서울행정법원 2007. 03. 09. 선고 2006구단6966 판결

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제목

요지

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토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 따라 양도한 토지의 양도시기

요지

단지 매매계약이 체결된 시점에 불과한 이 사건 계약일을 양도시기로 보기는 어렵고, 실질적으로 양도차익이 실현되었다고 할 수 있는 대금 청산일을 원칙적인 양도시기로 의제하는 것임.

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 '토지보상법'이라고 한다) 제16조에 따라 ○○시교육청과 협의하여 2005. 5. 30.(이하 '이 사건 계약일'이라고 한다) ○○시교육청과 사이에 원고 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 837-734 등 합계 12,691㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다)를 5,034,663,650원에 협의양도하기로 하는 내용의 계약(이하 '이 사건 계약'이라고 한다)을 체결하였는데, 그에 따라 이 사건 토지에 관하여는 ○○시교육청 명의의 소유권이전등기가 2005. 6. 3. 접수되었고, 이 사건 계약에 따른 보상금이 2005. 6. 9. 원고에게 전액 지급되었다.

나. 원고는 이 사건 토지의 양도가액을 2005. 5. 31. 결정 · 공시된 이 사건 토지의 2005년도 개별공시지가를 적용하여 산정하고, 그에 따라 산출된 양도소득세 735,206,700원을 이 사건 토지의 양도에 대한 양도소득세로 하여 2005. 6. 23. 양도소득과세표준 예정신고를 하고 그 세액 735,206,700원을 자진납부하였다.

다. 원고는, 이 사건 토지의 양도시기가 이 사건 계약일인 2005. 5. 30.이므로, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의하여 기준시가를 산정하여야 한다고 규정한 소득세법 시행령 제164조에 의하여 이 사건 토지의 양도가액은 2004. 6. 30. 결정 · 공시된 이 사건 토지의 2004년도 개별공시지가를 적용하여 산정하여야 하고, 그에 따라 산출된 이 사건 토지의 정당한 양도소득세액은 112,591,070원이라고 주장하면서, 2005. 7. 20. 피고에게 위와 같이 납부한 2005년도 귀속 양도소득세 중 622,615,630원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 이에 대하여 피고는, 이 사건 토지의 양도시기가 소득세법 제98조, 소득세법 시행령 제162조의 규정에 따라 이 사건 토지의 대금청산일과 등기접수일 중 빠른 날인 2005. 6. 3. 이므로, 이 사건 토지의 양도가액은 2004. 6. 30. 결정 · 공시된 2004년도 개별공시지가가 아닌, 2005. 5. 31. 결정 · 공시된 2005년도 개별공시지가를 적용하여 산정하여야 하므로 당초의 예정신고가 정당하다는 이유로, 원고의 경정청구를 2005. 9. 14. 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑6, 7호증의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

소득세법 제88조의 규정 및 실질과세의 원칙에 비추어 볼 때 자산의 양도 및 취득의 시기는 법률상 소유권이 이전되었는지 여부와 관계없이 실질적으로 양도인으로부터 자산에 관한 권리 · 의무가 총체적으로 양수인에게 이전된 시기라고 보는 것이 이론적인 면에서나 실제적인 면에서 합리적이라고 할 것인데, 사인과 달리 ○○시교육청은 매매대금에 대한 지불능력이 확실하여 채무불이행의 가능성이 없을 뿐만 아니라, 원고는 이 사건 계약을 취소할 수도 없으므로, 이 사건에 있어서는 이 사건 계약일에 이 사건 토지에 관한 실질적인 권리 · 의무가 총체적으로 ○○시교육청에 이전되었다고 보아야 할 것이고, 따라서 이 사건 토지의 양도시기는 이 사건 계약일인 2005. 5. 30.로 보아야 할 것인 점, 이 사건 계약은 강제성을 지닌 거래로서 소득세법 제88조에 양도의 예로서 거시된 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등과 같은 거래당사자 간의 자유로운 거래와 다른 점, 이 사건과 같은 경우에 자산의 양도 및 취득의 시기를 이사건 계약일로 보지 않는다면 우월적 지위를 가진 사업시행자가 협의에 의하여 취득한 토지에 대한 등기접수일이나 대금청산일을 자의적으로 조정하여 높은 개별공시지가에 의하여 양도가액이 산정되게 함으로써 토지소유자에게 더 많은 양도소득세를 부담하게 하는 방법으로 재산권을 침해할 가능성이 있는 점 등에 비추어 보면, 소득세법 제98조의 위임에 따라 양도시기를 획일적으로 대금청산일로 의제하고, 다만 대금을 청산하기전 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일을 양도시기로 의제한 소득세법 시행령 제162조 제1항 및 그 제2호(이하 '이 사건 시행령조항'이라고 한다)는, 위임규정인 소득세법 제98조의 내재적인 위임의 범위나 한계를 넘어선 것이거나, 실질과세의 원칙 또는 재산권보장에 관한 헌법 규정에 반하는 것으로서 무효이므로, 이를 적용하여 이사건 토지의 양도시기를 등기접수일인 2005. 6. 3.로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

○ 소득세법 제88조 양도의 정의

①제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세 및 증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. (2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것)

○ 소득세법 제96조 양도가액

①제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다. (2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

○ 소득세법 제98조 양도 또는 취득의 시기

자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 제99조 기준시가의 산정

①제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다. (2005. 7. 13, 법률 제7579호로 개정되기 전의 것)

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가. 토지 부동산가격공시및감정평가에관한법률에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

소득세법 시행령

○ 소득세법시행령 제162조 양도 또는 취득의 시기

①법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

○ 소득세법시행령 제164조 토지·건물의 기준시가 산정

③법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.

다. 판단

자산의 양도시기를 권리의무가 총체적으로 이전된 시기로 보아야 한다는 전제하의 원고의 주장은 다음에서 보는 바와 같이 소득세법 제88조 제1항 소정의 양도의 개념과 맞지 않는 점, 소득세법 제88조 제1항은 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정함으로써, 사법관계에 있어서와는 달리 등기 등으로 목적물의 소유권이 이전되는 측면이 아니라 자산이유상으로 사실상 이전되어 양도차익이 실현되는 측면에서 소득세법상 양도의 개념을 규정하고 있는바(소득세법상 양도의 개념은 실현된 양도차익에 대하여 양도소득세를 부과하기 위한 도구개념인 이상 이는 당연하다), 위 규정의 취지에 비추어 볼 때, 단지 매매계약이 체결된 시점에 불과한 이 사건 계약일을 양도시기로 보기는 어렵고, 양도자산의 대금이 지급됨으로써 자산이유상으로 사실상 이전되어 실질적으로 양도차익이 실현되었다고 할 수 있는 대금 청산일을 원칙적인 양도시기로 의제하고, 다만 대금 청산 전 소유권이전등기를 한 경우에 한하여 등기접수일을 양도시기로 의제한 이 사건 시행령조항이 소득세법 제98조의 내재적인 위임의 범위나 한계를 넘어선 것이거나 실질과세의 원칙에 반한 것이라고 볼 수도 없는 점, 토지보상법 제20조 소정의 사업인정 전 협의에 의한 양도계약인 이 사건 계약은 그 법적 성질이 사법상의 계약으로서 공익사업을 위하여 토지 등을 강제적으로 취득하는 토지보상법 제19조 소정의 수용과는 법적 성질이 다른 점, 소득세법 제98조 및 그 위임에 따른 이 사건 시행령조항은 납세자의 자의를 배제하며 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정을 모순없이 해석 · 적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이므로, 토지보상법 제19조 소정의 수용에 의한 양도 등 법률의 규정에 의한 소유권이전이 있는 경우에도 법률행위에 의한 소유권이전이 있는 경우와 마찬가지로 위 각 규정에 의하여 자산의 양도 및 취득시기를 정하여야 할 것인 점(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결, 1994. 10. 25. 선고 94누6154 판결 등 참조), 사업시행자가 토지등을 사업인정 전 협의에 의하여 취득하고 그에 기한 소유권이전등기의 접수나 대금의 지급을 지연시켜 결과적으로 양도소득세가 증가되더라도, 이는 사업시행자의 등기접수나 대금지급의 지연에 기인할 것일 뿐, 이 사건 시행령조항에 기인한 것이라고 볼 수는 없으며, 이 사건 시행령조항 자체로 인한 자의적인 과세처분권 행사에 의하여 납세의무자의 사유재산에 관한 이용 · 수익 · 처분권이 중대한 제한을 받게 된다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 시행령조항이 무효임을 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다.