1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 제주시 B, C, D, E, F 지상에서 ‘G’이라는 상호로 양돈농장을 운영하고 있다.

나. 원고는 1997. 6. 11. 피고로부터 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률(이하 ‘가축분뇨법’이라 한다) 제11조에 따른 설치허가(이하 ‘이 사건 허가’라 한다)를 받아 위 농장 운영을 위한 돼지사육시설, 퇴비화시설 및 액비화시설 등 가축분뇨 배출시설 및 처리시설을 설치하였고, 이후 배출시설 및 처리시설을 증설하거나 가축분뇨 처리내용을 일부 변경하는 등의 사유로 1997. 9. 12.부터 2017. 5. 15.까지 총 15차례에 걸쳐 변경허가를 받거나, 변경신고를 하여 그 수리를 받았다.

다. 2017. 7. 12. 제주시 H에 있는 I 내 토지에서 가축분뇨가 대량으로 유출되는 사건이 발생하였고, 이에 제주특별자치도 자치경찰단(이하 ‘자치경찰단’이라 한다)이 수사에 착수하였는데, 그 수사결과 원고는 아래와 같은 내용의 가축분뇨법위반 등의 피의사실로 입건되었다. 가축분뇨 무단유출, 공공수역 유입(가축분뇨법 제10조 제1항) 가축분뇨 또는 퇴비액비를 배출수집운반처리살포하는 자는 이를 유출방지하여 공공수역에 유입시키거나 유입시킬 우려가 있는 행위를 하여서는 아니된다.

1) 그럼에도 원고는 2013년부터 2017. 7.까지 사이에 G에서 돼지를 연간 평균 3,000여두를 사육하면서 발생하는 분뇨를 슬러리피트(Slurry pit)에서 1차 저장조로 보내고 다시 고액분리기를 통하여 분과 뇨를 분리시키는 과정에서 분뇨가 흘러넘치는 것을 알면서도 고액분리기에서 새어나오는 불특정 물량의 분과 뇨를 저장조 밖 지하로 흘러 들어가도록 함으로서 가축분뇨를 무단유출하였고, 2) 2015. 11.경 G 폭기저장조(4저장조)(이하 ‘이 사건 구 저장조’라 한다) 1동을...