1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 인정사실

가. 원고는 코스닥 등록업체인 주식회사 B(원고의 동생인 C가 대표이사이고, 2010. 6. 23. 주식회사 D에서 주식회사 B로 상호를 변경하였다, 이하 ‘소외 회사’라고 한다)의 대주주로서, 1987. 7. 29. 및 1997. 9. 29. 취득한 소외 회사의 주식 중 일부인 104.352주(이하, ‘이 사건 주식’이라고 한다)를 양도하고 아래와 같이 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.

(단위 : 주, 원) 귀속연도 신고일자 주식수 양도가액 양도소득금액 납부세액 2006년 2007. 4. 18. 11,352 133,160,800 79,428,979 6,923,600 2007년 2007. 5. 31. 2,000 27,105,500 17,624,793 1,361,230 2007년 2007. 8. 31. 39,000 722,109,050 594,380,333 53,494,230 2007년 2007. 11. 30. 35,000 788,088,200 785,014,665 70,651,310 2007년 2008. 2. 29. 17,000 459,024,000 457,233,808 41,151,040 합계 104,352 2,129,487,550 1,933,682,577 173,581,410

나. 원고는 2012. 2. 17. 이 사건 주식 취득은 상속으로 인한 것이고, 취득일자는 상속개시일인 2005. 12. 10.이므로 취득가액을 상속평가액으로 경정하여 아래 표와 같이 84,074,041원을 환급해 달라는 취지로 관할세무서장을 상대로 경정청구를 하였는데, 2012. 5. 4. 경정청구가 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 3년의 경정청구기간을 도과하였다는 이유로 경정청구 거부통지를 받았고, 이에 불복하여 2012. 6. 25. 이의신청을 하였으나 같은 이유로 각하결정을 받았다.

이에 원고가 계속하여 민원을 제기하자, 관할세무서장은 양도소득세 취득가액 단순 착오신고로 처리하여 2006년 귀속분에 대한 청구는 국세부과 제척기간의 경과로 경정권이 소멸되어 경정하지 못하였으나, 2012. 10. 5. 아래 표와 같이 2007년 귀속분에 대하여 77,104,890원을 환급하였다.

(단위 : 원) 귀속연도 신고일자 납부세액 경정청구세액 환급된 세액 세액 잔액 2006년 2007. 4. 18....