1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분 경위

가. 구 임대주택법(2015. 8. 28. 법률 제13499호 민간임대주택에 관한 특별법으로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따라 등록한 임대사업자인 B 주식회사(‘B’)는 국민주택기금을 지원받아 2000. 10. 30. 거제시 C아파트 495세대(‘이 사건 주택’)를 신축하여 임대하였다.

B은 2014. 7. 31. 거제시로부터 이 사건 주택에 관하여 분양전환 승인을 받았다.

나. 원고는 2014. 10. 22. B로부터 이 사건 주택을 매입하여, 2014년부터 2016년까지 구 임대주택법에 따라 위 분양전환 승인받은 내용대로 분양을 완료하였으나, 피고에게 법인세법 제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례) 2014 사업연도 소득에 대하여는 구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것) 제55조의2가 적용된다(위 법률 개정에도 불구하고 이 사건에 적용되는 법인세법 규정의 해석적용에는 별다른 차이가 없다). 이하 같다.

에 따른 법인세를 신고납부하지 않았다.

다. 이 사건 주택의 분양이 법인세법 제55조의2 적용 대상이라는 감사원 감사지적에 따라, 원고는 2017. 3. 17. 피고에게 아래 표와 같이 이 사건 주택 양도소득에 대하여 2014, 2015 사업연도 법인세 수정신고, 2016 사업연도 법인세 신고 및 납부를 하였다.

(단위: 원) 사업연도 양도차익 토지 등 양도소득에 대한 법인세 가산세 합계 2014 690,504,540 69,050,454 21,757,797 90,808,251 2015 1,843,797,760 184,379,776 37,853,167 222,232,943 2016 105,364,380 10,536,438 - 10,536,438 합계 2,639,666,680 263,966,668 59,610,964 323,577,630

라. 원고는 2017. 9. 5. 피고에게 이 사건 주택의 양도소득에 관해서는 법인세법 제55조의2가 적용되지 않는다는 이유로 위와 같이 신고납부한 법인세 등에 관한 과세표준 및 세액의 경정과 환급을 구하는 경정청구를 하였으나,...