1. 피고가 2012. 4. 2. 원고에 대하여 한 2010년 제1기 부가가치세 114,276,680원, 2010년 제2기...

1. 처분의 경위

가. 원고는 동파이프 제조업체인 능원금속공업 주식회사에서 약 15년간 근무한 B이 2010. 3. 18. 제조공장 기계설비의 수리부품 가공 등을 목적으로 설립한 주식회사이다.

나. 원고는 위 설립 이후 주로 폐동 거래를 하였는데, 매출처로부터 발주요청을 받으면 매입처를 찾아내 매출처에 약간의 마진을 붙여 판매하고, 실제 폐동의 운반은 매입처에서 매출처로 바로 운반하도록 하는 중간도매상 또는 중개상 형태의 거래를 하였다.

다. 원고는 아래 표 기재와 같이, ① C 주식회사(대표자가 최초 거래시 D였다가 2010. 11. 30. E로 변경되었다. 이하 ‘C’이라 한다)로부터 2010년 제1기 및 2011년 제1, 2기의 각 과세기간 동안 폐동 등 공급가액 합계 약 20,824,000,000원의 매입 세금계산서를, ② F자원(대표자 G)으로부터 2010년 제2기 과세기간 동안 폐동 등 공급가액 합계 약 605,000,000원의 매입 세금계산서(이하, 위 각 매입 세금계산서를 통틀어 ‘이 사건 각 세금계산서’라고 한다)를 각 교부받은 다음 해당 과세기간의 부가가치세 및 법인세를 각각 신고납부하였다.

매입처 과세기간 거래금액(단위 : 백만 원) C 2010년 제1기 640 2011년 제1기 7,181 2011년 제2기 13,003 F자원 2010년 제2기 605

라. 피고는 2011. 11. 1.부터 2012. 2. 29.까지 원고에 대한 2010년 제1기부터 2011년 제2기까지의 과세기간을 대상으로 한 거래질서 관련 조사(이하 ‘이 사건 조사’라고 한다)를 한 결과, C과 F자원(G)으로부터 교부받은 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 위 각 세금계산서의 매입세액을 불공제하는 한편 지출증빙미수취 등에 따른 가산세를 부과하기로 하여, 2012. 4. 2. 2010년 제1기 부가가치세 114,276,680원, 2010년 제2기 부가가치세 104,657...