서울행정법원2008구합40714 (2009.12.17)

감심2008-0225 (2008.07.22)

종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체로 볼 수 있는지 여부

고유목적사업준비금을 손금으로 산입할 수 있는 비영리내국법인 중 법인으로 보는 단체의 경우에는 그 구체적 범위를'종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'를 정하고 있으므로, 주무관청에 등록되지 않은 단체는 고유목적사업준비금을 손금으로 산입할 수 없음

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여, 2007. 10. 26.에 한 2006 사업년도 법인세 신고에 대한 경정결정 및 2008. 5. 15.에 한 2007 사업년도 법인세 신고에 대한 경정결정을 각 취소한다.

1. 처분의경위

가. 원고는 1969. 4.경 대순진리회의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 종교단체이다(이하 '원고 종단'이라고 한다).

나. 2006년사업연도분법인세환급신청관련

(1) 원고 종단은 2007. 3. 23. 2006년 사업연도분 법인세과세표준 및 세액신고를 하면서 원고 종단 명의로 국민은행에 예치한 예금에 대한 이자소득금액 9,489,652,074원에 대한 원천징수세액 1,328,547,260원을 환급받기 위하여 위 이자소득금액을 수익사업 소득금액으로 신고함과 동시에 이를 고유목적사업준비금으로 손금에 산입함으로써 과세표준을 '0'으로 신고하였다.

(2) 피고는 2007. 4. 25. 원고 종단의 위 2006년 사업연도분 법인세 신고를 인정하여 환급결정을 하고, 2007. 4. 26. 원고 종단에게 위 원천징수세액 1,328,547,260원을 환급해주었다가, 2007. 9. 1. 원고 종단이 법인세법 시행령 제36조 제l항 제1호 마목 (2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 이전의 것, 이하 '법인세법 시행령'이라고 한다)의 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체' 중 '주무관청에 등록된 단체'에 해당하지 않는다는 이유로 위 환급금액을 반환하라는 납부고지서를 발부하였고, 원고는 2007. 9. 27. 이를 다시 납부하였다. 그 후 피고는 2007. 10. 26. 고유목적사업준비금 설정에 대한 손금산입을 부인하는 취지로 과세표준 및 세액을 경정결정하였다{피고가 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 '국세기본법'이라고 한다) 제51조 제1항에 기하여 국세환급금결정을 한 상태이므로, 같은 조 제7항에 따라 국세환급금취소결정 후 납세고지, 독촉절차에 착수하였어야 할 것으로 보이나, 과세행정의 편의상 자진납부를 독려하는 의미로 납세고지서를 발부하여 임의납부를 받은 후, 환급금취소결정에 갈음하여 위 법인세 과세표준 및 세 액 경정결정을 한 것으로 보인다}.

다. 2007년사업연도분법인세환급신청관련

(1) 원고 종단은 2008. 3. 19. 2007년 사업연도분 법인세과세표준 및 세액신고를 하면서 원고 종단 명의로 국민은행에 예치한 예금에 대한 이자소득금액 11,097,381,665원에 대한 원천징수세액 1,553,620,110원을 환급받기 위하여 위 이자소득금액을 수익 사업 소득금액으로 신고함과 동시에 이를 고유목적사업준비금으로 손금에 산입함으로 써 과세표준을 '0'으로 신고하였다.

(2) 피고는 2008. 5. 15. 위 법인세 신고에 대하여 역시 원고 종단이 '주무관청에 등록한 단체'가 아니라는 이유로 고유목적사업준비금 설정에 대한 손금산입을 부인하는 취지로 과세표준 및 세액을 경정결정하였다.

(3) 원고는 2007. 10. 26.자 법인세 경정결정에 대하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 2008. 7. 17. 기각되었고, 2008. 5. 15.자 법인세 경정결정에 대하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 2008. 10. 30. 기각되었다(이하 2007. 10. 26.자 법인세 경정결정 및 2008. 5. 15.자 법인세 경정결정을 합하여 '이 사건 각 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 7 내지 9호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고 종단의 주장

(1) 법인세법(2009. 12. 31. 법률 9898호로 개정되기 전의 것, 이하 '법인세법'이라고 한다) 제29조 제1항에 의한 고유목적사업준비금의 손금산입을 위해서는 법인세법 시행령 제56조 제1항 제1호, 제36조 제1항 제1호 마목에 따라 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'이어야 하고, 국세기본법 제13조 제1항 제1호는 주무관청의 허가ㆍ인가ㆍ등록을 엄격하게 구분하고 있는바, 종교단체의 경우 민법 제32조에 의한 법인설립허가 외에 주무관청인 문화체육관광부에 등록 또는 신고하는 제도가 존재하지 않음에도 불구하고, 위 규정들을 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 단체로서 민법 제32조에 의한 법인설립허가를 받은 경우 이외에는 주무관청에 등록되지 않은 경우에 해당한다고 보아 고유목적사업준비금의 손금산입이 허용되지 않는 것으로 해석한다면, 이는 결국 종교단체인 원고에게 불가능한 등록 절차를 요구하거나 법인설립을 원하지 않는 원고에게 민법 제32조에 의한 법인설립을 강제하는 것으로써 조세평등주의 및 조세명확성의 원칙을 위반하고, 헌법상 종교의 자유와 평등의 원칙을 침해하는 것이므로, 이 사건 각 처분은 위법하다.

(2) 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 이전의 것, 이하 '구 법인세법 시행령'이라고 한다) 제56조 제1항 제2호는 '상속세 및 증여세법 시행령(이하 '상속세법 시행령'이라고 한다) 제12조 각 호의 1에 해당하는 법인'을 규정하였는데, 2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 법인세법 시행령이 개정되면서 위 제56조 제1항 제2호가 삭제되었고, 그 결과 원고 종단과 같이 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 공익법인은 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목에 해당하지 않는 한 법인세법 제29조 제1항의 고유목적사업준비금의 손금산입이 가능한 비영리내국법인에서 제외되게 되었는데, 법인세법 제29조 제1항은 해당 비영리내국법인이 설립목적에 따른 사업을 위해 지출하는 소득의 경우 이를 손금에 산입할 수 있도록 함으로써 당해 비영리내국법인의 활동 및 존립을 촉진시키기 위한 규정인바, 법인세법 제29조 제1항의 입법취지는 내국법인의 기부금 손금처리를 통한 탈세를 방지하기 위하여 지정기부금으로 인정하는 대상을 한정하는 규정인 법인세법 제24조 제1항의 입법취지와 서로 다르고, 상속세 및 증여세법(이하 '상속세법'이라고 한다)에 의하면 종교단체가 타인으로부터 재산을 유증이나 증여받는 경우에는 이를 과세대상에서 제외하고 있으며, 종교단체는 국세기본법 제13조 제2항에 의하여 과세관청에서 비영리법인의 승인을 받아 사업자등록을 할 수 있도록 하고 있고, 국세기본법 제13조 제1항 제1호는 주무관청의 허가ㆍ인가ㆍ등록을 엄격하게 구분하고 있으며, 종교단체의 경우 민법 제 32조에 의한 법인설립허가 외에 주무관청인 문화체육관광부에 등록 또는 신고하는 제도가 존재하지 않음에도 불구하고, 구 법인세법 시행령과 다르게 개정된 법인세법 시행령 제56조 제1항에 따라 같은 법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목을 그대로 적용하는 경우에는 원고와 같은 비영리공익법인이 공익활동을 목적으로 소득을 적립하더라도 그 소득이 법인세 과세대상이 되므로, 이는 과세부담을 완화시켜 비영리내국법인의 활동을 장려한다는 법인세법 제29조 제1항의 입법취지에 반할 뿐 아니라, 등기된 비영리 내국법인보다 공익성의 우위에 있는 비영리공익법인의 예측가능성을 위반한 것이고, 등기된 비영리내국법인과 합리적 사유 없이 차별하는 것으로서 과세의 형평 및 합목적성과 헌법상 평등의 원칙과 종교의 자유에 비추어 현저히 불합리한 것이며, 국세기본법 제18조에서 세법해석의 기준으로 규정한 과세의 형평에 반하는 해석이므로, 법인세법 시행령 제56조 제1항은 모법의 위임취지에 위배되어 위임입법의 한계를 벗어나 위법하거나 무효인 행정입법에 해당된다고 할 것이어서, 이에 근거한 이 사건 각 처분은 위법하다.

(3) 원고 종단이 주무관청에 등록을 하지 못한 것은 주무관청인 문화체육관광부에서 종교단체 등록에 관한 기준과 절차를 마련하지 않았기 때문이고, 이와 같이 문화체육관광부의 귀책사유로 등록을 하지 못한 이상, 그러한 기준과 절차가 마련될 때까지는 상속세법 시행령 제12조 제1호의 공익법인으로 인정되기만 하면 설사 주무관청에 등록되지 않았다고 하더라도, 법인세법 시행령 제36조 제l항 제1호 마목에 해당하는 단체로 보아 법인세법 제29조 제1항에 의한 고유목적사업준비금의 손금산입을 허용하여야 하고, 또한 원고 종단은 1987. 12. 24. 주무관청인 문화체육관광부의 허가를 얻어 원고 종단의 산하단체인 재단법인 대순진리회를 설립한 이래 재단법인 대순진리회를 통하여 원고 종단의 거의 모든 종교용 재산을 유지, 관리하여 왔으며, 재단법인 대순진리회를 통하여 지속적으로 문화체육관광부의 관리ㆍ감독을 받아 왔으므로, 원고 종단의 구조 및 운영형태에 비추어 원고 종단은 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목에 해당하는 단체로 보아 법인세법 제29조 제1항에 의한 고유목적사업준비금의 손금산입을 허용하여야 한다.

나. 관계법령

별지기재와같다.

다. 판단

(1) 법인세법시행령제56조제1항의위헌여부

(가) 헌법 제11조 제1항은 모든 국민은 법 앞에 평등하고 누구든지 합리적 이유 없이는 생활의 모든 영역에 있어서 차별을 받지 아니한다는 평등원칙을 선언하고 있으므로, 조세법률관계에 있어서도 과세는 개인의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고, 합리적인 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이고(헌법재판소 1996. 6. 26. 선고 93헌바2 전원재판부 결정 등 참조), 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 법령으로 규정하였다고 하더라도 그 규정 내용이 지나치게 추상적이고 불명확하면 과세관청의 자의적인 해석과 집행을 초래할 염려가 있으므로 법률 또는 그 위임에 따른 명령ㆍ규칙의 규정은 일의적이고 명확해야 할 것이나, 법령 규정은 일반성, 추상성을 가지는 것이어서 법관의 법보충작용으로서의 해석을 통하여 그 의미가 구체화, 명확화될 수 있으므로, 조세에 관한 규정이 관련 법령의 입법 취지와 전체적 체계 및 내용 등에 비추어 그 의미가 분명해 질 수 있다면 이러한 경우에도 명확성을 결여하였다고 하여 위헌이 라고 할 수는 없다(대법원 2007. 7. 26. 선고 2005두2612 판결 등 참조).

(나) 한편, 오늘날 조세는 재정수입의 확보라는 목적 이외에 국민경제적ㆍ재정정책적ㆍ사회정책적 목적을 달성하기 위한 수단으로 이용되기도 하는바, 조세감면의 혜택 범위를 결정하는 문제는 이러한 정책적 목적과 조세 부담의 형평성 등을 종합적으로 고려하는 가운데 입법자가 광범위한 형성의 자유를 행사할 수 있는 영역에 속한다고 할 것이므로, 입법자가 명백히 입법형성의 재량범위를 벗어난 자의적인 입법을 한 경우에 한하여 평등원칙에 위반되어 위헌이라고 할 것이다(헌법재판소 2000. 1. 27. 선고 98헌바6 전원재판부 결정, 헌법재판소 2005. 2. 24. 선고 2003헌바72 전원재판부 결정 등 참조).

또한, 조세우대조치의 남발은 그에 의하여 조세감면을 받는 특정한 납세자군의 조세부담을 다른 납세자군에게 전가하는 결과를 가져와 조세평등의 이념에 반하고 일반 납세자들의 납세의식을 저하시킬 수 있기 때문에, 입법자가 조세감면 대상을 설정함에 있어 되도록 신중한 입장을 취하여 그러한 조세감면이 가장 절실하거나 시급하다고 생각되는 집단으로 그 범위를 한정하고 사회ㆍ경제적 상황의 변화에 따라 그 범위를 조절하는 것이 허용된다고 할 것이므로, 비록 면세규정의 기본 취지에 비추어 볼 때에는 면세대상이 과소포함되었다 하더라도, 입법자가 자신의 재량 범위 내에서 합리적인 기준에 의하여 면세대상을 선정하고 있는 이상, 이는 정당화된다고 할 것이다. 아울러, 종교단체를 포함한 비영리단체에 대한 세제지원이 변칙적인 탈세수단으로 악용되거나 공익성을 빙자한 조세회피의 소지가 있다면 조세감면을 통해 달성하려는 정책목표의 효과보다는 감면이 수반하는 사회적 비용이 더 크게 되어 사회정책적 측면이나 국민경제적 측면에서 바람직하지 못한 현상이 초래된다고 할 것이다(위 헌법재판소 2003헌바 72 전원재판부 결정 참조).

(다) 법인세법 제29조 제1항은 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하는 경우에는 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 등의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다고 규정하고 있고, 이를 근거로 법인세법 시행령 제56조 제1항은 고유목적사업준비금의 손금산입이 허용되는 단체의 범위로서 같은 시행령 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체(제1호) 및 법령에 의하여 설치된 기금(제2호)을 규정하고 있다.

한편, 구 법인세법 시행령 제56조 제1항 제2호는 고유목적사업준비금의 손금산입이 허용되는 단체의 범위로서 '상속세법 시행령 제12조 각 호의 1에 해당하는 법인'을 규정하였는데, 2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 법인세법 시행령이 개정되면서 위 제56조 제1항 제2호가 삭제되었고, 그 결과 원고 종단과 같이 소득세법 시행령 제12조 제1호의 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 공익법인 등은 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목에 해당하지 않는 한 법인세법 제29조 제1항의 고유목적사업준비금의 손금산입이 가능한 비영리내국법인에서 제외되게 되었다.

(라) 이 사건에 관하여 보건대, ① 법인세법 제1조 제2호, 법인세법(2008. 12. 26. 법률 9267호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항은 법인세의 납세의무자 및 과세소득의 범위에 관하여 규정하면서 원고 종단과 같은 종교단체를 포함한 비영리내국법인은 그 법인의 정관 또는 목적사업에 불구하고 같은 법 제3조 제2항 각 호 소정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있으므로, 비영리내국법인에 대하여는 그 공익적 성격을 고려하여 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없도록 하고 있는 점, ② 법인세법 제29조 제1항은 세법상 비영리법인 역할의 확대를 위한 조세유인책의 하나로 비영리내국법인의 수익사업소득에 대하여는 고유목적사업준비금으로 적립하여 고유목적사업에 사용하는 것을 전제로 손금산입의 방법에 의하여 과세를 감면 또는 면제하도록 하고 있고, 다만 비영리법인이 수익을 영리사업에 지출하였음에도 과세 혜택을 받는 것을 과세관청이 사후 관리, 감독할 수 있도록 하기 위하여, 비영리내국법인 중 법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한하여 위 규정을 적용하도록 하고 있는 점, ③ 2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정된 법인세법 시행령 제56조 제1항이 고유목적사업준비금의 손금산입이 허용되는 단체의 범위에서 상속세 시행령 제12조 각 호의 1에 해당하는 공익법인 등을 제외한 것은 상속세법 시행령 제12조 각 호의 1에 해당하는 공익법인 등은 그 설립에 주무관청의 인가, 허가, 등록 등을 요구하지 않기 때문에 비과세의 혜택을 받을 목적으로 단체의 설립이 난무할 가능성이 있고, 수익금의 지출용도 등에 관하여 과세관청의 관리, 감독이 용이하지 않다는 과세 정책적 판단에 기인한 것으로 보이는 점, ④ 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목 이외에 같은 항 각호에서 규정하고 있는 비영리내국법인은 사회복지사업법에 의한 사회복지법인, 유아교육법에 따른 유치원 등, 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술 연구단체 등, 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화ㆍ예술단체 등, 의료법에 의한 의료법인, 민법 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인 중 일정한 요건을 충족한 것으로서 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정한 법인, 위 지정기부금단체 등과 유사한 것으로서 기획재정부령이 정하는 지정기부금단체 등으로서 모두 관련 법령에 따라 주무관청에 의하여 관리, 감독을 받고 있는 단체들인 것으로 보이는 점, ⑤ 국세기본법 제13조 제1항 제1호는 주무관청의 허가ㆍ인가ㆍ등록을 구분 하고 있기는 하나, 법원의 법보충작용으로서의 해석상 법인세법 시행령 제56조 제1항, 제36조 제1항 제1호 마목에 규정된 '종교의 보급 기타 교회를 목적으로 설립하여 주무 관청에 등록된 단체'의 범위에는 주무관청의 등록에 있어서보다 주무관청의 엄격한 통제를 받은 주무관청의 허가ㆍ인가를 받아 설립된 단체가 포함된다고 해석함이 타당한 점, ⑥ 조세감면의 혜택 범위를 결정하는 문제에 대하여 정책적 목적과 조세 부담의 형평성 등을 종합적으로 고려하는 가운데 입법자에게 광범위한 형성의 자유가 인정되는 점에 비추어 입법자는 과세정책상의 판단에 따라 법인세법 시행령 제56조 제1항에 해당하는 단체의 범위를 제한 또는 확대하거나 심지어는 이를 규정하지 않을 수도 있다고 할 것이므로(대법원 1996. 2. 9. 선고 95누6144 판결 참조), 종교단체의 경우 민법 제32조에 의한 법인설립허가 외에 주무관청인 문화체육관광부에 등록 또는 신고하는 제도가 존재하지 않는다고 하더라도, 이는 입법자가 위 ③항과 같은 목적을 실현하기 위한 과세정책상 법인세법 시행령 제56조 제1항, 제36조 제1항 제1호 마목에 규정된 '종교의 보급 기타 교회를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'의 범위에 주무관청에 등록되어 관리, 감독을 받는 민법 제32조에 의한 법인설립허가를 받은 종교 단체만이 해당되고, 나머지 종교단체는 위 범위에 해당되지 않는다고 판단하였기 때문이라고 보이는 점(결국 이러한 입법자의 과세정책적 판단이 반영되어 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정된 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목은 '민법 제32조에 의한 법인설립허가를 받은 종교단체'라고 명확하게 규정하고 있다), ⑦ 위와 같은 법인세법 시행령의 각 개정취지를 고려할 때, 민법 제32조에 의한 법인설립허가를 받아 주무관청에 등록되어 주무관청의 관리, 감독을 받는 종교단체와 나머지 종교단체 사이에 고유목적사업준비금의 손금산입에 차등을 두는 것은 합리적인 차별로 보여지고, 원고 종단은 민법 제32조에 의한 법인설립허가를 받은 종교단체에 비하여 자유로운 활동이 보장되고, 그 밖에 소득세법 및 법인세법 등이 규정하고 있는 각종 조세감면의 혜택을 향유하고 있는 점에 비추어 볼 때, 원고 종단을 고유목적사업준비금의 손금산입에서 제외한 것만으로 원고 종단에게 민법 제32조에 의한 법인설립을 강제하는 것으로는 보이지 않는 점, ⑧ 원고 종단이 고유목적사업준비금의 손금산입 대상에서 제외되었다는 이유만으로 재산권 침해가 생기는 것이 아니며, 원고 종단으로서는 앞서 본 법인세법 제1조 제2호, 제3조에 의하여 원래 부담하여야 할 납세의무를 지는 것에 불과한 점 등을 종합하면, 이 사건 각 처분이 조세평등주의 및 조세명확성의 원칙을 위반하고, 헌법상 종교의 자유와 평등의 원칙을 침해하는 것으로서 위법하다고 볼 수 없으므로, 원고 종단의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 법인세법시행령제56조제1항이모법의위임취지에위배되는지여부

(가) 헌법은 제75조 및 제95조에서 위임입법의 근거를 마련하는 한편 위임입법의 범위와 한계를 제시하고 있는데, 법률로 대통령령에 위임을 하는 경우라도 적어도 법률의 규정에 의하여 대통령령으로 규정될 내용 및 범위의 기본사항을 구체적으로 규정함으로써 누구라도 당해 법률로부터 대통령령에 규정될 내용의 대강을 예측할 수 있도록 하여야 할 것이고(헌법재판소 2004. 11.25. 선고 2004헌가15 전원재판부 결정), 어느 시행령의 규정이 모법의 위임범위를 벗어난 것인지 여부를 판단함에 있어서 중요한 기준 중 하나는 예측가능성인바, 이는 당해 시행령의 내용이 이미 모법에서 구체적으로 위임되어 있는 사항을 규정한 것으로서 누구라도 모법 자체로부터 그 위임된 내용의 대강을 예측할 수 있는 범위 내에 속한 것이어야 함을 의미하고, 이러한 예측가능 성의 유무는 당해 특정조항 하나만을 가지고 판단할 것은 아니고 법률의 입법 취지 등을 고려하여 관련 법조항 전체를 유기적ㆍ체계적으로 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2008.11.27. 선고 2006두19570 판결 등 참조).

(나) 이 사건에 관하여 보건대, ① 법인세법 제29조 제1항은 세법상 비영리법인 역할의 확대를 위한 조세유인책의 하나로 비영리내국법인의 수익사업소득에 대하여는 고유목적사업준비금으로 적립하여 고유목적사업에 사용하는 것을 전제로 손금산입의 방법에 의하여 과세를 감면 또는 면제하도록 하고 있고, 다만 비영리법인이 수익을 영리사업에 지출하였음에도 과세 혜택을 받는 것을 과세관청이 사후 관리, 감독할 수 있도록 하기 위하여, 비영리내국법인 중 법인으로 보는 단체의 경우에는 그 적용대상을 대통령령에 위임하여 그 적용대상을 정하도록 하고 있으므로, 법인세법 제29조 제1항 자체로부터도 그 위임된 내용의 대강을 충분히 예측할 수 있는 점, ② 법인세법 제29조 제1항의 위임에 따라 법인세법 시행령 제59조 제1항은 고유목적사업준비금의 손금산입이 허용되는 단체의 범위로서 같은 시행령 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체(제1호) 및 법령에 의하여 설치된 기금(제2호)을 규정하고 있는 점, ③ 앞서 본 바와 같이 2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정된 법인세법 시행령 제56조 제1항이고 유목적사업준비금의 손금산입이 허용되는 단체의 범위에서 상속세 시행령 제12조 각 호의 1에 해당하는 공익법인 등을 제외한 것은 상속세법 시행령 제12조 각 호의 1에 해당하는 공익법인 등은 그 설립에 주무관청의 인가, 허가, 등록 등을 요구하지 않기 때문에 비과세의 혜택을 받을 목적으로 단체의 설립이 난무할 가능성이 있고, 수익금의 지출용도 등에 관하여 과세관청의 관리, 감독이 용이하지 않다는 과세정책적 판단에 기인한 것으로 보이는 점, ④ 법인세법 시행령 제59조 제1항은 고유목적사업준비금의 손금산입이 허용되는 단체의 범위로서 같은 시행령 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체를 규정하고 있는데, 같은 시행령 제36조 제1항 제1호의 모법 규정인 법인세법 제24조 제1항의 입법취지는 기부금 손금처리를 통한 탈세방지를 위한 것 외에도 공공성을 지닌 기부금에 대한 과세혜택을 주기 위한 것도 포함된다고 할 것이고, 법인세 법 제29조 제l항의 입법취지도 비영리법인 역할의 확대를 위한 것 외에도 과세 혜택에 대한 과세관청의 관리, 감독을 위한 것도 포함하고 있으므로, 법인세법 제24조 제1항과 같은 법 제29조 제1항의 입법취지가 유사한 측면이 있다고 보이는 점, ⑤ 상속세법에서 종교단체에 대한 유증이나 증여에 대하여 과세대상에서 제외하는 것과 법인세법 제29조 제1항, 같은 법 시행령 제59조 제1항에서 고유목적사업준비금의 손금산입이 허용되는 단체의 범위를 포함시키는 것은 입법자의 과세정책적 판단에 있어 충분이 다를 수 있을 것으로 보이는 점, ⑥ 앞서 본 바와 같이 종교단체의 경우 민법 제32조에 의한 법인설립허가 외에 주무관청인 문화체육관광부에 등록 또는 신고하는 제도가 존재하지 않는다고 하더라도, 이는 입법자가 위 ③항과 같은 목적을 실현하기 위한 과세정책상 법인세법 시행령 제56조 제1항, 제36조 제1항 제1호 마목에 규정된 '종교의 보급 기타 교회를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'의 범위에 주무관청에 등록되어 관리, 감독을 받는 민법 제32조에 의한 법인설립허가를 받은 종교단체만이 해당되고, 나머지 종교단체는 위 범위에 해당되지 않는다고 판단하였기 때문이라고 보이는 점 등을 종합하면, 법인세법 제59조 제1항이 법인세법 제29조 제1항의 입법취지에 반하거나 예측가능성을 위반하고, 과세의 형평 및 합목적성과 헌법상 평등의 원칙과 종교의 자유에 비추어 현저히 불합리한 것이며, 국세기본법 제18조 제1항에서 세법해석의 기준으로 규정한 과세의 형평에 반하는 해석이라고 볼 수 없으므로, 법인세법 시행령 제56조 제1항은 모법의 위임취지에 위배되어 위임입법의 한계를 벗어난 위법하거나 무효인 행정입법에 해당된다고 볼 수 없다 할 것이어서, 원고 종단의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(3) 원고 종단을 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목의 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'로 볼 수 있는지 여부

(가) 조세에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건이거나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조).

(나) 이 사건에 관하여 보건대, ① 앞서 본 바와 같이 법인세법 제29조 제1항은 고유목적사업준비금을 손금으로 산입할 수 있는 비영리내국법인 중 법인으로 보는 단체의 경우에는 그 구체적 범위를 법인세법 시행령에 위임하고 있고, 위임에 따른 법인세법시행령 제56조 제l항 제1호는 '제36조 제1항 1호에 해당하는 단체'를 규정하고 있으며, 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목은 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'를 규정하고 있으므로, 원고 종단과 같이 주무관청에 등록되지 않은 단체는 고유목적사업준비금을 손금으로 산입할 수 있는 비영리내국법인에 포함하고 있지 않음이 명백한 점, ② 원고 종단과 같이 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 비영리법인의 경우에는 주무관청에 등록되지 않았다고 하더라도, 곧바로 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목의 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'로 보아야 한다거나, 관할 세무서장에게 사업자등록을 마침으로써 국세기본법 제13조 제1항 제1호의 법인으로 보는 단체로 승인되거나 또는 산하단체인 재단법인의 설립을 통하여 주무관청의 관리ㆍ감독을 받아온 이상 이를 주무관청에 등록한 것과 통일하게 취급하여야 한다는 해석은 조세법률주의의 엄격해석의 원칙에 따라 허용되지 않는다고 할 것인 점 등을 종합하면, 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목의 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'를 원고 주장과 같이 해석할 수 없다 할 것이므로, 원고 종단의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(4) 소결론

따라서, 이 사건 각 처분은 모두 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.