중소기업 대주주가 양도한 주식에 대한 양도세율

중소기업이자 주권비상장법인 주주들에게도 '대주주'의 개념이 적용되고, 원고들이 대주주에 해당하는 이상 20%의 양도세율을 적용하는 것이 타당함

소득세법 제104조 제1항 제11호양도소득세의 세율

수원지방법원2018구단7055 양도소득세경정거부처분취소

AAA

00세무서장

2018. 07. 20.

2018. 08. 10.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고 00세무서장이 2017. 8. 17. 원고 AAA에 대하여 한, 2017. 8. 21. 원고 BBB에 대하여 한, 2017. 8. 22. 원고 ccc에 대하여 한 각 양도소득세 경정거부처분을 취소한다.

피고 00세무서장이 2017. 8. 10. 원고 DDD에 대하여 한, 2017. 8. 16. 원고 EEE에 대하여 한, 2017. 8. 17. 원고 FFF에 대하여 한 각 양도소득세 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

⑴ 원고들은 2015. 12. 31. 현재 비상장 중소기업인 jjjj운수 주식회사 발행주식을 아래와 같이 보유하고 있었다.

⑵ 원고들은 2016.경 주식회사 KKK에 jjjj운수 주식회사 발행의 비상장주식 합계 486,570주를 1주당 40,104원에 양도한 후, 대주주가 양도하는 중소기업의 주식에 해당한다고 보아 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되어 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 다목에서 정한 20%의 세율을 적용하여, 아래와 같이 2016년 귀속 양도소득세 예정신고ㆍ납부를 하였다.

⑵ 원고들은 2017. 6. 23. 주권상장법인의 대주주가 아니어서 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 정한 10%의 세율이 적용되어야 한다는 이유로 아래와 같이 경정청구를 하였다.

⑶ 피고들은 비상장 중소기업의 대주주가 양도한 주식에 대하여도 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 다목에서 정한 20%의 세율이 적용된다는 이유로 청구취지 기재와 같이 원고들에 대하여 각각 양도소득세 경정거부처분(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 하였다.

⑷ 원고들은 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2018. 1. 22. 심판청구 기각결정이 내려졌다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 6, 갑 제2호증의 1 내지 6, 갑 제3호증의 1, 2, 을 제1호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

⑴ 구 소득세법은, 제3장에서 거주자의 양도소득에 대한 납세의무에 관하여 규정하면서, ① 제94조 제1항 제3호에서 양도소득세 과세대상인 양도소득의 하나로 "다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 '주식등'이라 한다)의 양도로 발생하는 소득"을 규정하는 한편, 그 가목에서 "자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 '주권상장법인'이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 '대주주'라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 '증권시장'이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것"을, 그 나목에서 "주권상장법인이 아닌 법인의 주식등"을 각 규정하고 있었고, ② 제104조 제1항 제11호에서 제94조 제1항 제3호에 따른 자산의 양도소득세 세율에 관하여, 그 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 '중소기업'이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 30", 그 나목에서 "중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) : 양도소득 과세표준의 100분의 10", 그 다목에서 "그 밖의 주식등 :양도소득 과세표준의 100분의 20"을 각 규정하고 있었다1).

한편 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법은, 제3장에서 거주자의 양도소득에 대한 납세의무에 관하여 규정하면서, ① 제94조 제1항 제3호 가목을 개정하여 "주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등"으로 규정하는 한편, 그 1)에서 "소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등"을, 그 2)에서 "1)에 따른 대주주에 해당하는 아니하는 자가 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장(이하 '증권시장'이라한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등"을 각 규정하였고, ② 제104조제1항 제11호 각 목을 개정하여, 그 가목에서 "소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 '대주주'라 한다)가 아닌 자가 양도하는 주식등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 중소기업'이라 한다)의 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 10", 그 나목에서 "대주주가 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 30",그 다목에서 "그 밖의 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 20"을 각 규정하였다.

⑵ 원고들은 아래와 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 규정된 '대주주'는 주권상장법인의 주식임을 전제로 하는 것이어서 중소기업의 주주인 원고들에 대하여 위 규정을 근거로 대주주 여부를 판단할 수는 없다.

구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 "중소기업의 주식등(대주주가 아닌자가 양도하는 경우로 한정한다) : 양도소득 과세표준의 100분의 10"이라고 규정하고 있지만, 위 괄호 속에서 정한 '대주주'의 개념에 관하여 구 소득세법령에서 따로 정한 것이 없으니, 이는 입법의 미비로서, 비상장 중소기업의 주식을 양도한 원고들에 대하여 위 괄호 속 규정을 들어 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 적용을 배제할 수는 없다.

그러므로 원고들에 대하여는 위 괄호 밖의 규정 즉, 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 정한 세율 10%가 적용되어야 하는 것이지, 위 괄호 속에서 정한 '대주주'에 해당함을 전제로 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 다목에서 정한 세율 20%를 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

⑶ 아래와 같은 점에서 이 사건 처분은 적법하고, 그 위법성을 지적하는 원고들의 주장은 이유 없다.

○ 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호에 의하면, 대통령령으로 정하는 대주주가 아닌 자가 양도하는 주식등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업의 주식등에 대하여는 세율 10%를 적용하는 반면(가목), 대주주가 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등에 대하여는 세율 30%를 적용하며(나목), 그 밖의 주식에 대하여는 세율 20%를 적용한다(다목)고 규정함으로써, 위 규정 자체에서 대주주의 개념을 명확하게 규정하는 한편, 그 대주주의 개념을 중소기업과 대기업에 구분하지 않고 동일하게 적용하고 있다.

이와 달리 구 소득세법 제104조 제1항 제11호에서는, 대통령령으로 정하는 중소기업 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등에 대하여는 세율 30%를 적용하고(가목), 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다)에 대하여는 세율 10%를 적용하며(나목), 그 밖의 주식등에 대하여는 세율 20%를 적용한다(다목)고 규정함으로써, 위 나목 괄호 속에서 언급하는 '대주주'가 무슨 의미인지 위 규정 자체만으로는 명확하지 않도록 규정하고 있었다.

그러나 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서는 ".....소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 '대주주'라 한다)...."라고 규정하고 있고, 구 소득세법 제94조 및 제104조는 모두 제3장에 속하는 규정이므로, 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 괄호 속에서 언급하는 '대주주'라 함은 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 말하는 대주주와 동일한 개념으로 보아야 하고, 이를 입법의 미비라 할 수는 없다. 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 각 목의 규정내용은 그와 같이 개정되기 전의 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 각 목의 규정내용을 좀 더 명확하게 표현한 것에 불과할 뿐이다.

○ 구 소득세법 제94조 제1항 제3호에 근거하여 대주주의 개념에 관하여 규정하고 있는 구 소득세법 시행령(2016. 3. 31. 대통령령 제27074호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제157조 제4항에서는, ① 그 제1호에서 "법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 주식등 이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 주주 1인 이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 기타주주 라 한다)이 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 장에서 소유주식의 비율 이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다", ② 그 제2호에서 "주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억 원 이상인 경우의 해당 주주1인 및 기타주주"를 각 규정하고 있어, 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하고 '대주주'의 범위를 정하고 있다2).

한편 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호에서 주식등의 시가총액에 따라 '대주주'의 개념을 규정하고 있는데, 그 시가총액의 평가에 관하여 구 소득세법 시행령 제157조 제6항 제1호에서 "'주권상장법인의 주식등의 경우에는 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액(직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액)", 제2호에서 "제1호 외의 주식등의 경우에는 제165조 제4항의 규정에 의한 평가액"이라고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제2호에서 "제1호(1주당 가액의 평가는 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다는 내용)를 적용하는 경우 법 제99조 제1항 제4호의 주식등(이하 이 호에서 '비상장주식등'이라 한다)을 발행한 법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1호에도 불구하고 법인세법 시행령 제74조 제1항 제1호 마목에 따른 취득가액에 따를 수 있다"고 규정함으로써, 비상장주식의 경우에도 시가총액에 의한 '대주주'여부를 판단하는 근거규정이 된다.

위와 같은 점에서 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "....주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주..."라고 규정하고 있다고 하여, 위 규정에서 언급하는 '대주주'가 주권상장법인의 대주주에 한정하는 것이라고 해석할 수는 없다.

○ 원고들은 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일인 2015. 12. 31.현재 jjjj운수 주식회사 발행주식의 각 1% 이상을 보유하고 있었으므로, 구 소득세법 시행령 제157조 제4항에서 정한 대주주에 해당함이 분명하여, 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 정한 세율 10%가 아니라 그 다목에서 정한 세율 20%가 적용되어야 한다.

3. 결론

따라서 원고들의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각한다.

1) 1기존에는 중소기업 주식의 양도소득에 대해서 대주주인지 여부와 무관하게 양도소득세의 세율을 적용하고 있었으나, 중소기업의 대주주의 경우에는 중소기업과는 별개로 주식양도소득 과세에 있어서도 우대하여야 할 필요성이 낮은 점을 고려하여,일부 중소기업의 대주주에게 적용되는 주식양도세율을 10%에서 20%로 상향 조정한 것이다.

2)2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 구 소득세법 시행령 제157조 제4항에서는, ① 그 제1호에서 "법인의 주식또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 주식등 이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 주주 1인 이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제1조의 2제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 기타주주 라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 코스닥시장 이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]또는 코넥스시장상장법인[자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제11조 제2항에 따른 코넥스시장(이하 코넥스시장 이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등과자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였다. 으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다", , ② 그 제2호에서 "주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원[코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주"로 규정하고 있었다.

그런데 구 소득세법 시행령 제157조 제4항이 2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정됨으로써, 주식 등에 대한 양도소득세 과세대상이 되는 대주주의 범위를 유가증권시장과 비상장주식의 경우에는 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 주주 1인 및 기타주주가 해당 법인의 주식 등을 1% 이상 또는 주식 등의 시가총액 25억원 이상을 소유하고 있는 경우로 조정하게 된 것이다