주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위 ⑴ 과천시 B 전 578㎡(이하 ‘이 사건 농지’라 한다)에 관하여 수원지방법원 안양지원 안양등기소 1999. 5. 14. 접수 제5028호로 C(D생, 원고의 부친) 명의의 소유권이전등기(등기원인 1999. 5. 13. 매매)가 마쳐진 후, 위 등기소 2006. 5. 22. 접수 제4812호로 원고 명의의 소유권이전등기(등기원인 2006. 3. 29. 유증 민법 제1078조는 ‘포괄적 유증을 받은 자는 상속인과 동일한 권리의무가 있다’고 규정함으로써 특정유증의 경우에는 상속과 달리 취급하고 있으나, 상속세법 제2조 제1호 가목에서는 ‘유증’을 상속세 과세대상인 상속에 포함시키고 있으므로, 상속세법상 특정유증은 상속과 동일하게 취급될 것이다. )가 마쳐졌다가, 위 등기소 2015. 7. 8. 접수 제117747호로 한국토지주택공사 명의의 소유권이전등기(등기원인 2015. 7. 1. 공공용지의 협의취득)가 마쳐졌다.
⑵ 원고는 2015. 7. 16. 한국토지주택공사로부터 이 사건 농지의 협의취득에 따른 보상금 658,920,000원을 지급받은 후, 그로 인한 양도소득세를 신고하면서 조세특례제한법 제69조에 따른 자경농지에 대한 감면 신청을 하였다.
⑶ 피고는 2016. 7. 1. 원고에 대하여, 원고가 이 사건 농지를 보유하는 기간 동안 매년 총급여액이 3,700만 원을 초과하여 조세특례제한법 시행령(대통령령 25211호, 2014. 2. 21.) 제66조 제14항에 따라 양도소득세 감면을 배제하여야 한다는 이유로, 2015년 귀속 양도소득세 123,575,810원 = 산출세액 129,148,555원 - 감면세액 24,644,692원 피고는, 2016. 12. 21.자 답변서에서'구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제77조 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 에 따르면 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득의 경우 2015. 12. 31. 이전에...