1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 화물알선업을 영위하는 법인으로, 2010. 3. 21. 원고 소유인 차량번호 A 덤프 차량에 관하여 ‘B’ 운영자인 C와, 차량번호 D 덤프 차량에 관하여 ‘E’ 운영자인 F(이하 위 각 덤프 차량을 통칭하여 ‘이 사건 각 차량’이라 하고, C, F을 ‘이 사건 각 거래처’라 한다)과 사이에 각 ‘소사장제 운송도급계약’을 체결하고 2010년부터 2013년까지 사이에 이 사건 각 거래처로부터 합계 675,024,581원 상당의 운송용역 공급 세금계산서(이하 통칭하여 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하였다.

이 사건 각 거래처는 위 세금계산서에 관한 부가가치세를 신고ㆍ납부하였고, 피고는 위 금액을 매입세액에서 공제하고 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

나. 피고는 2015. 3. 30.부터 2015. 4. 18.까지 원고에 대한 법인통합조사를 한 결과, 실제로는 원고가 이 사건 각 차량의 운송용역 관련 업무를 모두 수행하였음에도 이 사건 각 거래처가 지입차량으로 운영한 것처럼 가장하였다고 판단하였고, 이 사건 세금계산서가 모두 허위 세금계산서인 것으로 보아 매입세액에서 불공제하고 허위세금계산서 가산세, 부당과소신고 가산세 및 납부불성실 가산세를 더하여 2015. 7. 6. 별지 ‘증액경정후 세액’란 기재와 같이 부가가치세를 경정ㆍ고지하였다.

다. 원고는 이에 대하여 2015. 8. 11. 이의신청을 거쳐 2015. 12. 31. 조세심판청구를 하였다.

조세심판원은 2016. 5. 31. 위 각 부가가치세에 대하여 부당과소신고 가산세가 아닌 일반과소신고 가산세를 적용하고, 납부불성실 가산세는 이 사건 각 거래처 명의로 신고ㆍ납부한 부가가치세액을 차감한 세액을 기준으로 계산하여 세액을 경정하라는 취지로 원고의 청구를 일부 인용하고, 나머지...