1. 원고의 주위적 및 예비적 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위와 내용

가. 원고는 B대학교(이하 ‘이 사건 대학교’), C대학교 등을 설치운영하는 학교법인이다.

나. 감사원은 2011. 7. 7.부터 2011. 7. 26.까지, 2011. 8. 8.부터 2011. 9. 23.까지 이 사건 대학교 등을 포함한 전국 35개 대학에 대하여 대학등록금 책정 및 재정운용 실태에 관한 감사를 실시하였다.

감사원은 「원고가 2005. 7. 21. 및 2007. 10. 22. 교육용 기본재산인 용인시 처인구 D 등 토지 29필지를 매각하면서 관할청인 교육인적자원부장관(교육인적자원부가 2008. 2. 29. 정부조직법 개정으로 교육과학기술부로, 2013. 3. 23. 정부조직법 개정으로 교육부로 개편되었다.

이하 ‘피고’라고만 한다

)으로부터 매각대금을 교비회계로 세입조치 하는 조건으로 처분허가를 받았으나, 그 매각대금 25,926,256,000원을 수익사업체 운영비로 사용한 것」(이하 ‘이 사건 교비회계 전용행위’)을 적발하고, 피고에게 원고로 하여금 위 돈을 교비회계로 전출하도록 조치하라는 내용의 처분요구를 하였다.

다. 당시 원고 이사장 E는 2011. 11. 18. 서울중앙지방법원 2011고합476호 사건에서 E는 ① 2003. 3. 8. 교육인적자원부로부터 ‘B대학교 교육용 기본재산인 용인시 처인구 F, D, G, H 등 4필지의 처분대금을 B대학교 시설자금 지원용도로 사용한다’라는 조건으로 처분허가를 받고 2004. 3. 8. 주식회사 I에 위 토지를 240억 원에 매도한 후 2004. 3. 10.부터 2004. 3. 24.까지 그 매매대금 중 100억 원을 B대학교 교비회계와 무관한 용도로 사용하고, ② 2005. 5. 18. 교육인적자원부로부터 ‘B대학교 교육용 기본재산인 용인시 처인구 D 등 토지 7필지의 처분대금을 B대학교 시설자금 지원용도로 사용한다’라는 조건으로 처분허가를 받고 2005. 7. 21. 주식회사 J에 위 토지를 240억 원에...