1. 피고는 원고에게 3,313,688,985원과 이에 대하여 2017. 7. 1.부터 2017. 10. 31.까지는 연 5%, 그...

1. 기초사실

가. 원고는 2015. 1. 15.부터 2016. 5. 31.까지 광주시 B에서 ‘C’이라는 상호로 비철 도매업을 영위한 자이다.

원고는 위 사업장에 관하여 별지 목록 제1항 기재와 같이 부가가치세를 신고납부하였다.

나. 중부지방국세청장은 별지 목록 제1항 기재 거래(이하 ‘이 사건 거래’라고 한다)에 관한 세금계산서가 가공거래에 의한 허위세금계산서에 해당한다는 사유로 원고에 대하여 2015년 제1기부터 2016년 제1기까지 부가가치세 과세기간 동안 각 매출세액과 각 매입세액을 모두 0원으로 경정하고, 기납부한 세액에서 세금계산서 미발급 등 가산세를 공제한 별지 목록 제2항 기재와 같은 세액 합계 3,238,061,269원(이하 ‘쟁점 세액’이라고 한다)을 환급하는 경정결의를 하고 이를 경기광주세무서장에게 통보하였다.

다. 원고는 경기광주세무서장에게 2016. 10. 12. 및 2016. 10. 27. 쟁점 세액의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 경기광주세무서장은 2016. 10. 13. 및 2016. 12. 22. 각 원고의 청구를 거부하는 통지를 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 조세특례제한법 제106조의9 소정의 매입자납부특례에 의하여 매입자가 납부한 부가가치세액은 매출자가 납부할 세액에서 차감되어야 하므로, 부가가치세를 실제로 납부한 자가 원고가 아닌 원고의 매입자라는 이유로 피고는 원고의 부가가치세 환급청구를 거부할 수는 없다.

따라서 피고는 원고에게 쟁점 세액 상당의 부가가치세 환급금과 환급가산금을 지급할 의무가 있다.

3. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.

4. 피고의 본안 전 항변에 대한 판단

가. 피고는, 원고가 이 사건 거래에...