[청구번호]조심 2018지0336 (2018. 11. 7.)

[세목]취득[결정유형]기각

[결정요지]① 청구법인은 쟁점토지의 취득일을 토지사용승낙일로 보아야 한다고 주장하나, 「지방세법 시행령」제20조 제2항 제1호에서 유상승계 취득의 경우 사실상의 잔금지급일을 취득일로 보도록 규정하고 있으므로 청구주장을 받아들이기 어려움.② 청구법인은 이 건 취득세 등의 부과처분은 신의성실의 원칙 등에 위배된다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시「지방세법 시행령」이 개정되어 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 기업부설연구소로 인정받아야 취득세 등의 감면요건을 충족한다는 사실을 이미 알고 있었다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.

[관련법령] 「지방세법」제7조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.2.25. OOO(이하 OOO이라 한다)으로부터 OOO토지 5,313.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 같은 날 처분청에 「지방세특례제한법」제46조 제3항에 따른 기업부설연구소용 부동산으로 신고하여 취득세 등의 75%에 해당하는 OOO을 감면받고, 나머지 취득세 등을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 2년 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제16조에 따른 기업부설연구소로 인정을 받지 못하여 취득세 등의 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2017.10.10. 청구법인에게 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.12.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2014.11.25. OOO으로부터 쟁점토지를 R&D용도로만 사용하여야 한다는 내용으로 토지 사용승낙을 득하였으므로 이 때부터가 청구법인이 쟁점토지를 실제로 사용 가능하게 되는 시점에 해당하므로, 쟁점토지의 취득일은 잔금지급일인 2015.2.25.이 아니라 토지매매계약 및 토지사용승낙을 받은 2014.11.25.로 보아야 한다.

(2) 청구법인이 쟁점토지의 잔금을 지급한 날인 2015.2.25.에 시행중인 「지방세특례제한법 시행령」(2014.12.31. 대통령령 제25958호로 개정된 것, 이하 같다) 제23조 제1항의 규정에서 기업부설연구소 설립·인정을 받는 감면 유예기간이 종전 4년에서 2년으로 축소되어 불리하게 개정되었으므로, 이는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 침해한 것으로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법 시행령」제20조 제2항 제1호에서 유상승계취득의 경우 취득의 시기를 사실상의 잔금지급일로 규정하고 있는 바, 청구법인의 법인장부 등에서 쟁점토지의 잔금지급일이 2015.2.25.로 확인되므로 이 날 쟁점토지를 취득한 것으로 보는 것이 타당하고, 청구법인이 쟁점토지의 매매계약 체결 당시 OOO으로부터 토지 사용승락을 받은 것은 사실이나 ‘심의 및 인·허가 신청용 및 설계를 위한 지질조사 용도’ 이외의 다른 용도의 사용을 엄격히 제한하고 있는 위 사용승락이 있었다는 이유만으로 청구법인이 쟁점토지를 취득한 것이라 볼 수 없다.

(2) 쟁점토지와 관련한 감면규정인 「지방세특례제한법 시행령」의 부칙 제1조에서 이 영은 2015.1.1.부터 시행한다고 규정하고, 제2조에서 기업부설연구소 인정 기한 단축에 관한 경과조치로서 이 영 시행 전에 토지 또는 건축물을 취득한 기업부설연구소의 경우에는 제23조 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 위 시행령 시행 이후인 2015.2.25. 쟁점토지를 취득하여 개정규정의 적용대상이므로 이 건 추득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점토지의 취득일은 잔금지급일(2015.2.25.)이 아닌 토지사용승낙일(2014.11.25.)로 보아야 한다는 청구주장의 당부

(2) 처분청이 이 건 취득세 등을 과세한 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인과 OOO간에 작성한 쟁점토지의 매매계약서 주요내용을 보면, 다음의 사실이 나타난다.

(나) 청구법인은 2014.11.25. OOO으로부터 쟁점토지에 대해 다음과 같이 토지사용승낙을 받았다.

(다) 청구법인이 2014.8. 작성한 사업계획서를 보면, 용도지역은 ‘지식기반 R&D, 지식기반 제조’로, 착공예정일은 ‘2015년 4월’로, 준공예정일은 ‘2016년 10월’로, 사업시작일은 ‘2016년 12월’로 각각 기재한 사실이 나타난다.

(라) OOO이 2015.12.11. 청구법인에게 발송한 국내기업 R&D 연구시설 착공 및 준공시기 준수 요청(신성장산업유치과-5367) 문서를 보면, 청구법인의 연구소 착공기한 연기 신청에 대하여 조건부 승인을 통보하고 공사 이행 확약서를 징구하는 등 공사가 정상 추진이 될 수 있도록 독려한 사실이 나타난다.

(마) 경제자유구역청의 토지대금 완납 확인 문서(기획정책과-1377, 2015.2.25.)를 보면, 쟁점토지에 대한 매매대금 잔금 납입일자는 2015.2.25. 확인된다.

(바) 청구법인의 2015.2.25 현재 계정별 원장(토지)을 보면, 쟁점토지에 대한 중도금과 잔금이 2015.2.25.에 지출된 사실이 확인된다.

(사) 안전행정부장관은 2014.11.14. 「지방세특례제한법 시행령」 제23조 제1항 등의 규정에서 기업부설연구소 설립·인정을 받는 감면유예기간을 4년에서 1~2년으로 축소한다는 내용의 입법예고(안전행정부공고 2014-505호)를 하였다.

(아) 청구법인은 쟁점토지상에 건축물 신축을 위하여 건축설계(2015.3.2.), 건축허가(2015.5.20.), 착공(2015.6.15.)을 하여 2017.8.4. 사용승인을 받았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 쟁점①에 대하여 살피보면, 「지방세법 시행령」제20조 제2항 제1호에서 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계 취득의 경우에는 그 사실상의 잔급지급일을 취득일로 보도록 규정하고 있고, 같은 조 제13항에서 취득일 전에 등기하는 경우에는 그 등기일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는 점, 청구법인은 쟁점토지의 잔금을 2015.2.25. 지급한 것으로 확인되는 점, 청구법인이 잔금지급일 전에 쟁점토지를 자신의 명의로 등기한 사실이 없는 점 등에 비추어 청구법인은 잔급지급일인 2015.2.25. 쟁점토지를 취득한 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 취득세 등 부과처분이 신의성실의 원칙 등에 반하여 위법한 것이라고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 「지방세법 시행령」이 개정되어 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 기업부설연구소로 인정을 받아야 취득세 등의 감면요건을 충족하고, 청구법인은 이 사실을 알고 쟁점토지를 취득한 점, 쟁점토지의 잔금지급일(2015.2.25.) 및 공사착공 당시(2015.6.15.)의 「지방세특례제한법 시행령」 부칙 제2조에서 2014.12.31. 이전에 취득한 경우만 별도의 경과조치 규정을 두고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항, 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것)

제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.

② 제1항에도 불구하고「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 「수도권정비계획법」제6조제1항제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.

③ 제1항에도 불구하고 「중소기업기본법」제2조 제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다)이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 l00분의 75를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 75를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령

(가) 2014.12.31. 대통령령 제25958호로 일부개정되기 전의 것

제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.

(나) 2014.12.31. 대통령령 제25958호로 일부개정된 것

제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.

<부칙> (대통령령 제25958호, 2014.12.31.)

제1조(시행일) 이 영은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(기업부설연구소의 인정 기한 단축에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 토지 또는 건축물을 취득한 기업부설연구소의 경우에는 제23조 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세법 시행령(2015.7.24. 대통령령 제26431호로 일부개정되기 전의 것)

제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(2015.1.20. 법률 제13007호로 일부개정된 것)

제14조(특정연구개발사업의 추진) ① 미래창조과학부장관은 기초연구의 성과 등을 바탕으로 하여 국가 미래 유망기술과 융합기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 대하여 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

2. 연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소 및 기업의 연구개발전담부서

(5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2014.11.19. 대통령령 제25751호로 일부개정된 것)

제16조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준) ① 법 제14조 제1항 제2호에서 "연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 미래창조과학부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정할 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1. 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설연구소 : 5명 이상. 다만, 「중소기업기본법 시행령」제8조에 따른 소기업자가 설립한 기업부설연구소는 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.