포합주식의 취득으로 피합병법인의 청산소득이 부당히 감소되었는지 여부

원고가 이 사건 포합주식을 사전에 취득함으로써 청산소득이 그만큼 감소되는 결과가 되었으므로, 결국 이는 이 사건 시행령조항에서 규정한 '포합주식의 취득으로 인하여 피합병법인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 때'에 해당한다고 봄이 상당함

1. 피고가 2004. 3. 2. 원고에게 한 가산세 63,809,728원의 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 이를 10분하여 그 9는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

피고가 2004. 3. 2. 원고에 대하여 한 농어촌특별세 638,097,284원 및 가산세 63,809,728원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 국내외 송유관의 건설, 유지보수, 관리, 운영 등 송유관과 관련된 제반 사업을 영위하는 법인으로, 1994. 12. 27. 소외 ○○송유관 주식회사(이하 '소외 회사'라고 한다)의 주식(주주는 한국석유개발공사이다, 이하 '유개공'이라고 한다) 323,850주(이하 '이 사건 포합주식'이라고 한다)를 8,477,846,790원에 취득하였고, 1998, 7. 30. 소외 회사를 흡수합병하면서 위 회사의 주주인 ○○중공업 주식회사에게 액면가 10,875,000,000원 상당의 원고의 주식을 교부하였다.

나. 소외 회사는 위 합병으로 인한 청산소득을 아래와 같이 계산하여 1998. 10. 29. 법인세를 신고 납부하였다.

합병교부금총액

자기자본총액(②)

청산소득금액

(①-②)

납부세액

주식출자가액

10,875,000,000

11,424,933,981

11,437,451,519

3,190,486,420

법인세대납액

3,509,535,060

포합주식취득가액

8,477,846,790

합계

22,862,385,500

다. (1) 원고는, ① 이 사건 포합주식을 취득한 것은 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것) 제117조의2가 규정하고 있는 '피합병법인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 때'에 해당하지 아니하므로 그 취득가액 8,477,846,790원을 위 청산소득금액을 계산함에 있어 포함시켜서는 아니되고, ② 가사 위 포합주식의 취득가액을 합병교부금으로 본다 하더라도, 원고가 소외 회사를 흡수합병한 것은 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문개정되기 전의 것, 이하 '조감법'이라고 한다) 제40조 제1호, 같은 법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호 조세특례제한법 시행령으로 전문개정되기 전의 것, 이하 '조감법 시행령'이라고 한다) 제37조(위 규정들은 조감법이 1998. 12. 28. 조세특례제한법으로 전문개정되면서, 삭제되었다)에 규정된 비과세대상에 해당한다는 이유로, 1999. 8. 20. 피고에게 법인세 경정청구를 하였다.

(2) 이에 대하여 피고는 1999. 10. 20. ① 원고가 이 사건 포합주식을 취득한 것은 소외 회사의 청산소득을 부당히 감소시킨 경우에 해당되고, ② 원고와 소외 회사의 합병은 위 조감법에 규정된 비과세사유에 해당되지 않는다는 이유로 그 경정을 거부하는 처분을 하였다.

(3) 원고는 2001. 4. 27. 이 법원 2001구15831호로 위 경정거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하여 2001. 11. 14. 패소판결을 선고받았으나, 서울고등법원 2001누19429호로 항소하여 2002. 10. 10. 이 사건 포합주식의 취득가액은 청산소득을 계산함에 있어서 포함시켜야 할 합병교부금에 해당하지만 다른 한편 위 청산소득은 조감법 제40조에 규정된 비과세소득에 해당한다는 이유로 원고승소판결을 바았다. 대법원은 2004. 1. 27. 이 사건 포합주식의 취득가액은 조감법 제40조에 정한 비과세소득에 해당한다는 이유로 피고의 상고를 기각하는 판결을 하였다.

라. 이에 따라 피고는 원고에게 위 청산소득에 대한 법인세 3,190,486,420원을 환급함과 아울러, 위 법인세액이 조감법에 의하여 감면된 세액임을 전제로 구 농어촌특별세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항 제1호, 제11조에 의하여 2004. 3. 2. 원고에게 농어촌특별세 638,097,284원(=3,190,486,420X20%) 및 미납부가산세 63,809,728원(=638,097,284원X10%) 합계 701,907,012원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 8, 9, 10호증, 을 제1, 5호증, 제2호증의 1, 2, 제3호증의 1, 2, 3의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 이 사건 포합주식을 취득한 것은 정부의 공기업 통폐합 방침에 따라 미리 정하여진 합병계획에 의한 지극히 정상적인 거래 과정의 하나이었을 뿐이므로 청산소득이 부당하게 감소되었다고 볼 수 없어, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 가사 이 사건 포합주식의 취득가액이 합병교부금 총액에 포함되어 법인세 과세대상에 해당된다 하더라도 이 사건 처분 중 가산세 부과처분은 원고에게 조세납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있음을 간과한 위법한 처분이다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

원고가 이 사건 포합주식을 취득하고 소외 회사와 합병하게 된 경위는 다음과 같다.

① 원고와 소외 회사로 이원화되어 있던 국내 송유관사업이 비능률적이라는 문제점을 국회와 감사원에서 지적하자, 1993. 10. 5. 신경제추진위원회에서 대통령이 공기업경영쇄신방안을 마련하여 추진할 것을 지시하였다.

② 1993. 10. 21. 재정경제원의 전신인 경제기획원의 '정부투자기관 경영평가위원회'에서 '공기업경영개혁 추진방안'을 의결하자, 당시 정부조직법에 다라 경제기획원장관의 통괄·조정을 받던 상공자원부에서는 1993. 11. 20. '공기업민영화 기능정비 추진방안'을 마련하며 원고와 소외 회사를 통폐합대상으로 선정하여 경제기획원에 보고하였다.

③ 그러나 상공자원부의 위 계획에 대하여 소외 회사의 주주(당시 소외 회사의 주식은 유개공이 51% ○○중공업 주식회사가 49%를 각 소유)인 ○○중공업이 소외 회사의 민영화를 주장하며 반대함과 동시에 자신의 주식을 양도하려고 하자, 상공자원부는 유개공이 보유하고 있는 소외 회사의 주식을 원고에게 양도함으로써 소외 회사를 원고의 출자회사로 만들어 경영일원화를 실현하겠다는 내용으로 계획을 변경하였다.

④ 상공자원부의 변경된 방안에 따라 1993. 12. 29. 경제기획원의 경영평가위원회는 '공기업 민영화 및 기능조정방안'을 확정하였고, 여기에 소외 회사를 원고와 통합시킨다는 경제기획원의 방침이 표시되었다. 위 방안은 1994. 1. 통합의 세부추진계획을 작성하고 그에 따라 1994. 2.부터 상공자원부의 책임하에 통합을 추진하는 것을 내용으로 하고 있었으며, 1994. 1. 16. 상공자원부에서 '전국송유관사업 일원화 추진계획'을 수립하여 전국송유관사업 일원화 추진위원회 및 실무작업반을 구성하였다.

⑤ 위 일원화는 상공자원부의 주도 하에 이루어졌는데 기본적인 틀은 1단계로 소외 회사를 원고의 출자회사로 전환한 다음, 2단계로 원고의 남북송유관건설이 완료된 뒤에 양사를 통합하는 것이었고, 이 사건 포합주식의 취득은 상공자원부가 소외 회사의 대주주였던 당시 ○○정유의 통합반대입장에 대응하기 위하여 정한 방침에 따른 것이었다.

⑥ 그에 따라 1994. 12. 27. 앞서 본 바와 같이 원고가 유개공 소유의 소외 회사 주식 전부인 323,850주(총 주식의 51%)를 8,477,846,790원에 취득하였고, 1996. 12. 3. 통상산업부(상공자원부가 1994. 12. 23. 법률 제4831호로 개정된 정부조직법에 따라 통상산업부로 개편되었다가, 1998. 2. 28. 법률 제5529호로 전문개정된 정부조직법에 따라 산업자원부로 명칭 변경)에서 원고가 소외 회사를 흡수통합한다는 추진계획을 수립하여, 1998. 7. 30. 원고가 소외 회사의 나머지 주주인 ○○중공의 보유지분 49%를 취득하고 흡수합병하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 포합주식의 취득가액을 합병교부금 총액에서 제외하여야 하는지 여부

구 법인세법 시행령 제117조의2(이하 '이 사건 시행령조항'이라 한다)는 내국법인의 합병에 있어서 합병법인이 합병전에 취득한 피합병법인의 주식 또는 출자(포합주식)가 있는 경우에 그 취득으로 인하여 피합병법인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 때에는 포합주식 취득가액을 합병교부금으로 보구 청산소득을 계산한다고 규정하고 있는바, 위 규정의 취지는 합병으로 인하여 소멸하는 법인의 미실현이득(순자산의 시가 - 순자산의 원가)을 과세하는 데 있다고 할 것이므로, 이 사건 시행령조항에서 '그 취득으로 인하여 피합병법인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 때'라 함은 반드시 주관적 요소로서 청산소득을 부당히 감소시킬 목적이나 의사가 이정되어야 한다는 것은 아니고, 합병법인의 주식취득으로부터 합병에 이르기까지의 일련의 거래와 과정 등을 종합하여 결국 포합주식의 취득이 합병의 일환으로 이루어진 것인지 여부에 따라 판단되어야 할 것이다(대법원 1992. 5. 26. 선고 91누8449 판결 참조).

위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 포합주식을 취득한 것은 소외 회사를 합병하기 위한 것임을 알 수 있고, 원고가 이 사건 포합주식을 취득하지 않고 합병시 주주인 유개공에 위 취득가액 상당의 금원을 합병교부금으로 지급하였더라면 그 합병 대가 19,352,846,790원(○○중공업에 교부한 신주 액면가액 10,875,000,000원 + 합병교부금 8,477,846,790원) 전액이 청산소득에 포함될 것인데 실제로는 원고가 이 사건 포합주식을 사전에 취득함으로써 청산소득이 그만큼 감소되는 결과가 되었으므로, 결국 이는 이 사건 시행령조항에서 규정한 '포합주식의 취득으로 인하여 피합병법인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 때'에 해당한다고 봄이 상당하다.

따라서 이 사건 포합주식의 취득가액을 합병교부금에서 공제하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 농어촌특별세를 납부하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이다(대법원 1997. 8. 22. 선고 96누15404 판결 참조). 또한 세법은 기술적이어서 그 해석이 극히 어려운 때에는 단순한 법률상의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해의 대립이 생길 수 있고, 이 경우에까지 납세의무자가 정부와 다른 견해를 취하였다 하여 가산세의 부과요건에 해당하게 된다고 본다면 납세의무자에게 너무 가혹하다 할 것이다(대법원 1992. 10. 23. 선고 92누2936, 2943참조).

이 사건에서, 원고가 일용 이 사건 포합주식에 대한 취득가액을 합병교부금으로 보아 그에 따른 법인세를 납부한 후 행정소송으로써 위 취득가액을 청산소득으로 보는 것이 타당한지 나아가 이를 청산소득으로 보는 경우에도 조감법상 비과세대상에 해당하는지에 대하여 다투었는데, 이에 대하여 과세관청인 피고는 물론 법원에서도 견해가 나뉘었던 점, 이는 단순히 사실관계의 오인이나 법률상의 부지·오해에서 비롯된 것이 아니라 세법 해석의 어려움에서 기인하는 것이라고 보이는 점, 이러한 상황에서 이 사건 포합주식 취득가액이 청산소득에는 해당하나 그 청산소득에 대한 법인세가 조감법상 비과세대상이라는 내용의 판결이 확정되었다는 이유로 피고가 위 청산소득을 법인세 과세대상으로 보았던 종전의 입장을 바꾸어 조감법상 비과세 대상으로서 그 감면세액을 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 부과하면서 이에 더하여 가산세까지 부과하는것은 지나치게 가혹하다는 점 등을 종합하여 보면, 원고에게 농어촌특별세 신고·납부 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다.

따라서 이 사건 처분 중 가산세 부과 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 청구 중 가산세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.