1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위 원고는 2001. 6. 30. B, C로부터 화성시 D 공장용지 1,926㎡, E 공장용지 1,861㎡, F 도로 26㎡, G 도로 66㎡, D, E 지상 공장 등 건물(면적 합계 1,636.36㎡)(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라고 한다)을 취득하여 보유하다가, 2001. 8. 29. 이 사건 각 부동산 중 1/2지분을 A에게 양도하였고, 2010. 7. 15. 주식회사 신세계에게 이 사건 각 부동산 중 나머지 1/2지분(이하 ‘이 사건 각 쟁점 부동산’이라고 한다)을 대금 4,936,525,000원에 양도하였다.

원고는 2010. 9. 29. 이 사건 각 쟁점 부동산의 양도와 관련하여, 양도가액은 실지거래가액인 4,936,525,000원으로 하고, 취득가액은 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없다는 이유로 구 소득세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제176조의2 제3항에 따라 이 사건 각 쟁점 부동산의 기준시가에 기하여 계산한 환산가액인 2,349,853,970원으로 하여 양도차익을 산정한 다음, 그에 따른 양도소득 과세표준을 신고하였다.

그 후 대구지방국세청장이 수원세무서장에 대한 업무감사에서, ‘원고가 이 사건 각 쟁점 부동산의 취득가액이 불분명하다는 이유로 이를 환산가액으로 신고한 것은 잘못’이라는 지적을 하였고, 이에 따라 피고는, 원고가 이 사건 각 부동산을 취득할 당시 B, C와 작성하여 화성시장의 검인을 받은 부동산 매매계약서(을 4호증의3, 이하 ‘이 사건 검인계약서’라고 한다)에 기재된 “6억 5,500만 원”의 1/2지분 상당액 3억 2,750만 원을 이 사건 각 쟁점 부동산의 실지거래가액인 취득가액으로 인정하여 양도차익을 산정한 다음, 2012. 1. 1. 원고에 대하여 2010년 귀속 양도소득세 634,400,680원을 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). 원고는 이에...