1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 제주시 B에 있는 ‘C’이라는 상호의 양돈농장의 대표자인데(종래 ‘D’이라는 상호로 원고의 부친인 E이 대표자로 있었으나 2009. 1. 8.자로 위와 같이 그 상호 및 대표자가 변경되었다), 다만 위 농장은 원고가 명의상으로만 대표자일 뿐 실질적으로는 E과 그 처인 F가 함께 운영하여 왔다.

나. E은 1997. 4. 15. 피고로부터 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률(이하 ‘가축분뇨법’이라 한다) 제11조에 따른 설치허가(이하 ‘이 사건 허가’라 한다)를 받아 위 농장 운영을 위한 돼지사육시설 및 퇴비화시설 등 가축분뇨 배출시설 및 처리시설을 설치하였고, E으로부터 위 농장의 대표자 지위를 승계한 원고는 이후 배출시설 및 처리시설을 증설하거나 가축분뇨 처리내용을 일부 변경하는 등의 사유로 2009. 1. 8.부터 2016. 3. 20.까지 총 4차례에 걸쳐 이 사건 허가에 대한 변경신고를 하여 그 수리를 받았다.

다. 2017. 7. 12. 제주시 G 절개지에서 가축분뇨가 대량으로 유출되는 사건이 발생하였고, 이에 제주특별자치도 자치경찰단(이하 ‘자치경찰단’이라 한다)이 수사에 착수하였는데, 그 수사결과 E과 F는 아래와 같은 내용의 가축분뇨법위반의 피의사실로 입건되었다.

E과 F는 공모하여 2003년경 공동 운영하는 C에서 돼지 사육두수 증가로 1저장조(122톤), 2저장조(270톤) 외 저장조를 증설할 필요성이 있자 3저장조(98톤)를 증축하면서 고의적으로 가축분뇨를 중간배출할 목적으로 3저장조 상층부에서 하단부로 70cm 지점에 직경 18cm의 코어구멍을 뚫어 가축분뇨를 유출하고, 지형이 낮은 2저장조 북측면 지면 아래로 흘러내리는 것을 미리 알고 유출된 분뇨가 지면으로 역류하는 것을 방지할 목적으로 지명 아래 1m 지점에...