1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 B대학교, C대학교 등을 설치운영하는 학교법인이다.

나. 감사원은 2011. 7. 7.부터 2011. 7. 26.까지, 2011. 8. 8.부터 2011. 9. 23.까지 B대학교 등을 포함한 전국 35개 대학에 대하여 대학등록금 책정 및 재정운용 실태에 관한 감사를 실시하였다.

감사원은 “원고가 2005. 7. 21. 및 2007. 10. 22. 교육용 기본재산인 용인시 처인구 D 등 토지 29필지를 매각하면서 관할청인 교육인적자원부(2008. 2. 29. 정부조직법 개정으로 교육과학기술부로, 2013. 3. 23. 정부조직법 개정으로 교육부로 개편되었다. 이하 통칭하여 ‘피고’라 한다)로부터 매각대금을 교비회계로 세입조치하는 조건으로 처분허가를 받았으나, 그 매각대금 25,926,256,000원을 수익사업체 운영비로 사용하였다.”는 사실을 적발하고, 피고에게 “원고에게 매각대금 25,926,256,000원을 교비회계로 전출하도록 조치하라.”고 처분요구하였다.

다. (1) 이에 따라 피고는 2012. 2. 1. 원고에게 감사결과를 통보하면서, “감사원 지적사항에 따른 조치를 한 후 2012. 3. 31.까지 이행결과를 제출하라.”고 통보하였다

(이하 ‘제1차 시정명령’이라 한다). (2) 원고가 이에 응하지 아니하자, 피고는 2012. 5. 17. 원고에게 제1차 시정명령의 이행을 촉구하고, 2012. 6. 7.까지 그 결과를 제출하며, 이를 이행하지 않을 경우 고등교육법 제60조 및 동 시행령 제71조의2 등에 따른 행정제재를 할 것임을 통보하는 ‘감사처분 이행계고’를 하였다.

(3) 원고가 이에 응하지 아니하자, 피고는 2012. 6. 19. 원고에게 재차 이행을 촉구하며 2012. 6. 29.까지 이행하지 않을 경우 행정제재를 할 것임을 통보하는 ‘감사처분 2차 이행계고’를 하였다.

(4) 원고가 이에 응하지 아니하자, 피고는 사전통지를 거쳐 2012. 10. 9....