1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

3. 제1심 판결의 주문 제1항 중...

1. 제1심 판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 일부 내용을 고치거나 당심에서 특별히 강조하고 있는 피고의 주장에 대하여 아래 제2항 기재와 같은 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

제1심 판결 제6쪽 스물두째 줄의 “섬유업게 시제품”을 “섬유업계 시제품”으로 고친다.

제1심 판결 제7쪽 표 중 제목줄의 “보조금 수입”을 “비과세수입(보조금수입)”으로 고친다.

제1심 판결 제19쪽 별지 ‘부동산 목록’ 중 열넷째 줄의 “철근콜크리트조”를 “철근콘크리트조”로 고친다.

2. 추가 판단

가. 피고의 주장 1) 이 사건 센터는 원고의 고유목적사업인 섬유산업연구개발 관련 사업을 위하여 구축된 것이므로, 그 구축 관련 비용은 비과세사업 관련 매입금액에 해당하여 공제하지 않는 것이 타당하다. 2) 원고의 경우 특정과제수행을 위해 보조금을 지급받고, 보조금 수령 후 보조금에 대한 각 사업과제를 수행함으로써 매입금액이 발생하며, 보조금 지출의 적정성 관리를 위해 보조금지급기관에 정기적으로 사업과제별 정산보고서를 제출하여야 할 뿐만 아니라, 보조금 수령 이후 법규위반 등이 발생할 경우 환수 조치되는(지식경제 기술혁신사업 협약서 제11, 12조) 등의 사정에 비추어 볼 때, 보조금은 사업수행에 대한 대가라 할 것이므로, 공통매입세액의 비과세사업 관련 매입금액을 안분계산함에 있어서 비과세사업의 공급가액에 보조금을 포함하여 계산함이 타당하다.

3 또한 원고의 고유목적사업을 위하여 지급된 매입금액은 불공제하여야 할 것이지만 공제할 부분과 공제하지 아니할...