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주문
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고의 지위 1) 원고는 각종 내연기관 부품 제조 및 판매업 등을 목적으로 2003. 2. 1. 설립된 회사로서, 그 발행 주식 총수의 60%는 주식회사 B(이하 ‘B’이라 한다
)이, 나머지 40%는 일본법인인 C이 각 보유하고 있다. 구분 면적(㎡) 임차기간 월 차임(백만 원) 보증금 이 사건 제1 공장 21,072.68 2011.~현재 2011.~2013.1.: 200 2013. 2.~2015. 6.: 220 2015. 7.~현재: 230 없음. 이 사건 제2 공장 9,769.37 2013. 7.~현재 2013. 7.~2015. 6.: 90 2015. 7.~현재: 110 이 사건 제3 공장 14,582.27 2011.~2013. 1. 2011.~2013. 1.: 140 2) 원고는 B으로부터 아래와 같이 충북 음성군 D에 위치한 공장(이하 ‘이 사건 제1 공장’이라 한다), E에 위치한 공장(이하 ‘이 사건 제2 공장’이라 한다) 및 세종시 F에 위치한 공장(이하 ‘이 사건 제3 공장’이라 한다)을 각 임차하였다.
나. 원고의 법인세 신고ㆍ납부 과정 1) 원고는 2011.부터 2015.까지 B에게 이 사건 제1 내지 3 공장에 대한 임차료를 아래 <표1. 임차료 지급 현황>과 같이 지급한 다음(이하 원고가 B에게 지급하였던 임차료를 통틀어 ‘종전 임차료’라고 한다
), 이를 손금으로 계상하여 아래 <표2. 법인세 신고내용>과 같이 법인세를 신고ㆍ납부하였다. <표1. 임차료 지급 현황> (단위: 백만 원) 사업연도 이 사건 제1 공장 이 사건 제2 공장 이 사건 제3 공장 합계 2011 2,400 1,680 4,080 2012 2,400 1,680 4,080 2013 2,620 540 140 3,300 2014 2,640 1,080 3,720 2015 2,700 1,200 3,900 합계 12,760 2,820 3,500 19,080 <표2. 법인세 신고 내용> 사업연도 과세표준(원) 법인세(원) 2011 4,885,382,348 390,830,587 2012 14,179,582,835 1,419,158,860 2013 10,190,593,028 763,088,155 2014 18,465,119,245 2,815,798,139 2015 23,219,218,325 2,448,749,017 합계 70,939,895,781 7,837,624,758 2) 피고는 2016. 9. 6. 원고가 2013년부터 2015년까지의 기간...