서울행정법원2011구합30113 (2011.12.14)

조심2011서1638 (2011.06.17)

연말정산 신고 후 종합소득세 확정신고를 하지 않았더라도 부과 제척기간은 5년으로 보아야 함

원고가 근로소득을 연말정산 신고 후 종합소득세 과세표준 확정신고서를 제출하지 않았다고 하더라도, 무신고로 부과 제척 기간을 7년으로 적용할 수 없고, 5년으로 보아야 하므로 부과제척기간이 도과한 후에 한 과세처분으로 위법함

2012누678 종합소득세 부과처분 취소

임XX

반포세무서장

서울행정법원 2011. 12. 14. 선고 2011구합30113 판결

2012. 8. 28.

2012. 10. 12.

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2011. 3. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 종합소득세 000원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 종합소득세 처분

이 부분에 설시할 이유는 제1심 판결문 제2면 제3행부터 제3면 제2행까지의 1. 처분의 경위" 부분 기재와 같으므로 「행정소송법」 제8조 제2항, 「민사소송법」 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 원고 및 피고의 주장

가. 원고의 주장

원고는 2004년 귀속 갑종근로소득 및 을종근로소득에 대하여 연말정산을 하여 갑종근로소득 전부 및 을종근로소득 일부에 대한 소득세를 납부하였는바, 연말정산 과정에서 을종근로소득 일부에 소득세가 납부되지 않았다고 하더라도 이는 근로소득을 과소신고 한 것에 불과할 뿐 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제2호 소정의 '납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우'에 해당하지 않으므로, 원고의 2004년 귀속 종합소득세의 부과제척기간은 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년이다. 따라서 2011. 3. 1. 원고에게 2004년 귀속 종합소득세를 부과한 이 사건 처분은 부과제척기간을 도과하여 한 것으로서 위법하다.

나. 피고의 주장

「소득세법」 제73조 제2항 단서 및 「소득세법 시행령」 제137조 제2항에 의하면, 연말 정산에 의하여 소득세를 납부함으로써 확정신고자진납부를 할 세액이 없는 경우에 한하여 종합소득 과세표준확정신고를 하지 않을 수 있다. 그런데 원고는 2004년 귀속 갑종근로소득 및 을종근로소득에 대하여 연말정산을 하면서 을종근로소득 일부에 대한 소득세를 납부하지 않았으므로, 종합소득 과세표준확정신고를 할 의무가 있었다. 그럼에도 불구하고 원고가 종합소득 과세표준확정신고를 하지 않았으므로, 원고의 2004년 귀속 종합소득세의 부과제척기간은 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제2호에 의하여 7년이다. 따라서 이 사건 처분은 부과제척기간이 도과하기 전에 한 것으로서 적법하다.

3. 판단

가. 부과제척기간 및 과세표준신고

(1) 「국세기본법」 (2005. 1. 5. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제l항은, 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 국세를 부과할 수 없다고 규정하면서, △ 제1호에서, 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 ▪ 공제 받은 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간이라고 규정하고, △ 제2호에서, 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간이라고 규정하고, △ 제3호에서, 제1호 및 제2호에 해당 하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간이라고 규정하였다.

(2) 한편으로 「소득세법」 (2004. 12. 31. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조 및 「소득세법 시행령」 (2005. 2. 19. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제130조는, 당해 연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 다음 연도 5. 1.부터 5. 31.까지 관할세무서장에게 신고서를 제출하여 종합소득 과세표준확정신고를 하여야 한다고 규정하였다.

나. 「소득세법」 제73조

(1) 「소득세법」 제70조는 앞서 본 바와 같이 종합소득 과세표준확정신고를 하도록 규정하였는데, 「소득세법」 제73조 제1항은, △ 근로소득만 있는 자, △ 일정 범위의 연금소득만 있는 자, △ 일정 범위의 사업소득만 있는 자, △ 퇴직소득만 있는 자, △ 근로소득 및 퇴직소득만 있는 자, △ 퇴직소득 및 일정 범위의 연금소득만 있는 자, △ 퇴직소득 및 일정 범위의 사업소득만 있는 자는 「소득세법」 제70조에 불구하고 당해 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하였다.

(2) 위 「소득세법」 제73조 제1항의 규정취지에 관해 살펴보면 아래와 같다 .

▪ 「소득세법」 제4조, 제20조, 제22조에 의하면, △ 거주자의 소득은 종합소득, 퇴직소득, 양도소득, 산림소득으로 구분되고, △ 종합소득은 근로소득, 연금소득, 사업소득 등을 합산한 것이며, △ 근로소득은 갑종근로소득, 을종근로소득으로 구분되고, 퇴직소득도 갑종퇴직소득, 을종퇴직소득으로 구분된다.

▪ 「소득세법」 제73조 제1항이 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다고 규정한 소득 가운데 △ 갑종근로소득, 연금소득, 사업소득, 갑종퇴직소득에 대하여는 「소득세법」 제134조, 제143조의2, 제144조, 제146조에 의하여 당해 소득을 지급하는 때에 소득세를 원천징수하게 되고, △ 을종근로소득에 대하여는 납세조합을 조직한 경우에 「소득세법」 제150조에 의하여 매월 당해 소득에 대한 소득세를 원천징수하게 된다.

▪ 위와 같은 원천징수는, 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자(원천징수의무자)가 그 소득금액 또는 수입금액을 지급받는 자(원천납세의무자)가 부담할 세액을 국가를 대신 하여 징수하는 것으로서, 소득의 발생원천에서 징수함으로써 탈세를 방지하고, 소득의 지급시점에서 징수함으로써 조세수입을 조기에 확보하며, 원천징수의무자가 국가를 대신하여 징수함으로써 징세비를 절약하고 징수사무를 간소화할 수 있게 하는 제도이다.

▪ 「소득세법」 제128조에 의하면, 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 관할세무서 등에 납부하여야 하고, 「소득세법 시행령」 제185조 제1항에 의하면, 원천징수의무자는 관할세무서장 등에게 원천징수이행상황보고서를 제출하여야 한다. 또한 「소득세법」 제164조 제1항에 의하면, 근로소득, 연금소득, 사업소득, 퇴직소득에 해당하는 소득금액 또는 수입금액을 국내에서 지급하는 자는 지급조서를 관할세무서장 등에게 제출해야 하고, 「소득세법 시행령」 제213조에 의하면, 위와 같은 지급조서는 지급을 받는 소득자별로 제출하는 것이다.

(3) 위에서 본 바에 의하면, 「소득세법」 제73조 제1항은, 원천징수의 대상이 되는 소득에 있어서는 과세관청이 원천징수 과정을 통하여 과세표준을 파악할 수 있는 점을 고려하여, 소득자가 과세표준확정신고를 하지 않을 수 있도록 한 것이라고 할 것이다.

다. 「소득세법」 제73조 제2항 및 제3항

(1) 「소득세법」 제73조 제1항은 앞서 본 바와 같이 근로소득만이 있는 자 등이 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있도록 규정하였는데, 「소득세법」 제73조 제2항은 4본문에서, 일용근로자 이외의 자로서 2인 이상으로부터 받는 근로소득, 연금소득, 퇴직소득 또는 일정 범위의 사업소득이 있는 자(갑종근로소득과 을종근로소득을 동시에 받는 경우를 포함)에 대하여는 위 「소득세법」 제73조 제1항을 적용하지 아니한다고 규정하면서, △ 단서에서, 「소득세법」 제137조, 제138조, 제144조의2에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 대하여서는 그러하지 아니하다고 규정하였다.

또한 「소득세법」 제73조 제3항은, △ 본문에서, 을종에 속하는 근로소득 또는 퇴직소득이 있는 자에 대하여는 위 「소득세법」 제73조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다고 규정하면서, △ 단서에서, 「소득세법」 제152조 제2항의 규정에 의하여 같은 법 제137조 및 제138조의 예에 의한 원천징수에 따라 소득세를 납부한 자에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하였다.

(2) 위 「소득세법」 제73조 제2항 및 제3항의 규정취지에 관해 살펴보면 아래와 같다.

▪ 「소득세법」 제73조 제l항이 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있도록 규정한 소득 가운데 갑종근로소득, 연금소득, 사업소득, 갑종퇴직소득에 대하여는 「소득세법」 제134조, 제143조의2, 제144조, 제146조에 의하여 당해 소득을 지급하는 때에 소득세를 원천징수하게 된다. 그런데 소득자가 2인 이상으로부터 소득을 지급받는 경우에는, 그러한 소득을 합산하여 종합소득산출세액을 계산하는 별도의 절차가 마련되지 않는 이상, 2인 이상의 원천징수의무자가 각기 원천징수하는 것 이외에 소득자가 종합소득 과세표준확정신고를 별도로 할 필요가 있게 된다.

▪ 또한 「소득세법」 제73조 제1항이 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있도록 규정한 소득 가운데 을종근로소득에 대하여는 납세조합을 조직한 경우에 「소득세법」 제150조에 의하여 매월 당해 소득에 대한 소득세를 원천징수하게 된다. 그런데 소득자가 1인으로부터 갑종근로소득과 을종근로소득을 동시에 지급받는 경우나 소득자가 을종근로 소득을 지급받는 경우에는, 그러한 소득을 합산하여 종합소득산출세액을 계산하는 별도의 절차가 마련되지 않는 이상, 원천징수의무자가 갑종근로소득이나 을종근로소득에 대해 각기 원천징수하는 것 이외에 소득자가 종합소득 과세표준확정신고를 별도로 할 필요가 있게 된다.

▪ 그런데 근로소득세액의 연말정산을 규정한 「소득세법」 제137조에 의하면, △ 주된 근무지의 원천징수의무자가 당해 연도의 근로소득금액에서 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고,△ 2인 이상으로부터 급여를 받은 자의 종된 근무지의 원천징수의무가가 소득세를 원천징수하는 경우에는 종된 근무지에서 지급하는 당해 연도의 근로소득금액에 기본세율을 적용하여 종합소득산출 세액을 계산하며, △ 갑종근로소득 및 납세조합에 의하여 소득세가 정수되는 을종근로소득이 있는 자에 대하여는 갑종근로소득의 주된 근무지의 원천징수의무자가 갑종근로 소득과 을종근로소득을 합한 금액에 대하여 연말정산을 할 수 있다. 따라서 「소득세 법」 제137조에 의한 연말정산을 하는 경우에는 종합소득산출세액의 계산을 위하여 소득자가 종합소득 과세표준확정신고를 별도로 할 필요가 없게 된다.

▪ 또한 재취직자에 대한 근로소득세액의 연말정산을 규정한 「소득세법」 제138조에 의하면, △ 당해 연도의 중도에 취직한 자에 대하여 갑종근로소득을 지급하는 원천징수 의무자는 그 근로소득자가 소득공제신고서를 제출한 경우 그 근로소득자가 전근무지에 서 받은 근로소득과 합산하여 소득세를 원천징수하고, △ 당해 연도의 중도에 퇴직한 근로소득자가 다시 취직하고 그 연도의 중도에 또다시 퇴직한 경우에도 위와 같은 방식을 준용하여 원천징수를 한다. 따라서 「소득세법」 제138조에 의한 연말정산을 하는 경우에도 종합소득산출세액의 계산을 위하여 소득자가 종합소득 과세표준확정신고를 별도로 할 필요가 없게 된다.

▪ 사업소득세액의 연말정산을 규정한 「소득세법」 제144조의2 및 「소득세법 시행령」 제201조의2에 의하면, △ 일정 범위의 사업소득에 대한 수입금액을 지급하는 원천징수 의무자는 당해 연도의 사업소득금액에 대하여 연말정산한 소득세를 원천징수하고, △ 2인 이상으로부터 위 사업소득을 지급받는 자와 당해 연도의 중도에 새로운 계약체결 에 의하여 위 사업소득을 지급받는 자에 대한 사업소득세액 연말정산은, 앞서 본 바와 같이 근로소득세액의 연말정산을 규정한 「소득세법」 제137조 및 제138조를 준용하여 한다. 따라서 「소득세법」 제144조의2에 의한 연말정산을 하는 경우에도, 종합소득산출 세액의 계산을 위하여 소득자가 종합소득 과세표준확정신고를 별도로 할 필요가 없게 된다.

(3) 위에서 본 바에 의하면, 「소득세법」 제73조 제2항 단서에서 ' 「소득세법」 제137조, 제138조, 제144조의2의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 대하여서는 그러하지 아니하다'고 규정하여 위와 같은 경우에 종합소득 과세표준확정 신고를 하지 아니할 수 있도록 규정한 것은, △ 소득자가 2인 이상으로부터 소득을 지급받는 경우, 소득자가 1인으로부터 갑종근로소득과 을종근로소득을 동시에 지급받는 경우, 소득자가 을종근로소득을 지급받는 경우에 있어서, 그러한 소득을 합산하여 종합 소득산출세액을 계산하는 별도의 절차가 마련되지 않는 이상, 소득자가 종합소득 과세 표준확정신고를 별도로 할 필요가 있게 되지만, △ 「소득세법」 제137조, 제138조, 제144조의2에 의한 연말정산을 하는 경우에 있어서는, 위와 같이 소득자가 종합소득 과세표준확정신고를 별도로 할 필요가 없게 되는 점을 고려하여, △ 「소득세법」 제137조, 제138조, 제144조의2에 의한 연말정산을 한 경우에는 종합소득 과세표준확정신고를 하지 않을 수 있도록 한 것이라고 할 것이다.

라. 「소득세법 시행령」 제137조 제2항

(1) 「소득세법」 제73조 제2항 단서는 앞서 본 바와 같이 「소득세법」 제137조, 제138조, 제144조의2에 의한 연말정산에 의하여 '소득세를 납부한 자'에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하였는데, 「소득세법 시행령」 제137조 제2항은, 위와 같이 연말정산에 의하여 '소득세를 납부한 자'라 함은 연말정산에 의하여 '소득세를 납부함으로써 확정신고자진납부를 할 세액이 없는 자'를 말한다"고 규정하였다.

(2) 위 「소득세법 시행령」 제137조 제2항의 규정취지에 관해 살펴보면 아래와 같다.

▪ 「소득세법」 제73조 제2항 단서는 앞서 본 바와 같이 「소득세법」 제137조, 제138조, 제144조의2에 의한 연말정산을 한 경우에는 종합소득 과세표준확정신고를 하지 않을 수 있도록 한 것이고, 이는 위와 같은 연말정산을 한 경우에는 종합소득산출세액을 계산하기 위하여 소득자가 종합소득 과세표준확정신고를 별도로 할 필요가 없게 되는 점 을 고려한 것이다.

▪ 그런데 「소득세법」 제137조, 제138조, 제144조의2에 의한 연말정산은 갑종근로소득, 을종근로소득 및 일정 범위의 사업소득에 대한 것이고, 종합소득은 근로소득, 연금소득, 사업소득 등을 합산한 것이다. 따라서 「소득세법」 제137조, 제138조, 제144조의2에 의한 연말정산을 한 경우라도, 종합소득에 합산할 다른 종류의 소득이 있는 경우에는 종합소득산출세액의 계산을 위하여 위와 같은 연말정산 이외에 소득자가 종합소득 과세표준확정신고를 별도로 할 필요가 있게 된다.

▪ 「소득세법」 제73조 제3항은 앞서 본 바와 같이 △ 본문에서, 을종에 속하는 근로소득 또는 퇴직소득이 있는 자에 대하여는 「소득세법」 제73조 제1항을 적용하지 아니한 다고 규정하면서, △ 단서에서, 「소득세법」 제152조 제2항의 규정에 의하여 제137조 및 제138조의 예에 의한 원천징수에 따라 '소득세를 납부한 자' 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하였다. 이는 앞서 본 바와 같이 소득자가 을종근로소득을 지급받는 경우에도 2인 이상으로부터 소득을 지급받거나 1인으로부터 갑종근로소득과 을종근로소득을 동시에 지급받은 경우와 마찬가지로, 「소득세법」 제137조, 제138조에 의한 연말 정산을 한 경우에는 종합소득산출세액의 계산을 위하여 소득자가 종합소득 과세표준확정신고를 별도로 할 필요가 있게 되는 것을 고려한 것이다. 그런데 「소득세법 시행령」 제137조 제2항이 앞서 본 바와 같이 「소득세법」 제73조 제2항에서 '소득세를 납부 한 자'라 함은 연말정산에 의하여 '소득세를 납부함으로써 확정신고자진납부를 할 세액 이 없는 자'를 말한다고 규정하였을 뿐, 「소득세법」 제73조 제3항에서 '소득세를 납부 한 자'라고 규정한 것에 관하여는 「소득세법 시행령」에 별도로 규정된 바가 없다.

▪ 또한 원천징수에 있어서 원천납세의무자는 특별한 사정이 없는 한 원천징수의무자에 대하여 원천세액 공제를 수인할 의무를 부담하는 것 이외에 다른 의무는 부담하지 않고, 원천징수의무자가 국가에 대하여 원천징수세액을 징수하여 납부할 의무를 부담하는 것이다.

(3) 위에서 본 바에 의하면, 「소득세법 시행령」 제137조 제2항이 「소득세법」 제73조 제2항 단서에서 연말정산에 의하여 '소득세를 납부한 자'라 함은 연말정산에 의하여 '소득세를 납부함으로써 확정신고자진납부를 할 세액이 없는 자'를 말한다고 규정한 것은, △ 「소득세법」 제137조, 제138조, 제144조의2에 의하여 갑종근로소득, 을종근로소득 및 일정 범위의 사업소득에 대하여 연말정산을 하고, △ 그와 같이 연말정산의 대상이 된 소득 이외에는 종합소득에 합산할 다른 종류의 소득이 없는 경우를 규정한 것 이라고 할 것이다.

따라서, 「소득세법」 제137조, 제138조, 제144조의2에 의한 연말정산을 하고, 그 연말정산의 대상이 된 소득과 함께 종합소득에 합산할 다른 종류의 소득이 없는 이상, 그 연말정산의 대상된 소득의 일부에 대하여 소득세가 납부되지 않았다고 하더라도, 「소득세법」 제73조 제2항 단서 또는 제73조 제3항에 의하여 종합소득 과세표준확정신고를 하지 않을 수 있다고 할 것이다.

마. 이 사건 처분

앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 사실 및 위에서 본 「소득세법」 의 규정에 의하여 이 사건 처분의 적법 여부에 관해 살펴보면 아래와 같다.

(1) 원고는 2004년 귀속 소득으로 근로소득만이 있었고, 이러한 근로소득은 XX코리아로부터 지급받은 갑종근로소득 및 XX코리아 미국본사로부터 지급받은 을종근로소득이었으며, 이러한 을종근로소득은 ESPP에 관련된 소득과 이 사건 주식매수선택권에 관련된 소득을 합한 것이었다. 원고의 갑종근로소득에 대하여 XX코리아가 원천징수를 하고, 원고의 을종근로소득에 대하여 납세조합이 원천징수를 하면서, XX코리아가 원고의 갑종근로소득 및 을종근로소득에 대하여 연말정산을 하였다. 따라서 원고 는 「소득세법」 제137조에 의한 연말정산을 한 것이다.

(2) 위 연말정산 과정에서 ESPP에 관련된 소득에 대해서만 소득세가 납부되고 이 사건 주식매수선택권에 관련된 소득에 대하여는 소득세가 납부되지 않았다. 그런데 ESPP에 관련된 소득과 이 사건 주식매수선택권에 관련된 소득을 합하여 원고의 을종근로소득을 구성하는 것이므로, 이 사건 주식매수선택권에 관련된 소득은 연말정산의 대상이 된 을종근로소득의 일부이지, 그 을종근로소득과 함께 종합소득에 합산할 다른 종류의 소득은 아니다. 따라서 위 연말정산 과정에서 이 사건 주식매수선택권에 관련 된 소득에 대한 소득세가 납부되지 않았다고 하더라도, 원고는 「소득세법」 제73조 제2항 단서 또는 제73조 제3항에 의하여 종합소득 과세표준확정신고를 하지 않을 수 있다고 할 것이다.

(3) 그렇다면, 원고는 2004년 귀속 종합소득의 과세표준확정신고를 할 의무가 있었다고 할 수 없고, 또한 과세표준신고서에 일부 소득금액이 누락된 경우는 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제2호 소정의 '과세표준신고서를 제출하지 않은 경우에 해당하지 않는다(대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결 등 참조).

(4) 따라서 원고가 2004년 귀속 종합소득의 과세표준확정신고서를 제출하지 않았다고 하더라도, 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제2호 소정의 '납세의무자가 법정신고 기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 않은 경우'에 해당하여 부과제척기간이 7년이라 고 할 수 없고, 그 부과제척기간은 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년 이라고 할 것이므로, 2011. 3. 1. 원고에게 2004년 귀속 종합소득세를 부과한 이 사건 처분은 부과제척기간이 도과한 후에 한 것으로서 위법하다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인 바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.