인 벤처기업에 출자하여 취득한 주식의 양도에 대하여는 비과세 특례가 적용된다'고 주장하면서 2014. 5. 27. 피고에게 2011년, 2012년 귀속 양도소득세 합계 130,991,543원의 경청청구를 하였으나, 피고는 2014. 7. 29. 원고에 대하여 '원고가 이 사건 주식을 취득할 당시 소외 법인과 사이에 특수관계에 있었다'는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2015.

6. 24. 기각되었다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 6, 7, 8호증(가지번호 붙은 호증은 가지번호

포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이AA은 개인기업인 BBB를 설립한 후 FF지방중소기업청장으로부터 유효기간을 2000. 7. 31.부터 2002. 7. 30.까지로 하는 벤처기업 확인을 받은 바 있고, 소외 법인은 BBB의 사업을 포괄적으로 양수하였으므로, 소외 법인은 설립 당시부터 벤처기업이었다. 따라서 원고가 취득한 이 사건 주식 중 ①주식은 벤처기업에 출자한 주식이고, ②주식은 벤처기업인 소외 법인이 설립된 후 3년 이내에 취득한 주식이며, ③주식 및 ⑤주식 중 105,000주는 ①, ②주식의 변형물에 불과하므로, 이 사건 주식의 양도에 대하여는 비과세 특례가 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제14조, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 법률 제22037호로 개정되기 전의 것) 제12조에 따르면, 이 사건 주식에 대하여 비과세 특례가 적용되기 위해서는 ①창업 후 3년 이내 인 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 또는 벤처기 업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업으로 전환한지 3년 이 내인 벤처기업이어야 하고, ②그 개인과 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계가 없어야 한다. 한편, 법인세법 시행령 제87조 제1항 제2호는 주주를 특수관계인에 해당한다고 규정하고 있다.

2) 소외 법인이 설립 당시 벤처기업에 해당하는지 여부

갑 제9호증의 기재에 의하면, 소외 법인은 FF지방중소기업청장으로부터 2002. 7. 16.부터 2008. 6. 2.까지 벤처기업에 해당한다는 확인을 받았을 뿐이어서 2001. 6. 20. 설립 당시는 벤처기업이 아니었음이 명백하다. 다만, 중소기업청 고시 제2001-7호(갑 제10호증, 이하 '이 사건 고시'라 한다) 제11조 제1항 제2호는 '확인기관의 장은 확인서를 발급받은 벤처기업인 개인사업자가 제10조의 규정에 의한 유효기간 중에 당해 사업을 포괄양도양수하여 법인으로 전환하는 경우로서 개인사업자가 신설되는 법인의 주주 및 임원으로 참여하는 경우로서 확인서의 재발급을 요청하는 때에는 변경내용을 확인한 후 확인서를 재발급 할 수 있다'고 규정하고 있는데, 갑 제9호증의 기재에 의하면 BBB는 FF지방중소기업청장으로부터 2000. 7. 31.부터 2002. 7. 30.까지 벤처기업에 해당한다는 확인을 받은 바 있고, 앞에서 본 바와 같이 소외 법인은 2001. 6. 20. 설립되었으므로, 소외 법인이 BBB의 사업을 포괄적으로 양수하였다면, 소외 법인은 설립 당시 벤처기업에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 아래에서는 소외 법인이 설립 당시 BBB의 사업을 포괄적으로 양수하였는지를 본다.

갑 제1, 8, 9, 11호증의 각 기재에 의하면, FF지방중소기업청장이 2014. 6. 18. 남대구세무서장에게 '상호: 소외 법인, 유효기간: 2002. 7. 16.부터 2008. 6. 2.까지, 비고: 2회 재발급 신청'이라는 내용의 벤처기업 확인서 유효기간을 회신(이하 '이 사건 회신'이라 한다)한 사실, 조세심판원 결정문에 '이AA은 2000. 2. 10. AAAA 소재 플라스틱 케이스류를 제조하는 개인사업체인 BBB를 설립하여 같은 해 7.경 중소기업청으로부터 벤처기업확인을 받았고, 2001. 6. 20. 같은 장소에서 같은 업종을 영위하는 소외 법인을 설립하면서 같은 달 개인사업체인 BBB를 폐업(사유: 법인전환)하였는데'라는 내용이 기재되어 있는 사실, BBB와 소외 법인이 ○○시 ○○면 ○○리 ○○에서 휴대폰 제조업을 영위하였던 사실, 벤처기업 CCC은 2002. 6. 27. 주식회사 CCC으로 전환되었는데, 주식회사 CCC 설립 시 주식을 취득한 후 이를 양도한 이DD이 구 조세특례제한법 제14조에 따른 과세특례가 적용되어야 한다고 주장하면서 2015. 3. 10. 남대구세무서장을 상대로 양도소득세 경정청구거부처분 취소소송(대구지방법원 2015구합419호)을 제기하자 남대구세무서장이 2015. 6. 30. 위 경정청구거부처분을 직권으로 취소한 사실은 인정된다.

그러나 앞에서 든 증거와 갑 제3, 10, 12, 13, 14호증, 을 제2호증(가지번호 붙은 호증은 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, 소외 법인이 BBB의 사업을 포괄적으로 양수하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

①이 사건 고시 제11조 제1항 제2호에 의하면, 개인사업자가 당해 사업을 포괄 양도양수하여 법인으로 전환하는 경우 확인서 재발급 사유에 해당하나, 위 고시 제11조 제2항에 따르면 '벤처기업인 법인이유효기간 중에 업체명, 대표자 또는 소재지 등의 단순변경 사유가 발생하는 경우'에도 확인서 재발급 사유에 해당하고, FF지방중소기업청장은 2003. 12. 5. 소외 법인에게 2003. 6. 3.자 소재지 변경에 따른 벤처기업 확인서를 발급해 준 바 있어, 이 사건 회신 중 소외 법인에 대한 2회 재발급신청이란 부분은 이 사건 고시 제11조 제1항 제2호가 아닌 제11조 제2항에 근거하여 이루어진 것으로 보인다.

②이 사건 고시 제11조 제3항은 '제1항 및 제2항의 규정에 의해 재발급하는 경우 확인서의 유효기간은 최초에 발급된 유효기간으로 한다'라고 규정되어 있으므로, BBB의 사업이 소외 법인으로 포괄양수되었다면 확인서 재발급에 따른 소외 법인의 벤처기업 유효기간은 2000. 7. 31.부터 2002. 7. 30.까지로 되어야 하는데, 이 사건 회신에 따른 소외 법인의 벤처기업 유효기간 기산일은 2002. 7. 16.로, 위 규정과 어긋난다.

③국세청 전산자료에 BBB의 페업사유로 '신고 법인전환(폐업)'이 기재되어 있으나, 전산상 폐업사유는 납세자인 이AA이 신고한 내용을 그대로 기재하였기 때문이고, 국세청이 BBB의 폐업사유를 사실상・법률상 직접 조사한 것은 아니어서 BBB의 폐업사유가 법률적으로 법인전환이었기 때문이라고 그대로 믿기는 어렵다.

④소외 법인이 구 조세특례제한법 제6조 제1항에 따라 2001년부터 2005년까지 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 받았을 뿐 구 조세특례제한법 제32조 제1항, 제4 항에 따라 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 감면받은 바는 없다.

⑤사업의 포괄양수도가 이루어졌다고 인정하기 위해서는 포괄양수도계약서, 직원의 고용승계 여부 등을 살펴봐야 하는데, 이에 대한 아무런 자료가 제출되어 있지 않아 BBB와 소외 법인이 동일 장소에서 동일 업종을 영위하고 있다는 사실만으로 사업의 포괄양수도가 있었다고 단정할 수 없다.

⑥개인기업 CCC과 주식회사 CCC의 벤체기업 유효기간은 모두 2001. 9. 4. 부터 2003. 9. 3.까지로, 이는 이 사건 고시 제11조 제3항에 부합하여 주식회사 CCC이 설립 당시 벤처기업이었다고 보는데 무리가 없는 반면, 앞에서 본 것과 같이 BBB와 소외 법인의 벤처기업 유효기간은 상이하여, 개인기업 CCC과 주식회사 CCC의 사례를 이 사건에 끌어 쓰기에는 무리가 있다.

3) 이 사건 주식에 구 조세특례제한법 제14조의 과세특례가 적용되는지 여부

가) ①주식의 경우

앞에서 본 바와 같이 소외 법인이 BBB의 사업을 포괄적으로 양수하였다고 볼 수 없으므로, 소외 법인의 벤처기업 유효기간은 2002. 7. 16.부터 2008. 6. 2.까지이다. 그런데 ①주식은 소외 법인이 설립된 2001. 6. 20. 출자된 주식으로서 출자 당시 소외 법인은 벤처기업이 아니었다. 따라서 구 조세특례제한법 제14조의 과세특례가 적용되지 않는다.

나) ②주식의 경우

원고가 ②주식을 취득할 당시 소외 법인이 벤처기업에는 해당하나, 당시 원고는 소외 법인의 주식 25%를 보유하고 있던 주주로서, 원고와 소외 법인 사이에는 특수관계가 존재하여, 구 조세특례제한법 제14조의 과세특례가 적용되지 않는다.

다) ④주식 및 ⑤주식 중 105,000주의 경우

④주식 및 ⑤주식 중 105,000주의 근거가 되는 ①, ②주식에 대하여 구 조세특례제한법 제14조의 과세특례가 적용되지 않는 이상, ④주식 및 ⑤주식 중 105,000주 에 대하여도 마찬가지로 구 조세특례제한법 제14조의 과세특례가 적용되지 않는다.

3) 따라서 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.