의정부지방법원-2016-구합-9959 (2017.09.19)

이 사건 기부채납거래에는 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 가목에 의하여 영세율이 적용됨

이 사건 기부채납거래에는 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 가목에 의하여 영세율이 적용되므로 관련 매입세액은 공제됨

조세특례제한법 제105조(부가가치세 영세율의 적용) 제1항 제3호

2017누74599 부가가치세경정거부처분취소

AAA 주식회사

OO세무서장

의정부지방법원 2017. 9. 19. 선고 2016구합9959 판결

2018. 6. 7.

2018. 7. 12.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 20OO.OO.OO. AAA 주식회사에 대하여 한 2011년 1기분 부가가치세 OOO원, 2011년 2기분 부가가치세 OOO원, 2012년 1기분 부가가치세 OOO원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

이 부분에 관하여는 다음과 같이 일부 내용을 고치거나 추가하는 것 외에는 제1심 판결 이유 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 제1심 판결의 이유 중 해당 부분을 인용한다.

(고치거나 추가하는 부분)

2면 7~9행의 "AAA 주식회사(OO법원 20OO.OO.OO.자 20OO하합OOO호 파산선고로 원고가 이 사건 소송을 수계하였다. 이하 편의상 '원고'로 혼용한다) 20OO.OO.OO. OO시"를 "AAA 주식회사(OO법원 20OO.OO.OO.자 20OO하합OOO호 파산선고로 원고가 이 사건 소송을 수계하였다. 이하 편의상 '원고'로 혼용한다)는 20OO.OO.OO. 'AAA 사업시설의 건설, 관리 및 운영'과 '그와 직, 간접적으로 관련되거나 부수되는 사업'을 설립 목적으로 하여 설립된 법인이다. 원고는 20OO.OO.OO. OO시와"로 고친다.

2면 10행의 "제119-62호"를 "제1996-2호"로 고친다.

4면 12행의 "하였다"를 "하였고, 원고는 위 통지를 2014. 6. 20. 송달받았다."로 고친다.

4면 13행의 "2014. 9. 20."을 "2014. 9. 18."로 고친다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

이 사건 철도차량 및 이 사건 건설사업관리용역을 포함한 이 사건 기부채납거래는 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 가목에서 규정하는 지방자치단체에 직접 공급하는 도시철도건설용역에 해당하므로, 이 사건 철도차량 및 이 사건 건설사업관리용역을 포함한 이 사건 기부채납거래에는 영세율이 적용되어야 한다.

설령 이 사건 철도차량 및 이 사건 건설사업관리용역이 직접적인 도시철도건설용역의 범위에 포함되지 않는다고 하더라도, 이는 지방자치단체에 직접 공급하는 도시철도건설용역의 부수재화 또는 부수용역의 공급에 해당하므로, 이 사건 철도차량 및 이 사건 건설사업관리용역에는 도시철도건설용역과 동일하게 영세율이 적용되어야 한다.

따라서 원고가 이 사건 사업시설의 건설단계에서 부담한 이 사건 매입세액은 공제되어야 하는 것임에도 이를 인정하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호의2, 제3호 가목의 입법연혁과 입법목적 및 문언을 체계적으로 해석하면, 이 사건 기부채납거래와 같이 민간투자법 제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 같은 법 제4조 제1호 규정에 따른 방식으로 지방자치단체에 사회간접자본시설 등을 공급하는 경우에는 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호의2의 적용 여부만이 문제되고, 위 제3호의2가 적용되지 않는 이상 같은 조항 제3호 가목은 이 사건 기부채납거래에 적용될 여지가 없다. 따라서 이 사건 기부채납거래에는 영세율이 적용되지 않는다고 할 것이므로 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다.

설령 이 사건 기부채납거래에 영세율이 적용되는 경우라고 하더라도, 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제2항, 같은 법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 제1호 또는 같은 법 제6조 제4항이 적용되어 이 사건 사업시설 등을 원고에게 '자가공급'한 경우로 해석할 수 있으므로, 위와 같이 영세율이 적용되어 공제되는 매입세액만큼 그 매출세액이 부가가치세로 과세되어야 하므로 이러한 측면에서도 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 가목의 적용 여부

가) 구 조세특례제한법 제105조 제1항은 "다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다."라고 규정하면서, 제3호 가목에서 "국가 및 지방자치단체에 직접 공급하는 도시철도건설용역"을, 제3호의2에서 "민간투자법 제2조 제7호에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역"을 각 규정하고 있다. 한편, 구 민간투자법(2014. 5. 21. 법률 제12663호로 개정되기 전의 것)은 제2조 제1호 다목에서 사회기반시설 중의 하나로 도시철도법 제3조 제1호의 규정에 의한 도시철도"를 들고 있고, 구 도시철도법(2014. 1. 7. 법률 제12216호로 전부 개정되기 전의 것) 제3조 제1호는 "도시철도 에 대하여 "도시교통의 원활한 소통을 위하여 도시교통권역에서 건설ㆍ운영하는 철도ㆍ모노레일 등 궤도에 의한 교통시설 및 교통수단"으로 규정하고 있으며, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제7호는 여객운송 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있다.

나) 구 조세감면규제법1)(1979. 12. 28. 법률 제3196호로 개정된 것)은 지하철도의 건설을 촉진함으로써 도시교통의 발전에 기여함을 목적으로 하는 구 지하철도건설촉진법2)(1979. 4. 17. 법률 제3167호로 제정된 것)이 시행되자, 위와 같은 지하철도의 건설에 대한 세제상의 지원을 통해 민간업체의 참여를 활성화하기 위하여 제11조의2 제1항 제3호에 "국가 또는 지방자치단체에 직접 공급하는 지하철도건설용역"에 대한 부가가치세에 영의 세율을 적용하는 규정을 신설하였고, 이후 몇 차례 개정이 있었으나 앞서 본 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 가목과 같이 국가 및 지방자치단체에 직접 공급하는 도시철도(지하철도)건설용역에 대한 부가가치세에 영세율을 적용하는 규정은 계속적으로 존재하여 왔다.

1) 이후 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전부 개정되면서 법명이 '조세특례제한법'으로 변경되었다.

2) 이후 1986. 5. 12. 법률 제3846호로 개정되면서 법명이 '지하철도의 건설 및 운영에 관한 법률'로 변경되었다가, 1990. 12. 31. 법률 제4308호로 개정되면서 법명이 '도시철도법'으로 변경되었으며, 철도의 명칭도 '지하철도'에서 '도시철도'로 변경되었다.

다) 한편 구 조세감면규제법(1997. 8. 30. 법률 제5402호로 개정된 것)은 사회간접자본의 확충을 위한 민자유치사업의 활성화를 위하여, 국가 또는 지방자치단체에 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대한 부가가치세에 영세율을 적용하는 규정과는 별도로 제100조 제1항 제7호로 '사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법3) 제22조 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것의 공급에 대하여 부가가치세를 면제한다'는 규정을 신설하였는데, 이후 개정된 구 조세특례제한법(1999. 12. 28. 법률 제6054호로 개정된 것)은 위와 같은 부가가치세 면제규정을 삭제하고, 제105조 제3호의2로 '사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다'는 규정을 신설하였다. 그 후 다시 법이 개정되면서 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 것) 제105조 제1항 제3호의2는 '사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다'고 규정하였다.

라) 위와 같은 관계 법령의 규정 내용 및 연혁, 앞서 든 각 증거에 갑 제16, 17, 21~25호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 의하면, 원고의 이 사건 기부채납거래는 지방자치단체에 도시철도건설용역 또는 그에 부수되는 재화 등을 직접 공급하는 경우로서 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 가목에 의하여 영세율이 적용되는 경우라고 할 것이며, 이 사건 기부채납거래에 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호의2를 적용할 수 없는 경우라고 하더라도 그를 이유로 위 제3호 가목을 적용하지 아니할 아무런 근거가 없다고 할 것이다. 따라서 원고의 주장은 이유 있다.

3) 이후 1998. 12. 31. 법률 제5624호로 전부 개정되면서 법명이 '사회간접자본시설에 대한 민간투자법'으로 변경되었다가, 2005. 1. 27. 법률 제7386호로 개정되면서 법명이 '사회기반시설에 대한 민간투자법'으로 변경되었으며, 시설의 명칭도 '사회간접자본시설'에서 '사회기반시설'로 변경되었다.

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는데(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조), 구 조세특례제한법 제105조 제1항은 "다음 각 호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급"에 영의 세율을 적용한다고 규정하고 있을 뿐 각 호 간의 적용순서나 특별히 적용이 배제되는 경우에 대하여 규정하지 않고 있으므로, 명문의 근거 없이 이 사건 사업시설과 같은 도시철도 관련 시설이 사회기반시설에 해당된다는 이유만으로 제3호의2만이 적용된다거나 제3호 가목을 적용할 수 없다고 해석하는 것은 그 문언을 넘어서는 해석이 될 것이다.

(2) 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호는 도시교통의 원활한 소통을 위하여 사회기반시설 중에서도 특히 공공성이 높은 도시철도의 건설을 촉진할 목적으로 폭넓은 세제상의 지원을 통해 민간참여를 유도하기 위한 규정이고, 제3호의2는 도시철도뿐만 아니라 다양한 사회기반시설에 대한 민간의 투자를 촉진할 목적으로 세제상의 지원을 부여하는 규정으로서 그 입법목적과 공급대상 및 적용 범위가 상이하므로 중첩적인 적용이 불가능하다고 할 수는 없다.

(3) 또한 기부채납사업에 대한 영세율 적용 및 면세 여부와 기부채납 후에 이루어지는 사업의 과세 또는 면세 여부는 논리필연적인 관계에 있지 않고 정책적인 판단에서 결정되어야 할 문제이므로, 이 사건 기부채납거래 이후에 원고가 OO시로부터 관리운영권을 취득하여 면세사업인 여객운송사업을 영위하였다고 하더라도 그 공급의 주체나 기부채납 이후 영위하는 사업이 과세사업인지 여부를 제한하는 명문의 규정이 없는 이상 이 사건 기부채납거래에 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 가목이 적용되지 않는다고 해석할 근거가 없다.

(4) 원고가 OO시와 민간투자법 제4조 제1호의 방식으로 이 사건 사업시설을 준공과 동시에 그 소유권을 OO시에 귀속시키기로 AAA 민간투자사업실시협약을 체결하고, 위 실시협약에 따라 이 사건 기부채납거래를 통해 OO시에 이 사건 사업시설의 소유권을 귀속시킨 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 실시협약의 내용과 이 사건 기부채납거래의 경위 등을 종합하여 보면, 사업시행자인 원고가 개별 업체들로부터 이 사건 건설사업관리용역과 이 사건 철도차량 등의 재화와 용역을 공급받은 뒤 이를 일체화하여 '도시철도건설용역'을 지방자치단체인 OO시에 직접 공급한 것으로 보아야 한다.

(5) 설령 이 사건 건설사업관리용역과 이 사건 철도차량이 도시철도건설용역 그 자체는 아니라고 하더라도, 이는 도시철도건설용역에 필수 불가결한 용역과 재화라고 할 것이므로, 구 부가가치세법 시행령 제3조 제2호에 의한 '거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 도시철도건설용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역'이라고 할 것이며, 따라서 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 가목에 의한 영세율이 적용되어야 한다.4)

4) 기획재정부도 이 사건과 유사한 사안에서 같은 취지의 질의회신을 한 바 있다[기획재정부 부가가치세제과-892(2010. 12. 31.)].

2) 구 부가가치세법 제6조 제2항, 제4항의 적용 여부

가) 구 부가가치세법 제6조 제2항은 '사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 본다'고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제15조 제1항 제1호는 '부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화'를 공급이 의제되는 재화로 규정하고 있다. 한편 구 부가가치세법 제6조 제4항은 '사업자가 사업을 폐업하는 경우 남아있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다'고 규정하고 있다.

나) 구 부가가치세법 제6조 제2항, 같은 법 시행령 제15조 제1항 제1호의 적용여부에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 기부채납거래를 통해 도시철도건설용역을 공급함으로써 OO시가 이 사건 사업시설의 소유권을 취득하고 원고는 OO시로부터 관리운영권을 취득한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그렇다면 원고가 자신의 사업인 이 사건 기부채납거래를 통해 취득한 재화는 이 사건 사업시설이 아닌 관리운영권이라고 할 것이고, 원고가 아닌 OO시가 소유권을 취득한 이 사건 사업시설을 원고가 면세사업인 여객운송 용역의 공급을 위하여 취득한 재화로 볼 수 없으며, 원고가 직접 이를 사용하거나 소비하는 경우로도 볼 수 없다. 따라서 이 사건 사업시설을 구 부가가치세법 제6조 제2항, 같은 법 시행령 제15조 제1항 제1호에 따라 부가가치세가 과세되는 재화의 공급으로 의제되는 경우라고 볼 수 없다.

다) 구 부가가치세법 제6조 제4항의 적용 여부에 관하여 보건대, 원고가 'AAA 사업시설의 건설, 관리 및 운영' 등을 목적으로 설립되었음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 OO시로부터 이 사건 사업시설의 관리운영권을 취득하여 여객운송용역을 공급하는 사업을 영위한 것이 '사업자가 사업을 폐업하는 경우'로 볼 수는 없다. 설령 원고가 이 사건 기부채납거래와 같은 기부채납사업에서 여객운송 용역을 공급하는 사업으로 사업의 종류를 변경한 것으로 본다고 하더라도, 구 부가가치세법 기본통칙(2014. 12. 30. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 6-0-1 제1호에 의하면 '사업자가 사업의 종류를 변경한 경우 변경 전 사업에 대한 잔존재화'의 경우 구 부가가치세법 제6조 제4항의 남아있는 재화로서 과세하지 아니하므로, 구 부가가치세법 제6조 제4항이 적용되지 않는 경우임이 명백하다고 할 것이다.

3) 소결론

따라서 원고의 이 사건 기부채납거래는 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 가목에 의한 '지방자치단체에 직접 공급하는 도시철도건설용역'에 해당하여 영세율이 적용되므로 이 사건 매입세액은 공제되어야 하고, 구 부가가치세법 제6조 제2항, 제4항에 따라 재화의 공급으로 의제되는 경우로 볼 수도 없으므로, 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.