주무관청에 등록되지 않은 단체는 고유목적사업준비금을 손금으로 산입할 수 없음

법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 마목에서 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'를 정하고 있으므로 주무관청에 등록되지 않은 단체는 고유목적사업준비금을 손금으로 산입할 수 있는 비영리내국법인에 포함하지 않음

2008구합40714 법인세부과처분취소

2008구합48930(병합) 법인세부과처분취소

○○회

○○세무서장

2009.11.24.

2009.12.17.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 원고에 대하여, 2007. 10. 26.에 한 2006 사업연도 법인세 신고에 대한 경정 결정 및 2008. 5. 15.에 한 2007 사업연도 법인세 신고에 대한 경정 결정을 모두 취소한다.

1. 각 처분의 경위

가. 원고는 1969. 4.경 ○○회의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 종교단체이다(이하 '원고 종단'이라 한다).

나. 2006년 사업연도분 법인세 환급 신청 관련

(1) 원고 종단은 2007. 3. 23. 2006년 사업연도분 법인세과세표준 및 세액신고를 하 면서 원고 종단 명의로 국민은행에 예치한 예금에 대한 이자소득금액 9,489,652,000원에 대한 원천징수세액 1,328,547,260원을 환급받기 위하여 위 이자소득금액을 수익사업 소득금액으로 신고함과 동시에 이를 고유목적사업준비금으로 손금에 산입함으로써 과세표준을 '0'으로 신고하였다.

(2) 피고는 2007. 4. 25. 원고 종단의 위 2006년 사업연도분 법인세 신고를 인정하여 환급결정을 하고, 2007. 4. 26. 원고 종단에게 위 원천징수세액 1,328,547,260원을 환급 해주었다가, 2007. 9. 1. 원고 종단이 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 마목(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다)의 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체' 중 '주무관청에 등록된 단체'에 해당하지 않는다는 이유로 위 환급금액을 반환하라는 납부고지서를 발부하였고, 원고는 2007. 9. 27. 이를 다시 납부하였다. 그 후 피고는 2007. 10. 26. 고유목적준비금 설정에 대한 손금산입을 부인하는 취지로 과세표준 및 세액을 경정 결정하였다(피고가 국세기본법 제51조 제1항에 기하여 국세환급금결정을 한 상태이므로, 같은 조 제7항에 따라 국세환급금취소결정 후 납세고지, 독촉절차에 착수하였어야 할 것으로 보이나, 과세행정의 편의상 자진납부를 독려하는 의미로 납세고지서를 발부하여 임의납부를 받은 후, 환급금취소결정에 갈음하여 위 법인세 과세표준 및 세액 경정결정을 한 것으로 보인다).

다. 2007년 사업연도분 법인세 환급 신청 관련

(1) 원고 종단은 2008. 3. 19. 2007년 사업연도분 법인세과세표준 및 세액신고를 하 면서 원고 종단 명의로 국민은행에 예치한 예금에 대한 이자소득금액 11,097,381,665 원에 대한 원천징수세액 1,553,620,110원을 환급받기 위하여 위 이자소득금액을 수익 사업 소득금액으로 선고함과 동시에 이를 고유목적사업준비금으로 손금에 산입함으로 써 과세표준을 '0'으로 신고하였다.

(2) 피고는 2008. 5. 15. 위 법인세 신고에 대하여 역시 원고 종단이 '주무관청에 등록한 단체'가 아니라는 이유로 고유목적사업준비금 설정에 대한 손금산입을 부인하는 취지로 과세표준 및 세액을 경정 결정하였다.

(3) 원고는 2007. 10. 26.자 법인세 경정결정에 대하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 2008. 7. 17. 기각되었고, 2008. 5. 15.자 법인세 경정결정에 대하여 감사원에 심사 청구를 하였으나, 2008. 10. 30. 기각되었다(이하 2007. 10. 26.자 법인세 경정결정 및 2008. 5. 15.자 법인세 경정결정을 합하여 '이 사건 각 처분'이라 한다).

[인정근거 : 갑 1호증, 갑 2호증, 갑 3호증, 갑 7호증, 갑 8호증, 갑 9호증, 을 1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

(1) 원고 종단의 주장

(가) 법인세법 시행령 제56조 제1항은 제2호로 '상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 1에 해당하는 법인'을 규정하였는데, 2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정 되면서 위 제2호가 삭제되었고, 그 결과 원고 종단과 같이 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 공익법인은 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호에 해당하지 않는 한 법인세법 제29조 제1항의 고유목적사업준비금의 손금산입이 가능한 비영리내국법인에서 제외되게 되었다. 그러나, 법인세법 시행령 제56조 제1항에 의할 경우 비영리 공익법인이 공익 활동을 목적으로 소득을 적립하더라도 그에 대하여 과세 가 되므로, 과세부담을 완화시켜 비영리법인의 활동을 장려한다는 입법취지에 반할 뿐 아니라 등기된 비영리 법인과 합리적 사유 없이 차별을 받게 되므로, 모법의 위임취지 에 위배된다.

(나) 한편, 원고 종단이 주무관청에 등록을 하지 못한 것은 주무관청인 문화체육관광부에서 종교단체 등록에 관한 기준과 절차를 마련하지 않았기 때문이고, 이와 같이 문화체육관광부의 귀책사유로 등록을 하지 못한 이상, 그러한 기준과 절차가 마련될 때까지는 공익법인으로 인정되기만 하면 설사 주무관청에 등록되지 않았다고 하더라도, 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 마목에 해당하는 단체로 보아 같은 법 시행령 제29조 제1항의 고유목적사업준비금으로의 손금산입을 허용하여야 한다.

(2) 관련 법령

별지 기재와 같다.

(3) 판단

(가) 법인세법 시행령 제56조 제1항이 모법의 위임취지에 위배되는지 여부

조세의 부과, 정수로 납세의무자의 사유재산에 대한 이용, 수익, 처분의 권한이 중대 한 제한을 받게 되는 경우 재산권의 침해가 될 수 있지만, 국가가 공익 실현을 위하여 조세를 부과, 징수함에 있어서 재산권의 본질적인 내용인 사적 유용성과 처분권이 납세의무자에게 남아있는 한도 내에서는 조세부담을 지울 수 있다 할 것이고(헌법재판소 2001. 2. 22. 선고 99헌바3 결정 등 참조), 한편 조세 법률에 있어서 그 과세요건과 이에 대한 예외적 규정인 비과세 내지 면세요건을 규정하는 것은 그 규정이 현저히 불합리하지 아니하는 한 입법자의 입법재량에 속한다고 할 것이다(대법원 2001. 5. 29. 선고 99두7265 판결 참조).

법인세법 제29조 제1항은 세법상 비영리법인 역할의 확대를 위한 조세유인책의 하나 로 비영리 내국법인의 수익사업소득에 대하여는 고유목적사업준비금으로 적립하여 고유목적사업에 사용하는 것을 전제로 손금산입의 방법에 의하여 과세를 감면 또는 면제 하도록 하고 있고, 다만 비영리법인이 수익을 영리사업에 지출하였음에도 과세 혜택을 받는 것을 과세관청이 사후 관리, 감독할 수 있도록 하기 위하여, 비영리내국법인 중 법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한하여 위 규정을 적용하도 록 하였다.

이와 같은 입법취지를 고려할 때 2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정된 법인세법 시행령 제56조가 제1항에서 고유목적사업준비금의 손금산입이 허용되는 단체의 범위에서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 1에 해당하는 공익법인을 제외한 것은 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 1에 해당하는 공익법인 등은 그 설립에 주무관청의 인가, 허가, 등록 등을 요구하지 않기 때문에 비과세의 혜택을 받을 목적으로 단체의 설립이 난무할 가능성이 있고, 수익금의 지출용도 등에 관하여 과세관청의 관리, 감독이 용이하지 않다는 판단에 기인한 것으로 보이고, 이는 모법의 수권 범위 내에서 이루어진 합리적인 제한이라고 보이므로(더구나 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목이 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정됨으로 인하여, 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립한 단체의 경우 주무관청에 등록하는 것만으로는 고유목적준비금의 손금산입이 허용되지 않고, 민법 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립되어야 비로소 손금 산입이 허용된다), 위 시행령 조항은 입법재량 범위 내라 할 것이다. 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

(나) 원고 종단을 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호의 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'로 볼 수 있는지 여부

살피건대, 법인세법 제29조 제1항은 고유목적사업준비금을 손금으로 산입할 수 있는 비영리내국법인 중 법인으로 보는 단체의 경우에는 그 구체적 범위를 법인세법시행령 에 위임하고 있고, 위임에 따른 법인세법시행령 제56조 제1항은 제1호로 '제36조 제1 항 1호에 해당하는 단체'를 정하고 있으며, 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호는 마목으로 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'를 정하고 있으므로, 원고 종단과 같이 주무관청에 등록되지 않은 단체는 고유목적사업준비금을 손금으로 산입할 수 있는 비영리내국법인에 포함하고 있지 않음이 명백하다.

원고 종단은 이에 대하여, 주무관청인 문화체육관광부에서 종교단체 등록에 관한 기준과 절차를 마련하지 않는 바람에 등록을 하려고 해도 등록을 할 수 없는 상태이므로, 원고 종단과 같이 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 비영리법인의 경우에는 설사 주무관청에 등록되지 않았다고 하더라도, 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 마목의 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'로 보아야 하고, 또는 관할 세무서장에게 사업자 등록을 마침으로써 국세기본법 제13조 제1항 제1호의 법인으로 보는 단체로 승인된 이상 이를 주무관청에 등록한 것과 동일하게 취급하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하므로(대법원 1994. 2. 22. 선고 92누18603 판결, 2000. 3. 24. 선고 2000두628 판결, 2002. 1. 25. 선고 2000두10489 판결 등 참조), 위 각 법령을 원고 주장과 같이 해석할 수 없어, 원고의 위 주장 역시 받아들일 수 없다.

(4) 소결론

따라서, 이 사건 각 처분은 모두 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.