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서울행정법원 2013. 11. 22. 선고 2010구단19600 판결
벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식으로 보아 양도세 과세특례를 적용 할 수 있는지 여부[국승]
전심사건번호

조심2009서2889 (2010.06.09)

제목

벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식으로 보아 양도세 과세특례를 적용 할 수 있는지 여부

요지

원고가 출자당시 벤처기업으로 확인받거나 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업이 아니어서 양도소득세 과세특례적용대상으로 보기 어려움

사건

2010구단19600 경정청구거부처분취소

원고

1.허AA 2.김BB 3.이CC 4.윤DD

피고

1.삼성세무서장 2.송파세무서장

변론종결

2013. 9. 6.

판결선고

2013. 11. 22.

주문

1. 원고들의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고 삼성세무서장이 2009. 4. 15. ① 원고 허AA에 대하여 2006년 귀속 양도소득세 OOOO원, 2008년 귀속 양도소득세 OOOO원, ② 원고 김BB에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 OOOO원, 2008년 귀속 양도소득세 OOOO원, ③ 원고 이CC에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 OOOO원 중 OOOO원을 초과 하는 부분에 대한 각 경정청구거부처분을 취소하고, 피고 송파세무서장이 2009. 4. 17. 원고 윤DD에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 OOOO원과 2008년 귀속 양도소득세 OOOO원에 대한 각 경정청구거부처분을 취소한다는 판결.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 2001. 4. 2. 소프트웨어와 인터넷콘텐츠 개발 및 서비스업을 주요사업으로 하는 주식회사 EEE(이하 'EEE'이라고 한다)을 설립하고 그 주주가 되었고, 그 후 EEE이 주식발생초과금을 자본천입하면서 무상증자를 함에 따라 2005. 3. 2. EEE 설립 당시의 출자지분 비율대로 신주를 무상으로 교부받았다(원고들의 EEE 주식 보유 및 변동 현황은 별지 표 기재와 같다).

나. EEE은 2002. 6. 3. 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인서를 발급받아 벤처기업육성에 관한 특별조치법 소정의 벤처기업으로 확인되었다.

다. 원고들은 설립출자 빚 무상증자로 취득한 EEE 주식을 2006. 5. 30.과 2008. 8. 29. 제3자에게 양도한 후 2006. 8. 31. 과 2008. 12. 1 에 아래 표 기재와 같이 양도소득세를 신고, 납부하였다(이하 원고들이 양도한 EEE 주식을 '이 사건 쟁점주식'이라고 한다).

원고들

양도소득세 신고납부 내역(단위:원)

합계(단위:원)

2006. 5. 30. 양도분

2008. 8. 29. 양도분

허AA

OOOO

OOOO

OOOO

김BB

OOOO

OOOO

OOOO

이CC

OOOO

해당 없음

OOOO

윤DD

OOOO

OOOO

OOOO

라. 원고들은 2009. 3. 6 피고에게 씨 사건 쟁점주식의 양도는 구 조세특례제한법 (2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 '양도 당시 구 조세특례제한법'이라고 한다) 제14조 제1항 제4호구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 '양도 당시 구 시행령'이라고 한다) 제12조 제1항 제1호(이하 양도 당시 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 및 구 시행령 제12조 제1항 제1호를 '쟁점 법률 조항 또는 쟁점 시행령 조항'이라고 한다)에 근거하여 "창업 후 3년 이내인 벤처기업"에 대한 출자 지분을 출자일로부번 5년 이후에 양도한 경우로서 소득세법상 양도소득세 과세대상에서 제외된다」고 주장하면서 이미 납부한 양도소득세를 감액경정 청구를 하였으나, 피고는 쟁점 법률 및 시행령 조항에서 말하는 벤처기업은 출자 당시부터 벤처기업이어야 하는데, EEE은 원고들이 출자한 이후인 2002. 6. 3.에야 벤처 기업이 되었고, 또한 무상증자로 취득한 주식은 양도세 면제 대상에 포함되지 않는다는 이유로 피고 삼성세무서장이 2009. 4. 15.에, 피고 송파세무서장이 2009. 4. 17.에 원고들의 경정청구를 거부하는 이 사건 각 처분을 하였다.

마. 이에 대하여 원고들은 조세심판원에 심판청구를 하였으나. 2010. 6. 9. 모두 기각 되었다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑2호증부터 12호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함)까지의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들의 주장 요지

가. 쟁점 시행령 조항에서 말하는 "창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 투자"란 다음과 같은 근거에서 창업 당시에는 뱀처기업이 아니었지만 창업 후 3년 이내에 벤처기업특별법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업에 대한 설립투자도 포함된다고 해석하여야 한다.

1) 쟁점 조항의 문리적 해석

쟁점 시행령 조항이 "벤처 창업 후 3년"이 아니라 "창업 후 3년"으로만 규정하였으므로 문리해석상 창업할 당시부터 벤처일 것을 요구하지 않는다.

2) 쟁점 조항의 입법 취지

쟁점 법률 및 시행령 조항의 입법 취지는 「창업 초기의 창업자 등에게 출자하여 자본충실 및 성장통력 확보에 기여할 경우 그 과정에서 발생하는 리스크에 대한 보상책으로서 출자자에게 양도소득세 면제라는 세제혜택을 부여하는 것」인데, 벤처기업으로 창업한 경우나 벤처기업 확인을 받은 이후 투자한 경우보다 더 큰 리스크를 부담하며 창업 초기 벤처기업 확인을 받기 전에 투자한 사람에 대해 세제혜택을 부여하지 않는 것은 쟁점 법률 및 시행령 조항의 입법취지에 반한다.

3) 다른 과세특례 규정과의 체계적인 해석

- 양도 당시 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제1, 2호에서는 간접투자에 대한 과세특례 대상으로 창업자(벤처기업으로 확인을 받지 못한 채 기업을 설립한 경우)와 벤처기업 모두를 포함하고 있으므로, 직접투자에 대한 과세특례규정인 쟁점 법률 및 시행령 조항을 해석할 때에도 창업자(벤처기업 확인을 아직 받지 못한 채 기업을 설립하는 경우)에게 과세특례를 동일하게 부여하는 취지로 해석하여야 한다.

- 양도 당시 구 조세특례제한법 제13조는 법인이 창업자(벤처기업 확인을 아직 받지 못한 채 기업을 설립하는 경우)와 벤처기업 등에게 직・간접 투자한 경우를 모두 규정하고 있는 것에 비추어, 법인의 직접 출자와 개인의 직접출자를 달리 취급할 하등의 이유가 없는 이상, 개인의 직, 간접투자에 대한 규정인 쟁점 법률 및 시행령 조항을 해석할 때에도 창업자(벤처기업 확인을 아직 받지 못한 채 기업을 설립하는 경우)에 대한 출자가 포함되는 것으로 해석하여야 한다.

- 양도 당시 구 조세특례제한법 제6조 제2항에서 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 벤처기업으로 창업 후 3년 이내에 벤체기업으로 확인받은 기업을 "창업벤처중소기업" 이라고 하여 과세특례를 규정한 점에 비추어 보면, 쟁점 시행령 조항의 "창업 이후 3년 이내인 벤처기업"이란 결국 위 제6조 제2항의 창업벤처중소기업을 뜻한다고 해석하여야 한다.

- 기업이 설립 당시부터 벤처기업 창업 요건을 갖추는 것은 여러 가지 법률적, 사회적 장애로 인해 사실상 불가능하기 때문에, 창업을 한 후 벤처확인을 받은 기업도 쟁점 법률 및 시행령 조항에서 말하는 "창업 이후 3년 이내인 벤처기업"에 포함된다고 해석하여야 한다.

나. 무상증자로 취득한 주식도 쟁점 조항의 과세특례 대상에 포함되어야 한다.

주주는 무상증자로 인하여 보유하는 주식수는 늘어나지만 그가 보유하는 총 주식의 자본금에 대한 비율이나 실질적인 재산적 가치에는 아무런 차이가 없고 보유기간도 의제배당에 해당하지 않는 경우 기존 주식의 취득일로 본다. 따라서 원고들이 2005. 3. 2. 무상증자로 인하여 취득한 주식은 보유하던 기존 주식과 동일하게 취급하여야 하므로, 앞서 본 바와 같은 이유로 쟁점 법률 조항의 과세특례 적용 대상이 된다.

3.처분의 적법 여부

가. 관련 법령

별지 기재와 같다

나. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이l거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다.

다. 원고들의 주장은 쟁점 시행령 조항의 "창업 후 3년 이내인 벤처기업"의 해석에 관한 것이므로, 위와 같은 조세법규 해석의 법리를 기초로 원고들의 첫 번째 주장에 대하여 함께 본다.

쟁점 시행령 조항은 "창업 후 3년 이j내의 벤처기업" 뿐만 아니라 "벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업"에 대하여도 별도로 규정하고 있는 점에 비추어 보면, "창업 후 3년 이내의 벤처기업"은 "벤처기업으로 창업된지 3년 이내인 벤처기업"으로 해석하는 것이 문리상 자연스럽다.

또한 쟁점 법률 조항이 규정하는 벤허기업에의 출자에 대한 양도소득세 과세특례 제도는 종전에 개인이 조합을 결성하여 벤처기업에 투자하는 경우에만 조세감면 혜택을 부여함에 따라 개인의 벤처기업에 때한 투자실적이 저조하였던 점 등을 고려하여 개인이 벤처기업에 직접 투자하는 경우세도 각종 조합을 통하여 투자하는 것과 동일한 수준의 조세감면 혜택을 줌으로써 개인의 벤처기업에 대한 직접 투자를 활성화하려는 취지에서 도입된 것이고, 위와 같이 문리적으로 해석할 경우 EEE과 같이 창업 후 벤처기업으로 전환한 기업에 창업 당시 출자하여 취득한 주식이나 출자지분의 양도차익에 대하여는 양도소득세 과세특례가 적용되지 않으며, 이를 보호하여야할 필요가 있다는 점은 원고가 주장하는 바와 같지만, 한편 위 입법취지에 따라 1998. 12. 28 법률 제5584호로 구 조세감면규제법 제13조 제1호부터 제3호까지를 구 조세특례제한법 제14조 제1호부터 제3호까지로 개정하고 제14조 제4호를 신설하면서, 제14조 제1항 제1호(중소기업창업투자회사 또는 여신전문남융회사에 직접 출자한 경우) 및 제2호(중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자한 경우)와 달리 과세특례의 대상을 "창업자 또는 벤처기업"에 대한 출자라고 규정하지 않고 "벤처기업에 출자함으로써 최초로 취득한 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분"으로 규정한 뒤 벤처기업의 범위에 관하여 구 조세제한특례법 시행령(1998. 12. 31.대통령령 제15976호로 개정된 것) 제12조 제1항 제1호에서 "창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업"에 출자한 경우로 구체화하였으며, 이와 같은 조문의 체계는 쟁점 법률 및 시행령 조항에 이르기까지 유지되어 왔음을 알 수 있는바, 위와 같은 쟁점 법률 및 시행령 조항의 입법 취지, 관련 규정의 개정 연혁 및 체계, 앞서 본 조세법규 엄격 해석의 원칙 등에 비추어 보면, 쟁점 법률 및 시행령 조항은 "벤처기업"에 필요한 개인의 투자를 활성화시키기 위한 것으로 조문 신설 당시부터 양도 당시 구 조세특례제한법 제14조 제1, 2호와는 과세특례 적용 범위를 달리 한 것으로 해석함이 상당하고, 창업 후 벤처기업으로 전환한 기업에 창업 당시 출자하여 취득한 주식이나 출자지분의 양도차익에 대하여 과세특례를 부여할 필요가 있다고 하여 쟁점 법률 및 시행령 조항의 해석을 확대, 유추하는 것이 허용될 수 없으며, 위와 같은 이유에서 양도 당시 구 조세특례제한법 제13조 제1항에서 "창업자 또는 벤처기업"에 투자한 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자, 벤처기업출자유한회사가 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 차익에 대한 법인세를 부과하지 않는 경우와도 달리 해석하여야 한다.

나아가 양도 당시 구 조세특례제한법 제6조 제2허에서는 "벤처기업육성에 관한 특별조치법"에 따른 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기법으로서 창업 후 3년 이내에 위 법 25조에 의하여 2009. 12. 31까지 벤처기업으로 확인받은 기업을 "창업벤처중소기업"이라고 하여 그 확인을 받은 날 이후 일정한 기간 당해 사업에서 발생한 창업벤처중소기업의 소득에 대한 과세특례를 규정하고 있는바, 이는 벤처기업의 소득에 대한 과세특례 규정 이어서 벤처기업에 투자한 사람의 양도차익에 대한 감면규정인 쟁점 법률 및 시행령 조항과는 입법 취지나 대상이 전혀 다른 조문에 해당하므로, 쟁점 시행령 조항의 "창업 이후 3년 이내의 벤처기업이 위 제6조 제2항에서 말하는 창업벤처중소기업을 뜻한다는 원고들의 주장은 이유 없다.

마지막으로, 원고들은 기업의 설립 당시부터 벤처기업 창업 요건을 갖추는 것은 사회적, 법률적 장애로 인하여 사실상 불가능하다는 취지로 주장하나 갑7호증부터 9호증까지의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 아무런 근거가 없으므로, 이를 전제로 쟁점 시행령 조항의 "창업한 이후 3년 이내인 벤처기업"에는 "창업한 이후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 기업"으로 해석하여야 한다는 주장은 받아들일 수 없다.

라. 무상증자로 취득한 주식의 양도에 대한 판단

주식발행초과금 등 상법상의 자본준비금과 자산재평가법상의 재평가적립금 등의 자본전입에 따라 무상주가 발행되는 경우에는, 기존 주식의 재산적 가치에 반영되고 있던 주식발행초과금 또는 자산재평가적립금 등이 전입되면서 자본금이 증가됨에 따라 그 증자액에 해당하는 만큼의 신주가 발행되어 기존의 주주에게 그가 가진 주식의 수에 따라 무상으로 배정되는 것이어서, 회사의 자본금은 증가되지만 순자산에는 아무런 변동이 없고 주주의 입장에서도 원칙적으로 그가 가진 주식의 수만 늘어날 뿐 그가 보유하는 총 주식의 자본금에 대한 비율에나 실질적인 재산적 가치에는 아무런 차이가 없으므로, 주주가 기존의 주식에 관하여 쟁점 법률 및 시행령 조항의 과세특례를 적용받을 수 있다면 무상증자로 인하여 취득한 주식도 역시 과세특례 적용대상이 된다고 할 것이나(대법원 2013. 7. 25 선고 201l두22358 판결 참조), 앞서 본 바와 갈이 이 사건 쟁점주식의 양도가 쟁점 법률 및 시행령에서 말하는 과세특례 대상에 포함되지 않는다고 해석되는 이상, 원고들이 무상증자로 인하여 취득한 주식에 관하여도 쟁점 법률 및 시행령 규정이 적용되지 않는다.

마. 따라서 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

4. 결론

그러므로 원고들의 청구는 이유 없어 기각한다.

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