1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분 경위

가. 원고는 2004. 5. 27. 포천시 B 공장용지 3,033㎡ 및 그 지상 공장건물 784.8㎡(이하 ‘이 사건 공장’), 창고, 기숙사 등 미등기건물(이하 ‘이 사건 미등기건물’), 기계장치, 폐수처리시설 및 수전설비(이하 ‘이 사건 설비’)를 의정부지방법원 C 부동산임의경매절차에서 매각대금 813,200,000원에 취득하였다.

나. 원고는 2008. 3. 20. D에게 이 사건 공장, 미등기건물, 설비에 폐수배출시설에 대한 1,100톤 사용권(이하 ‘폐수권’)을 더하여 총 1,200,000,000원에 양도하기로 하고 2008. 3. 28. 위 공장에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었고, 2009. 5. 11. 피고에게 양도소득세 과세표준 신고 및 자진납부계산서를 제출하면서 위 매매계약 후 D과의 사이에 폐수권을 400,000,000원, 나머지를 800,000,000원으로 각 구분하는 것으로 계약 내용을 변경한 바 있으므로 비과세대상인 이 사건 설비를 제외하고 나머지 자산인 이 사건 공장과 미등기건물의 취득가액을 813,000,000원, 양도가액을 800,000,000원으로 각 기재하여 신고하였다.

다. 피고는 2011. 9. 5. 원고가 부동산임의경매절차에서 지급한 매각대금 중 비과세대상인 설비류를 제외한 나머지 자산의 당시 감정가액을 502,368,000원으로 환산하여 취득가액을 정하고, 이 사건 공장과 미등기건물, 설비 및 폐수권에 관한 매매계약서상의 양도가액인 1,200,000,000원 중 위 공장 대금 800,000,000원과 미등기건물 대금을 50,402,000원으로 환산한 총 850,402,000원을 양도가액으로 정한 다음, 필요경비로 42,382,280원을 공제하여 양도차익을 산정하고 장기보유 특별공제 등을 거쳐 원고에게 양도소득세 116,491,910원을 결정ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’). 라.

원고는 이에 불복하여 이의신청 및 심사청구를 하였으나, 2012. 2. 9....