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전심사건번호
감사원 2010감심0054 (2011.03.31)
제목
고유목적사업준비금을 손금으로 계상하지 아니하고 지정기부금단체에 출자한 경우 시부인계산을 통해 손금불산입하는 것임
요지
부동산의 장부가액만을 준비금 항목에서 상계처리하였을 뿐, 평가증액분에 대하여는 결산서에 준비금의 손비로 반영하지 않은 이상 고유목적사업준비금에 의한 손금으로 인정할 수 없으나 출자의 상대방이 지정기부금단체이므로 지정기부금 시부인계산을 통하여 손금한도액 범위 내에서 손금으로 인정하는 것임
사건
2011구합21119 법인세부과처분취소
원고
재단법인 XX
피고
동작세무서장
변론종결
2012. 7. 20.
판결선고
2012. 11. 9.
주문
1. 피고가 2010. 9. 13. 원고에게 한 2008 사업 연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 2/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
청구취지
피고가 2010. 9. 13. 원고에게 한 2008 사업연도 법인세 000원의 부과처분을 취소한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 QQ대군의 유덕과 주요업적 보전사업을 목적으로 1970. 9. 24. 설립된 재단법인이다.
"나. 원고는 2008. 3. 31.부터 2008. 12. 31.까지 원고 소유의 서울 동작구 XX동 산 00-00 외 17필지 40,383.171㎡(이하쟁점 ① 부동산')를 제3자들에게 합계 000원에 양도하였는데(이하이 사건 양도'), 원고가 쟁점 ① 부동산을 l960년대에 취득한 장부가액은 000원이었다.", "다. 한편, 원고는 2008. 5. 6. 원고 소유의 대전 서구 XX동 000-0 토지 및 건물(토지 1,705㎡, 건물 4,520.5㎡, 주차타워 135.3㎡, 이하 '쟁점 ② 부동산')을 의료법인인 XX 의료재단에 출연하였는데(이하 '이 사건 출연'), 쟁점 ② 부동산의 출연 당시 장부가액은 000원이고 감정평가액은 000원이었다.", "라. 원고는 2008 사업연도 법인세를 신고하면서, 쟁점 ① 부동산에 관하여 법인세법 부칙(1998. 12. 28. 법률 제5581호) 제8조 제2항(이하 '이 사건 부칙조항')에 의한 1991년 1월 1일 현재의 평가가액을 1991. 6. 29. 고시된 1991년도 개별공시지가인 000원으로 보아 이 사건 양도로 인한 소득을 000원(양도가액 000원 - 000원)으로 산정하였고, 쟁점 ② 부동산과 관련하여 기부 당시의 감정평가액 000원과 장부가액 000원의 차액인 000원(이하 '이 사건 평가증액분')을 과세소득에 포함시키지 아니하였다.",마. 피고는 쟁점 ① 부동산의 취득가액은 1991년도 개별공시지가가 아니라 1991. 1. 1. 당시 고시되어 있는 개별공시지가인 1990년 개별공시지가인 000원이라 보고, 원고가 이 사건 양도로 인한 소득을 000원(1991년 공시지가 000원 - 1990년 공시지가 000원)만큼 적게 산정하였다는 이유로 위 금액을 익금에 산입하고, 쟁점 ② 부동산의 이 사건 평가증액분 000원을 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제2항 제5호 소정의 고정자산 처분으로 인한 이익으로 보아 익금에 산입함으로써, 2010. 9. 13. 원고에게 2008 사업연도 법인세 000원을 부과하는 처분을 하였다(이하 '이 사건 처분').
바. 원고는 2010. 11. 1. 감사원에 심사청구를 제기하였으나, 감사원은 2011. 3. 31. 원고의 심사청구를 기각하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1(가지번호 포함, 이하 같다), 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.
1) 쟁점 ① 부동산의 1991. 1. 1. 당시의 시가는 법원감정에 의하여 확인된 000원이므로, 시가를 산정하기 어렵다는 이유로 보충적 평가방법에 의한 개별공시지가를 위 부동산의 취득가액으로 인정한 피고의 조치는 잘못되었다. 설령, 보충적 평가방법을 적용한다고 하더라도, 1990년 개별공시지가가 아닌 1991년의 개별공시지가를 적용하여 쟁점 ① 부동산의 취득가액을 산정하였어야 한다.
2) 원고는 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 비영리내국법인이므로, 이 사건 출자거래에 대하여는 법인세법 제24조 제1항에 의한 지정기부금으로 취급할 수 없다. 원고는 2008년 사업연도에 쟁점 ② 부동산의 장부가액뿐만 아니라 평가증액분까지도 고유목적사업준비금으로 회계처리하였으므로, 기부금 손금불산입 대상이 되지 아니한다. 설령 그렇지 않다고 해도, 쟁점 ② 부동산의 평가증액분에 대하여 별도로 원고의 수익사업 부분에서 손금으로 산입하지 아니하여 원고의 소득금액 계산에 영향을 미치지 아니한 이상, 위 평가증액분에 대하여 익금으로 산입한 피고의 조치는 잘못되었다.
나. 관계 법령
별지 기재와 같다.
다. 쟁점별 판단
1) 이 사건 양도에 관하여
가) 인정사실
"(1) 이 법원이 주식회사 OO감정평가법인에 대하여 한 쟁점 ① 부동산에 대한 1991. 1. 1. 기준 시가감정촉탁결과(2012. 1. 16.자, 이하이 사건 감정결과')는 000원이고, 그 산출내역은 아래와 같다",(아래 내역 생략)
(2) 이 사건 비교대상 선례의 산정내역은 아래와 같다(을 제5호증).
(아래 내역 생략)
나) 이 사건 감정결과를 쟁점 ① 부동산의 시가로 볼 수 있는지 여부
(1) 법인세법 제3조 제2항 제5호에서는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 비영리내국법인의 각 사업연도 소득의 하나로 규정하고 있고, 이 사건 부칙 조항은 '위와 같은 고정자산의 처분으로 인한 수입금을 계산함에 있어 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 '상속세 및 증여세법' 제60조 및 같은 법 제61조 제1항 대지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 한다'고 규정하고 있다. 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 1상속세및증여세법I) 제60조 제1항은 상속세 또는 증여세가 부과되는 재산의 가액은 평가기준일 현재 시가에 의하도록 하고 있고, 같은 조 제2항에서 시가란 불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하되, 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다고 정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 제1항의 규정을 적용함에 있어 시가를 산정하기 어려운 경우에는 제61조(토지의 경우 개별공시지가)에 규정된 방법에 의하여 평가한 가액에 의하도록 정하고 있다. 상속세및증여세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제49조 제1항은 법 제60조 제2항에 의한 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것에 대하여 평가기준일 전후 6월 이내의 기간 중 감정이 있는 경우로서 당해 재산에 대하여 2 이상의 공신력 있는 감정 기관이 평가한 감정가액이 있는 경우에 그 감정가액의 평균액(제2호)으로 정하고 있다.
(2) 과세관청이 비록 당해 자산의 상속 당시 시가를 평가하기 어렵다는 이유로 당해 자산의 취득가액을 개별공시지가로 평가하여 과세처분을 하였다고 하더라도, 그 과세처분 취소소송의 사실심 변론종결 시까지 당해 자산의 상속 당시 시가가 입증된 때에는 그 시가를 기준으로 정당한 양도차익과 세액을 산출한 다음 과세처분의 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부를 판단하여야 한다. 여기서 '시가'라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 l시가l로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다(대법원 1999. 4. 27. 선고 99두1595 판결, 대법원 2005. 9. 30. 선고 2004두2356 판결 등 참조)1).
(3) 이 사건 감정가격이 쟁점 ① 부동산의 가치를 적정하게 평가한 '시가'로 볼 수 있는지에 관하여 본다. 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 감정가격은 적정한 비교표준지를 선정하고, 지가변동률, 당해 부동산의 위치•형상•환경•이용상황, 비교대상 선례 등을 참작하여 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 결과라 할 것이므로, 쟁점 ① 부동산의 시가로 인정된다.
O 피고는 비교대상 선례에서 쟁점 ① 부동산을 임야가 아닌 대지로 평가한 잘못이 있다고 주장한다. 먼저 1991. 1. 1. 기준 인근 토지 표준 공시지가 중 지목이 대지인 경우 쟁점 ① 토지의 공시지가보다 적게는 1.5배 많게는 3배 가량 높은 점(이 사건 감정서 8쪽 참조)2), 1997년 기준 XX동 산 00-00 토지의 개별공시지가는 000원이고(이 사건 감정서 9쪽 참조), 비교대상 선례의 감정가격은 000원으로 별다른 차이를 보이지 않는 점 등에 비추어, 비교대상 선례에서 쟁점 ① 부동산을 대지로 평가 하였다고 보기는 어렵다.
O 피고는, 비교대상 선례에서 무허가건물로 인한 정상적 이용이 불가능한 점을 기타 조건에서 열세 요인으로 고려하지 않은 잘못이 있다고 주장한다. 그러나 쟁점 ① 토지 지상에 존재하는 무허가건축물들은 지상권이나 임차권과 같은 정당한 권원이 없는 건물들로서 철거소송에서 모두 철거대상으로 판정되었으므로, 지상권 등 정당한 제한물권과 동일하게 취급할 수 없는 점3), 무허가건축물로 인한 열세조건은 비교표준지 공시지가를 기준우로 한 가격 산정에서 '기타 조건'으로 0.7배를 이미 반영하였으므로, 평가선례 자체를 기타 요인 보정치로 적용함에 있어 중복적으로 열세 조건을 반영하여야 한다고 단정할 수 없는 점 등에 비추어, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.
O 피고는, 이 사건 부칙조항에서 언급하는 1991년 1월 1일 현재 평가가액이란 상속세및증여세법 시행령 제50조 제6항에 의할 때 1991. 1. 1. 당시 고시되어 있는 1990. 8. 30. 공시된 개별공시지가로 보아야 하므로, 이 사건 감정서 중 공시지가를 기준으로 한 가격시점 현재의 대상지 가격에서 1990년 개별공시지가(000원)가 아닌 1991년 개별공시지가(000원)를 적용한 것은 잘못이라고 주장한다. 그러나 뒤에서 보는 바와 같이 1991년 공시지가를 적용하는 것이 타당하므로, 피고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.
다) 보충적 평가방법을 적용할 경우 1990년 개별공시지가의 적용 여부
위와 같이 쟁점 ① 부동산의 시가가 판명된 이상, 상속세및증여세법 제61조 제1항 제1호에 의한 보충적 평가방법에 의한 시가 산정은 불필요하다고 할 것이다. 다만, 이 사건 감정평가서에 의한 평가가액을 시가로 볼 수 없어 보충적 평가방법을 적용하여야 한다고 가정하더라도, 아래와 같은 사정에 비추어, 1991년 개별공시지가를 적용하여 쟁점 ① 부동산의 양도소득을 산출한 원고의 조치가 적절하였던 것으로 보인다.
(1) 상속세및증여세법 시행령 제50조 제6항은 새로운 개별공시지가가 공시되지 않은 상태에서 상속 또는 증여가 이루어지는 경우에 이미 공시되어 있는 개별공시지가 중 시가에 근접하다고 볼 수 있는 전년도의 개별공시지가를 적용하여 토지를 평가하도록 함으로써 당해 연도의 개별공시지가가 공시되기 전이라도 상속세 또는 증여세의 납세의무자나 과세관청으로 하여금 상속세 또는 증여세의 법률관계를 미리 예상하거나 조기에 확정할 수 있도록 하여 법적 안정성과 예측가능성을 도모라는 취지라 할 것이므로 (대법원 2003. 9. 2. 선고 2001두10677 판결 등 참조), 그 토지에 대한 상속개시 당시에는 당해 연도의 개별공시지가가 고시되지 아니하였다가 상속개시 후에 비로소 고시 기준일을 같은 해 1월 1일로 한 개별공시지가가 고시되었다고 하더라도 상속개시 당시의 토지 현황을 더 적정하게 반영하여 시가에 근접한 것으로 볼 수 있는 상속개시 후 고시된 당해 연도의 개별공시지가를 기준으로 하여 토지의 가액을 평가하여야 한다(대법원 2010. 6. 24 선고 2007두16439 판결 참조). 위와 같은 법리에 비추어, 이 사건 부칙조항이 신설된 1998. 12. 28.에는 평가기준 시점인 1991. 1. 1.을 기준일로 하는 1991년 개별공시지가가 이미 고시된 상태이므로 위 기준일의 시가에 보다 근접한 것으로 볼 수 있는 1991년 개별공시지가를 적용함이 타당하다.
(2) 이 사건 부칙조항은 비영리법인이 오래 전부터 보유하던 부동산의 장부가액을 취득가액으로 보아 양도소득을 산출할 경우 지나치게 세부담이 과중해짐을 고려하여 1991. 1. 1. 기준 평가금액을 취득가액으로 인정하여 세부담을 경감하고자 신설된 조항인바, 위 부칙 조항 신설 당시 1991년 개별공시지가가 이미 고시되어 있음에도, 굳이 통상적으로 그 가액이 보다 낮을 것으로 예상되는 1990년 개별공시지가를 취득 가액으로 보는 것은 이 사건 부칙조항의 취지에 반한다.
2) 이 사건 출연에 관하여
가) 인정사실
(1) 원고는 고유목적사업준비금4)을 손금으로 계상하는 비영리내국법인으로서 2008. 1. 1. 고유목적사업준비금으로 000원을 신규로 설정하고(당시 준비금 잔액 000원임), 2008. 5. 6. 이 사건 출자 당시 쟁점 ② 부동산의 장부가액인 000원만을 준비금 항목에서 상계처리하였을 뿐, 이 사건 평가증액분 000원은 영업외 수익으로도 고유목적사업준비금으로도 인식하지 아니하였다 (갑 제 6호증 참조)5).
(2) 원고는 2008. 12. 31. 결산시 고유목적사업준비금 계정과목에서 고유목적사업준비금 000원을 새로이 설정하는 동시에(갑 제6호증), 당기까지 사용된 고유목적사업준비금 000원에 위 신규설정액 000원6)을 합한 000원을 손익계정으로 대체하였고(갑 제9호증), 손익계산서에 위 고유목적사업준비금 000원을 '기타 영업외비용' 항목으로 손비처리하였으며, 기부금 항목은 별도로 계상하지 않았다(을 제1호증의 2, 4쪽 참조).
(3) 원고는 2009. 3. 31. 2008 사업연도 법인세 신고를 하면서 고유목적사업준비금 조정명세서(갑)에서 법인세법 제29조 제1항에 의한 준비금 손금산입한도액인 000원의 범위 내에 있는 결산서상 고유목적사업준비금 000원을 그대로 손금으로 추인하였는데, 고유목적사업준비금 조정명세서(을)에서는 쟁점 ② 부동산의 평가가액 000원 전액이 2008 사업연도 고유목적사업준비금에 포함된 것처럼 기재되어 있다(갑 제8호증).
[인정 근거] 갑 제6, 8, 9호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
나) 판단
(1) 기부금에 대한 가액 평가와 세무처리 방법
법인세법 시행령 제37조 제1항은 법인이 법 제24조에 의한 기부금을 금전 이외의 자산으로 제공한 경우 당해 자산의 가액을 이를 제공한 때의 시가에 의한다고 규정하고 있으므로, 법인이 기부금을 현물로 제공한 경우에는 해당 물건의 시가와 장부 가액의 차액에 해당하는 평가증액분도 일응 법인세법 제3조 제2항 제5호 소정의 고정 자산의 처분으로 인한 수입으로서 익금에 산입되어야 하고, 해당 익금액은 일반적으로 법인세법 제24조 제1항에 의한 기부금 시부인계산을 거쳐서 손금 산입의 범위가 정하여지게 된다.
(2) 고유목적사업준비금 제도에 의한 손금산입
법인세법 제29조 제1항은 비영리내국법인은 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정한 한도액 범위 내에서 이를 손금산입대상으로 정하고 있고, 제6항에서 위 준비금 규정의 적용을 받고자 하는 비영리내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치 • 보관하고 이를 납세지 관할세무서장에게 제출할 것을 정하고 있다. 법인세법 시행령 제56조 제9항은 이를 받아 비영리내국법인은 법인세 신고시 고 유목적사업준비금조정명세서를 관할 세무서장에게 제출하도록 규정하고 있다. 이와 같이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 비영리내국법인이 지정기부금을 지출하는 경우에는 법인세법 제29조 제2항에 의하여 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금에서 순차로 상계하여야 하고, 이 경우 법인세법 제24조에 의한 지정기부금 시부인 규정을 적용하지 아니 한다(법인세과-1033, 2009. 9. 21.).
따라서 이 사건 평가증액분 000원은 일응 각 사업연도 소득에서 익금으로 산입되어야 하지만, 만약 고유목적사업준비금에 의한 손금으로 인정된다면, 결과적으로 해당 금액에 대한 익금산입은 허용되지 않게 된다. 다만, 고유목적사업준비금은 신고조정사항7)이 아니라 결산조정사항8)이므로, 결산서에 위와 같은 사항이 손비로 반영되어 있어야 하고, 결산서에 반영되어 있지 않다면 법인세 신고시 세무조정에 의해서는 추가로 손금으로 인정받을 수 없다.
(3) 사안에 적용
위 인정사실에서 본 바와 같이, 원고는 2008. 5. 6. 이 사건 출자 당시 쟁점 ② 부동산의 장부가액만을 준비금 항목에서 상계처리하였을뿐, 평가증액분에 대하여는 이를 수익으로 인식하지도 않고 고유목적사업준비금 계정에도 포함하지 아니한 결과, 2008 사업연도에 사용된 고유목적사업준비금 000원에도 포함되지 아니한 점을 알 수 있다. 따라서 원고가 비록 고유목적사업준비금 조정명세서(을)에 이 사건 평가증액분을 고유목적사업준비금에 포함하는 기재를 하였더라도, 결산서에서 준비금 의 손비로 반영한 것으로 볼 수 없으므로, 위 평가증액분은 고유목적사업준비금에 의 한 손금으로 인정될 수 없다.
다만, 피고는 위 평가증액분 전액을 익금에 산입하여 이 사건 처분을 하였는 바, 그러한 조치의 적정성에 관하여 본다. 법인이 타인에게 자산을 무상으로 양도함으로써 법인세법 소정의 기부금의 요건에 해당되는 경우, 위 거래로 인한 법인 자산의 감소액은 자산의 시가상당액으로서 비록 법인이 당해 자산의 시가와 장부가액의 차액을 기업회계상 손비로 계상하지 아니하였다고 하더라도, 세법상 일단 그 차액 상당의 수익이 법인에게 실현됨과 동시에 그 수익을 상대방에게 제공함에 따른 손실이 발생한 것으로 관념하여 그 손실을 기부금으로 보게 되는 것이라 할 것이다(대법원 1993. 5. 25. 선고 92누18320 판결 등 참조). 이 사건 출자의 상대방인 의료법인 XX 의료재단은 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 바.목에서 정한 지정기부금단체라 할 것이므로, 피고는 이 사건 평가증액분 000원을 법인세법 제24조 제1항에 의한 지정 기부금 시부인계산을 통하여 원고의 지정기부금 손금한도액 범위 내에 있는 금액에 대하여는 기부금으로 손금인정하되, 손금한도액 초과분에 한하여 손금불산입하는 것이 타당하다.
3) 소결론
위와 같이 이 사건 양도와 관련한 원고의 주장은 이유 있고, 이에 따라 감액되어야 할 세액은 000원이다9). 또한 이 사건 출자와 관련하여 이 사건 평가증액분 중 원고의 지정기부금 손금한도 내에 있는 금액을 손금에 산입하면, 이에 따라 감액되는 세액은 000원(을 제7호증의 3 참조)이 된다. 따라서 이 사건 처분에 의한 세액 000원 중 정당세액 000원(000원 - 000원 - 000원)을 초과한 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.
3. 결론
그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.