대구지방법원2013구합11033(2014.8.01)

과세 및 비과세사업 겸영자의 부가가치세 공통매입세액 안분계산에 대한 판단

원고의 보조금 수입은 비과세사업을 위한 대가에 해당되지 아니하므로 공통매입세액을 공급가액으로 안분한 이 사건 처분은 위법함

부가가치세법 제16조

2014누5935 부가가치세부과처분취소

AA

BB

국패

2015. 4. 24

2015. 5. 29

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

3. 제1심 판결의 주문 제1항 중 "2007년 제1기분 132,613,580원"을 "2007년 제1기분 143,613,580원"으로 경정한다.

1. 청구취지

피고가 원고에 대하여 한 2012. 2. 8.자 2007년 제1기분 143,613,580원, 2007년 제2

기분 186,829,510원, 2008년 제1기분 132,034,430원, 2008년 제2기분 215,220,440원,

2009년 제1기분 176,546,240원, 2009년 제2기분 120,181,190원, 2010년 제1기분

130,300,300원, 2010년 제2기분 149,257,160원, 2011년 제1기분 101,483,030원의 각

부가가치세 부과처분 및 2012. 2. 1.자 2011년 제2기분 286,087,030원의 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 일부 내용을 고치거나 당심

에서 특별히 강조하고 있는 피고의 주장에 대하여 아래 제2항 기재와 같은 판단을 추

가하는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소

송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심 판결 제6쪽 스물두째 줄의 "섬유업게 시제품"을 "섬유업계 시제품"으로 고친다.

○ 제1심 판결 제7쪽 표 중 제목줄의 "보조금 수입"을 "비과세수입(보조금수입)"으로 고친다.

○ 제1심 판결 제19쪽 별지 '부동산 목록' 중 열넷째 줄의 "철근콜크리트조"를 "철근콘크리트조"로 고친다.

2. 추가 판단

가. 피고의 주장

1) 이 사건 센터는 원고의 고유목적사업인 섬유산업연구개발 관련 사업을 위하여

구축된 것이므로, 그 구축 관련 비용은 비과세사업 관련 매입금액에 해당하여 공제하

지 않는 것이 타당하다.

2) 원고의 경우 특정과제수행을 위해 보조금을 지급받고, 보조금 수령 후 보조금

에 대한 각 사업과제를 수행함으로써 매입금액이 발생하며, 보조금 지출의 적정성 관

리를 위해 보조금지급기관에 정기적으로 사업과제별 정산보고서를 제출하여야 할 뿐만

아니라, 보조금 수령 이후 법규위반 등이 발생할 경우 환수 조치되는(지식경제 기술혁

신사업 협약서 제11, 12조) 등의 사정에 비추어 볼 때, 보조금은 사업수행에 대한 대가라 할 것이므로, 공통매입세액의 비과세사업 관련 매입금액을 안분계산함에 있어서 비과세사업의 공급가액에 보조금을 포함하여 계산함이 타당하다.

3) 또한 원고의 고유목적사업을 위하여 지급된 매입금액은 불공제하여야 할 것이

지만 공제할 부분과 공제하지 아니할 부분을 분리할 적정한 안분방법을 찾기가 어렵

고, 원고가 신고한 바에 따르면 전체 수입금액 중 과세분 매출액이 차지하는 비율은

20.15%에 불과한 반면 매입세액공제율은 87.93%에 달하는바, 보조금을 비과세사업의

공급가액에 포함하지 않을 경우 원고가 매출세액에서 공제받을 수 있는 매입세액이 부

당히 증가하는 결과를 초래하게 되므로, 현재로서는 보조금을 비과세사업의 공급가액

으로 간주하여 공통매입세액을 안분계산하는 방법이 가장 현실적이고 합리적인 대안이

다.

4) 한편 공제받을 매입세액에 대한 부분은 납세의무자에게 유리한 것이고 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 납세의무자인 원고가 이를 입증하여야 한다.

나. 판단

1) 당심이 인용한 제1심 판결의 인정사실에서 보듯이, 이 사건 센터는 슈퍼섬유시제품 제작, 제품생산・신기술 제공 및 교육, 시험분석 및 테스트베드 평가 인증 획득 국내 공인 인증 획득, 국가 및 산업체와의 공동기술과제 수행을 통한 기술지원 및 제품생산 지원, 국내 공인인증 획득을 통한 생산 및 수요 기업에 테스트베드 제공 등을 목적으로 구축되어 실제로 시험분석센터 등에서 수익사업을 통한 수익이 창출되고 있으므로, 피고가 이 사건 센터 구축 관련 비용 전액을 비과세사업 관련 매입금액으로 보아 그에 대한 매입세액을 모두 불공제한 것은 위법하다.

2) 대가성 없는 용역의 공급은 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는데, 원고가 지급받은 보조금은 산업기술혁신촉진법 제42조, 00광역시 사무의 민간위탁 촉진 및 관리 조례, 000도 보조금 관리 조례 등에 근거한 것으로 일반운영보조금은 물론 특정과제보조금도 연구개발의 성패에 따라 지원금이 환수되거나 차회 보조금이 지급되지않는 것이 아니어서 고유목적사업 수행에 대한 대가로 볼 수 없다. 또한 지식경제 기술혁신사업 협약서 제11, 12조에 의하면 사업수행자는 관계법령 등을 준수하여야 하고, 관계법령 등을 위반한 경우 사업수행자의 귀책사유에 따라 보조금의 전액, 일부,사용 잔액 등을 환수 조치하도록 규정되어 있으나, 이는 관계법령 등 위반에 대한 제재규정에 불과하여 이러한 규정 및 사업과제별 정산보고서를 제출하여야 하는 사정만으로는 보조금이 고유목적사업 수행에 대한 대가에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 피고가 공통매입세액의 비과세사업 관련 매입금액을 안분계산함에 있어 비과세사업의 공급가액에 보조금을 포함하여 계산한 것은 위법하다.

3) 당심이 인용한 제1심 판결의 이유 및 위 2)항에서 살펴본 바와 같이 피고가 보조금을 비과세공급가액에 포함하여 비과세사업에 해당하는 매입세액을 산정한 것은 위법하고, 보조금을 비과세공급가액에 포함할 수 없는 이상 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로, 비과세사업과 과세사업에 공통되는 공통매입세액의 안분계산에 관하여 면세(비과세)사업과 과세사업의 공급가액비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수는 없다. 따라서 피고로서는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안

분계산방법들 중에서 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 찾아 부가가치

세를 부과하였어야 하고, 원고의 신고 내역상 수입금액 중 과세분 매출액이 차지하는

비율은 20.15%에 불과한 반면 매입세액공제율은 87.93%에 달한다는 사정만으로 보조

금을 비과세사업의 공급가액으로 간주하여 공통매입세액을 안분계산하는 방법만이 가

장 현실적이고 합리적인 대안이라고 보기도 어렵다.

4) 행정처분의 취소를 구하는 항고소송에 있어서 그 처분의 적법성에 대한 입증책

임은 행정청인 피고에게 있고(대법원 1983. 12. 13. 선고 83누492 판결 등 참조), 실지조사결정에 의한 과세표준과 세액의 결정이 불가능하여 추계조사결정할 사유가 있는

경우라 하더라도 합리적이고 타당성 있는 방식에 의하여야 하며 그와 같은 추계사유의

존재와 추계방식의 합리성, 타당성에 관하여는 처분의 적법성을 인정받고자 하는 과세

관청이 이를 주장・입증할 책임이 있는바(대법원 1992. 5. 12. 선고 90누3140 판결 참

조), 이는 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 관하여 비과세사업 관련 매입금액을 안분계산하는 경우에 있어서도 마찬가지이다.

5) 따라서 피고의 위 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을

같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하고, 제1심 판결의 주문 제1항 중 "2007년 제1기분 132,613,580원"은 "2007년 제1기분 143,613,580원"의 오기임이 명백하므로 이를 경정하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.