1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심...

1. 처분의 경위

가. 원고는 학교법인 B(이하 ‘B’이라 한다)의 설립자이고, B은 1995. 1. 24. 교육부로부터 설립인가를 받아 나주시 C에 있는 E대학(전 M대학, D대학)을 운영하고 있다.

나. 교육부는 1997. 4.경 B과 M대학에 대하여 감사를 실시하였고, 그 결과 원고가 알 수 없는 용도에 사용한 교비와 수익용 기본재산 4,192,812,143원의 반환 등 위법부당 사항에 대하여 B에 시정요구를 하였으나, 시정요구 사항을 이행하지 못하여 B에 임시이사가 선임되었다.

다. 원고는 2006년경 교비와 수익용 기본재산 미출연액 3,738,000,000원을 이행하기 위하여 B에 유한회사 F(이하 ‘F’이라 한다) 소유의 G호텔(전남 해남군 H 대 498㎡ 등 토지 11필지 합계 1,894㎡ 및 그 지상 10층 건물 연면적 4,784.18㎡, 이하 ‘G호텔’이라 한다)을 현물 출연하는 계획을 교육인적자원부에 제출하여 승인을 받았다. 라.

B은 2009. 8. 18. F으로부터 G호텔을 증여받아 수익용 기본재산으로 편입하였고, F은 2009. 12. 31. 폐업하였다.

마. 피고는 2011. 12. 19.부터 2012. 1. 7.까지 F에 대한 법인세 통합조사를 실시하였고, B의 설립자인 원고가 이행하여야 할 출연금 3,738,000,000원을 F이 대신 부담한 것에 대하여 법인세법 제52조에 따라 부당행위계산 부인을 하여 3,738,000,000원을 F의 익금에 산입하고, 같은 금액을 원고의 기타소득으로 소득처분하였다.

바. 피고는 2014. 2. 12. 위와 같은 소득처분에 따라 원고에게 2009년 귀속 종합소득세를 1,789,194,802원을 결정고지(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다)하였다.

사. 피고는 2014. 3. 3. 원고에게 이 사건 제1처분에 따른 종합소득세 미납을 이유로 가산금 53,675,840원의 납부를 독촉 이하 ‘이 사건 제2처분’이라 하고, 이 사건 제1, 2 처분을 통칭하여 '이 사건 각...