1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지...

1. 기초사실

가. 당사자의 지위 원고는 의약품, 의료용 화합물 등의 제조, 가공 및 매매 등을 목적으로 하는 회사로서 2017. 1. 2. 주식회사 D을 흡수합병하였다

(이하, 원고와 특별히 구별할 필요성이 있지 않은 이상, 원고와 주식회사 D을 통틀어 ‘원고’라 한다). 원고는 발명의 명칭을 ‘F’로 하는 발명에 대하여 X 특허출원을 하여 W 특허등록번호 G로 특허등록을 받았으며, 원고가 특허를 받은 위 화합물은 관련 업계에서 ‘H’, ‘V’ 또는 ‘Y’로 불린다.

피고는 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 의하여 B대학교의 산학협력사업을 촉진하는 것을 목적으로 설립된 법인이다.

나. E사업 및 원ㆍ피고 간의 연구개발계약 1) 한국보건산업진흥원장은 2009년경 피고와, “피고를 주관연구기관으로 하고, 정부가 연구개발비를 지급하기로 하는 Z사업(이하 ‘이 사건 연구개발사업’이라 한다)”을 추진하기로 협의하고, 연구관리기관을 한국보건산업진흥원장으로, 피고를 주관연구기관으로, B대학교 AA 교수를 주관연구책임자로 하여, 2009. 12.경 연구기간을 2009. 12. 1.~2010. 11. 30.로 하는 ‘1단계 1차년도 협약’을, 2010. 12.경 연구기간을 2010. 12. 1.~2011. 11. 30.로 하는 ‘1단계 2차년도 협약’을, 2011. 12.경 연구기간을 2011. 12. 1.~2012. 11. 30.로 하는 ‘1단계 3차년도 협약’을, 2012. 12.경 연구기간을 2012. 12. 1.~2013. 11. 30.로 하는 ‘1단계 4차년도 협약’을, 2013. 12.경 연구기간을 2013. 12. 1.~2014. 11. 30.로 하는 ‘1단계 5차년도 협약’을, 2014. 12.경 연구기간을 2014. 12. 1.~2015. 11. 30.로 하는 ‘2단계 1차년도 협약’을 각각 체결하였다(이하 이러한 각 협약을 통칭하여 ‘이 사건 각 협약’이라 한다

. 연구개발과제명은 1단계 1차년도 협약부터 1단계...