조심2009서2698 (2010.02.04)

출자자와 벤처기업 사이에 특수관계가 있다고 볼 수 있는지 여부

벤처기업 출자주식에 대한 과세특례 적용시 벤처기업을 출자하여 설립한 경우 출자자와 벤처기업 사이에 특수관계에 있다고 볼 수 없음

결정 내용은 붙임과 같습니다.

주\u3000 문

1. 피고 GG세무서장이 2008. 11. 10. 원고 서AA에 대하여 한, 피고 HH세무서장이 2008. 11. 14. 원고 이BB에 대하여 한 각 양도소득세경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

주문과 같다.

이\u3000 유

1. 처분의 경위

"가. 원고들은 1999. 10. 29 벤처기업인 주식회사 FFFF(이하소외 회사'라 한다)를 투자하여 설립하고 각각 주식 15,440주를 취득하였다. 이후 원고들은 무상증자와 액면분할을 통하여 각각 소외 회사 주식 1,981,536주를 보유하게 되었다.", "나. 원고들은 2008. 3. 24. 각각 소외 회사의 주식 210.000주(이하이 사건 주식'이 라 한다)를 2,520,000,000원에 제3자에게 양도하고, 2008. 5. 23. 피고들에게 각각 양도 소득세 219,634,200원을 자진신고 납부하였다.",다. 이후 원고들은 2008. 9. 18. 이 사건 주식은 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식으로 구 조세특례제한법(2010. 1. 1 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항 제4호에 의해 소득세법상의 양도소득의 범위에 해당하지 않는다는 이유 로 위와 같이 자진신고납부한 양도소득세를 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.

"라. 피고들은, 원고들은 소외 회사의 셜랩 당시의 대표자 및 최대주주(38%)로 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호에서 정하는 소외 회사와 특수관계에 있는 자에 해당하므로 구 조세특례제한법 시행령 (2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제2호에 의해 구 조세특례제한법 제14조 제l항 제4호의 과세특례(이하이 사건 과세특례'라 한다)가 적용되지 않는다는 이유로, 원고 서AA에 대하여는 2008. 11. 10.에, 원고 이BB에 대 하여는 2008. 11. 14.에 각각 위 경정청구를 거부하는 이 사건 각 처분을 하였다.",[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장과 이 사건의 쟁점

(1) 원고들은, 이 사건 주식 중 136,600주는 소외 회사 설립시에 취득한 것이고(설립 시에 취득한 15,440주가 액면 분할된 것), 73,400주는 무상증자(주식발행초과금의 자본전입)에 의하여 취득한 것(2000년 무상증자로 취득한 157,488주 중 7,340주가 2004 년 액면분할된 것)이고, 소외 회사와 원고들 사이에는 특수관계가 없으며, 이 사건 주식은 출자일로부터 5년이 지난 후에 양도된 것이므로 이 사건 과세특례가 적용되어야 한다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 피고들은, 원고들은 소외 회사의 설립 당시 대표자(원고 서AA) 또는 이사(원고 이BB) 및 최대주주(38%)로 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사 하고 있어 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호에서 정하는 소외 회사와 특수관계에 있는 자에 해당하므로 이 사건 과세특례가 적용되지 않는다고 주장한다.

(3) 따라서 이 사건의 쟁점은 원고들이 소외 회사와 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호에 의한 특수관계가 있어 이 사건 과세특례가 적용될 수 없는지 여부라 할 것이다. 구체적으로 출자하여 벤처기업을 설립한 경우 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호를 적용하여 출자자와 벤처기업 사이에 특수관계에 있다고 볼 수 있는지 여부이다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 조세특례제한법 제13조 제2항, 제14조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제12조 제1항에 의하면, 벤처기업 출자주식에 대한 이 사건 과세특례의 적용을 받으려면, ① 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업으로서 출자자와 법인세법 시행령 제87조에서 정하는 특수관계가 없는 벤처기업일 것, ②주식은 설립 시 자본금으로 납입하거나 당해 기업의 설립 후 7년 이내에 유상증자, 잉여금의 자본전입, 채무의 자본전환에 의하여 취득할 것, ③ 주식은 출자일로부터 5년이 경과한 후에 양도하였을 것이라는 요건이 충족되어야 한다.

(2) 이 사건 과세특례의 적용요건 중 위 ②,③의 요건에 대하여는 당사자들 사이에 다툼이 없다. 따라서 위 ①요건과 관련하여 이 사건의 쟁점인 벤처기업을 출자하여 설립한 경우에도 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호를 적용하여 출자자와 벤처기업 사이에 특수관계에 있다고 볼 수 있는지에 관하여 보기로 한다.

"살피건대, ① 구 조세특례제한법 제13조 제2항은 벤처기업 주식의 취득방법으로설립시의 자본금 납입'을 들고 있고(제1호), 나아가 제14조 제1항은 이 사건 과세특례의 적용은 위 제13조 제2항에서 규정하는 취득방법에 한정시키고 있는 점, ② 벤처기업에 출자한 경우 과세특례를 인정하는 취지가 벤처기업을 지원하고 육성하고자 함에 있다고 할 것인데, 이미 설립된 벤처기업의 주식을 취득한 경우에는 과세특례를 인정하고 새로운 벤처기엽을 설립한 경우에는 과세특례를 인정하지 않는 것은 벤처기업 출자에 대한 과세특례를 인정하는 취지에 맞지 않는 점, ③ 벤처기업의 설립은 일반적으로 대규모의 공모방식에 의하는 것이 아니라 소수의 출자자에 의하여 이루어지는바, 그렇다면 벤처기업을 새로이 설립할 경우 항상 출자자는 당해 법인과 특수관계자일 가능성이 많아 이 사건 과세특례의 혜택을 누릴 수 없을 수가 있는 점, ④ 구 조세특례 제한법 제13조 제2항 제3호(영여금의 자본전입에 의한 경우)에 의해 주식을 취득할 수 있는 자는 법률상 당연히 주주에 한정되고, 소액주주를 제외한 주주는 법인세법 시행령 제87조 제1항 제2호에 의해 특수관계자에 해당하게 되는데, 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호의출자'의 의미를 기존에 이마 설립된 벤처기업의 주식을 취득하는 경우만을 의미(피고들은 이렇게 해석하여야 한다고 주장한다)하는 것으로 해석한다면, 영여금의 자본전업에 의하여 취득한 주식의 경우에도 이 사건 과세특례를 적용하려는 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호, 제13조 제2항 제3호의 입법취지를 몰각시킬 우려가 있다는 점, ⑤ 임원의 임명권의 행사나 사업방침의 결정은 문언적 의미나 회사 설립절차(주금납입 후 창립총회에서 임원 선임)를 고려해 보면 이미 설립된 법인을 전제로 한 개념으로 보이는 점, ⑥ 특수관계라는 개념은 원래 부당행위계산부인과 관련된 것이고(법인세법 제52조), 부당행위계산은 이마 설립된 법인과 특수관계자 사이에 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 행위를 말하는바, 그렇다면 법인을 새로이 설립할 경우에는 특수관계라는 개념이 논리적으로 성립할 여지가 없는 점 등에 비추어 보면, 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호는 이미 설립된 법인과 출자자 사이의 관계에 적용될 수 있는 것으로 제한하여 해석함이 상당하다.",(3) 따라서 원고들이 출자하여 벤처기업인 소외 회사를 설립한 이 사건에서 비록 설립 시에 원고들이 대표자 또는 이사이고 출자지분이 38%였다고 하더라도 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호에 의한 특수관계에 있다고 볼 수 없다. 그러므로 원고들의 주장은 이유 있고, 피고들의 이 사건 각 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고들의 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결 한다.