1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 바나나, 파인애플 등 농산물 수출입업을 영위하는 원고는 2001. 10. 20. 피고로부터 항만법 제9조 제2항에 따라 다음과 같은 내용의 항만공사시행허가를 받았다.

공사의 명칭 : A 창원물류센터 신축 공사시행장소 : B항 C부두 안에 위치한 창원시 D 부지 26,076㎡(이하 ‘이 사건 전체부지’라고 한다) 공사내용 : 이 사건 전체부지의 지반개량, 물류창고 3동 및 관리동 1동 연면적 10,144㎡ 건축

나. 원고는 위 항만공사시행허가에 따라 이 사건 전체부지에 지반개량공사를 실시하고 그 위에 물류창고 및 관리동을 건축하여 2003. 2.경 항만법 제12조에 따라 준공인가를 받았다

(이후 훈증실이 설치되는 등 위 건물들이 일부 증개축되었다). 다.

원고는 그 무렵 항만법 제30조 제1항에 따라 이 사건 전체부지에 관한 항만시설전용사용허가를 받았고 이후 위 허가를 갱신하여 오면서 이 사건 부지를 사용하여 왔다(가장 최근의 허가는 허가기간을 2016. 1. 1.부터 2018. 12. 31.까지로 한 2015. 12. 2.자 허가이다). 라.

피고는 이 사건 전체부지에 관한 사용료를 산정함에 있어 처음에는 항만법 제30조 제4, 6항, 항만법 시행령 제28조 제2항, 항만법 시행규칙 제13조, 무역항 등의 항만시설 사용 및 사용료에 관한 규정(이하 ‘사용료 규정’이라고 한다) 제8조 제1항 별표 1 1.라.

(2)에 따라 이 사건 전체부지를 ‘항만부지’로 보고 국유재산법 시행령 제29조를 적용하였다.

마. 그런데 원고는 2009. 1. 20. 피고에게 이 사건 부지 중 아래 도면에 ‘J 야적장’으로 표시된 4,845.35㎡(2011. 11.경 옥외 화장실의 철거로 24.44㎡가 추가되어 총 면적이 4,869.79㎡가 되었다, 이하 ‘이 사건 계쟁부지’라고 한다)는 항만부지가 아닌 ‘야적장’으로 이용되고 있으므로,...