공장, 미등기건물 및 설비와 폐수배설시설에 대한 사용권을 양도한 경우 양도가액 산정 방법

양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산함

소득세법 제100조(양도차익의 산정)

2012구단23566 양도소득세부과처분취소

AAA

aa세무서장

2013. 11. 11.

2013. 11. 28.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2011. 9. 5. 원고에게 한 양도소득세 각 xxx원의 부과처분을 취소한다.

"가. 원고는 2004. 5. 27. ○○시 ○○면 ○○리 194-4 공장용지 3,033선 및 그 지상 공장건물 784.8㎡(이하 '이 사건 공장')，창고, 기숙사 등 미등기건물(이하 '이 사건 미등기건물')，기계장치, 폐수처리시설 및 수전설비(이하이 사건 설비')를 의정부지방법 원 2003타경28258호 부동산임의경매절차에서 매각대금 xxx원에 취득하였다.", "나. 원고는 2008. 3. 20, BBB에게 이 사건 공장, 미등기건물, 설비에 폐수배출시설에 대한 1,100톤 사용권(이하폐수권')을 더하여 총 xxx원에 양도하기로 하고 2008. 3. 28. 위 공장에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었고，2009. 5. 11. 피고에게 양도소득세 과세표준 신고 및 자진납부계산서를 제출하면서 위 매매계약 후 BBB과의 사이에 폐수권을 xxx원, 나머지를 xxx원으로 각 구분하는 것으로 계약내용을 변경한 바 있으므로 비과세대상인 이 사건 설비를 제외하고 나머지 자산 인 이 사건 공장과 미등기건물의 취득가액을 xxx원，양도가액을 xxx원으로 각 기재하여 신고하였다.",다. 피고는 2011. 9. 5. 원고가 부동산임의경매절차에서 지급한 매각대금 중 비과세 대상인 설비류를 제외한 나머지 자산의 당시 감정가액을 xxx원으로 환산하여 취득가액을 정하고，이 사건 공장과 미등기건물, 설비 및 폐수권에 관한 매매계약서상의 양도가액인 xxx원 중 위 공장 대금 xxx원과 미등기건물 대금을 xxx원으로 환산한 총 xxx원을 양도가액으로 정한 다음，필요경비로 xxx원을 공제하여 양도차익을 산정하고 장기보유 특별공제 등을 거쳐 원고에게 양도소득세 xxx원을 결정・고지하였다(이하 '이 사건 처분').

라. 원고는 이에 불복하여 이의신청 및 심사청구를 하였으나, 2012. 2. 9, 및 2012. 7. 9. 각 기각결정을 받았다.

인정근거 다툼 없는 사실，갑 제1호증 내지 제8호증(가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지1

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

① BBB과의 최초 매매계약은 이후 이 사건 공장, 미등기건물 및 설비 일체의 양도대금을 xxx원으로，폐수권을 xxx원으로 구분하기로 변경되었으므로, xxx원 중 비과세대상인 이 사건 설비대금을 안분계산하여 양도가액을 산정해 야 하고，② BBB은 원고에게 이 사건 공장, 미등기건물 및 설비 대금 xxx원과 폐수권 대금 중 xxx원을 지급하였고, 나머지 폐수권 대금은 5년간 분할상환하기로 하여 그 소유권을 원고에게 유보해 두었으나, BBB의 원고에 대한 임가공대금채권 xxx원의 상계분을 제외하면 나머지 대금은 2009년 초순경 BBB의 도산으로 지급되지도 못하였으므로，원고가 실제 양도로 얻은 수입은 총 xxx원에 불과하고 나머지 대금은 회수불가능하여 장래 그 소득의 실현가능성이 없게 되었음이 객관적으로 명백한 이상 과세소득 산정에서 제외하여야 하며，③ 원고가 이 사건 공장과 미등기건물에 지출한 필요경비 xxx원 중 피고가 인정한 xxx원을 제외한 나머지 xxx원도 필요경비로서 양도가액에서 공제되어야 한다.

나. 관련 법령

소득세법 제94조는 해당 과세기간에 발생한 토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득을 양도소득이라고 규정하고，제96조에서 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액인 실지거래가액에 따르며，제100조에서는 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산하도록 규정하고 있고, 제97조 및 위 법 시행령 제163조에서는 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 취득에 든 실지거래가액，양도자산의 용도변경・개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 등으로 규정하고 있다.

다. 판단

(1) ①주장에 대한 판단

(가) 인정사실

앞서 본 각 증거에 갑 제9, 17, 20호증 각 기재를 더하면, 다음 사실이 인정된다.

1) 원고는 2008. 3, 20. 이 사건 공장을 임차하여 BBB업을 하던 BBB에게 위 공장，미등기건물 및 설비 일체를 대금 xxx원에 매도하면서 계약금 xxx원은 당일, 중도금 xxx원은 2008. 4. 3,에, 잔금 xxx원은 2008. 4. 30.에 각 지급받기로 하고, 특약사항으로 '시설 및 기계 일체，폐수허가 및 공장인허가에 관한 권리 일체를 양도한다. 중도금시 명의이전 하기로 한다'는 내용을 기재하여 매매계약서를 작성하였다.

2) 원고는 BBB이 이 사건 공장 등을 담보로 대출받을 수 있는 금액이 xxx원에 불과하므로 계약사항을 변경하자는 요청을 받고, 2008. 3. 25, 매매계약서를 다시 작성하면서 매매대금은 xxx원으로, 계약금은 xxx원으로，잔금은 xxx원으로 정하되, '1. 경기도 ○○시 ○○면 ○○리 194-4의 지상 미등기건물, 2. CCCC조합 폐수쿼터와 공유지분 및 보증금, 3. 1항에 표시된 지번에 있는 모든 시설물，4. 수전설비 및 폐수처리 시설물 일체'의 4개 항목을 명기하여，매매대금 일십이억 원 중 1항 ~ 4항 모두 사억 원으로 하고, 본 부동산의 토지와 건물은 매매한다'라는 별지 특약사항을 작성하였다.

3) 원고와 BBB은 2008. 4. 1,자로 부동산 매매와 관련하여 이 사건 공장 소재 지 내의 폐수권에 대한 권리 일체를 매매대금 전액 완불시까지 원고가 소유하고，미지급대금은 원고가 BBB에게 결제할 원단 BBB비용 및 동 업종에 관련된 매월 청구금액 중 50%를 차감하는 방식으로 하되 그 기간은 5년으로 정하는 내용의 이행각서를 인증하였고, BBB이 원고로부터 매매대금 미지급금액 xxx원을 차용하는 것을 내용으로 한 차용증도 작성하였다.

4) 한편 BBB은 2008. 3. 28. 중소기업은행으로부터 중소기업시설자금으로 xxx원을 대출받아 원고의 위 은행에 대한 대출원리금 xxx원을 상환하고 원고에게 나머지 xxx원을 송금하였다.

5) 원고는 BBB의 원고에 대한 임가공대금채권이 매매잔대금채권 일부와 상계 처리되는 이외에는 잔대금을 제때 지급받지 못하자, 2009. 11. DDD에게 폐수권, 공업용수라인, 하천복개공사비，CCCC조합에 납부한 공사분담금과 사용권리 일체를 대금 xxx원에 매도하였고，2010. 5. 25. 의정부지방법원 2009타경18505호 부동산 임의경매절차에서 이 사건 공장, 미등기건물, 설비 등 일체가 포괄하여 EEE에게 매각되기에 이르렸다.

(나) 판단

그렇다면，① 원고와 BBB 사이에 작성된 매매계약서상으로 이 사건 공장，미등 기건물, 설비 및 폐수권 일체를 xxx원에 매도하기로 하였다가，이 사건 공장을 xxx원, 나머지를 xxx원으로 세분하여 명기하였음이 계약서 기재 자체로 명백하고, 원고가 매매대금 전액을 지급받을 때까지 폐수권에 대한 소유권을 유보하기로 하였다는 약정이나 원고의 매매대금채권을 보다 유리하게 확보하도록 하기위하여 이 사건 미등기건물이나 설비도 폐수권과 함께 대금 xxx원의 목적 대상에 포함되는 것처럼 특약사항을 기재한 것이라는 증인 FFF의 증언만으로는 위 기재 내용을 부인할 만한 분명하고도 수긍할 만한 반증이 있다고 보기 어려운 점, ② 특히 원고 주장대로 폐수권 대금만을 xxx원으로 정한 것이라면 이 사건 미등기 건물과 설비에 대하여는 아무런 대가의 정함이 없이 특약사항에 기재되었다는 것인데 이를 납득할 만한 별다른 사정도 찾을 수 없는 점, ③ BBB은 2008. 3. 25.자 매매계약서 작성 이후인 2008, 3. 28. 시설자금대출 xxx원을 받아 원고의 대출원리금을 상환하는 등 매매대금으로 모두 지급하였고, 2008. 4. 1. 나머지 xxx원에 작성으로 그 지급을 약정하였는바，이는 위 2008. 3. 25.자 매매계약서가 폐수권 대금만 xxx원으로 하여 5년간 분할상환하기로 한 취지였다는 원고 주장과 부합하지 않는 점，④ 2008. 3. 폐수권 대금만 xxx원이라고 책정하였다는 원고가 2009. 11. DDD에게 이를 매도하면서는 그 대금을 xxx원으로 정한 것은 자금압박 등 원고 주장 사정을 감안하더라도 상당한 가격차이가 나는 점 등 제반 사정을 종합해 볼 때, 피고가 이 사건 공장, 미등기건물 및 설비와 폐수권 일체의 양도가액을 총 xxx엔으로 보아 그 중 과세대상인 공장과 미등기건물에 대하 여 원고의 취득 당시 감정가액을 기준으로 환산한 xxx원을 취득가액으로, xxx원을 양도가액으로 각 결정한 것은 정당하고, 그에 따라 양도차익을 산정하여 결정된 이 사건 처분의 세액 또한 정당한 세액 범위 내에 있다고 보이므로, 위 처분에는 아무 위법이 없다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

(2) ②주장에 대한 판단

소득세법은 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생 한 때에는 그 소득의 실현이 있는 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정 주의를 채택하고 있고, 다만 소득의 원인이 되는 채권이 발생된 때라 하더라도 그 과세대상이 되는 채권이 채무자의 도산으로 인하여 회수불능이 되어 장래 그 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백한 때에는 그 소득을 과세소득으로 부과할 수 없고, 이러한 경우에는 납세의무자가 그와 같은 사정을 주장. 입증하여 과세할 소득이 없다는 것을 밝혀야 한다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2002두 1953 판결，대법원 2010. 1. 14. 선고 2009두11874 판결 등 참조). 그런데 증인 FFF，GGG의 각 증언 및 이 법원의 국토교통부 지적정보센터, bb세무서장 및 bb시장에 대한 각 사실조회결과만으로는 과세대상이 되는 원고의 BBB에 대한 매매대금 채권이 BBB의 도산으로 인하여 회수불능이 되어 장래 그 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백함을 인정하기에는 부족하고，달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 앞서 본 각 증거에 의하면 BBB과 BBB가공 등 거래를 한 주체는 실질적으로 원고가 아닌 그 남편 GGG인데，2009년 상반기까지 양자 사이의 총 공급대가가 xxx원에 이르도록 거래가 계속된 사실이 인정되는 등 장래 원고의 소득이 실현될 가능성이 전혀 없음이 객관적으로 명백하다고 볼 수 없다. 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) ③주장에 대한 판단

과세처분 취소소송에서 과세근거가 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있으나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 참조), 그런데 갑 제18호증 내지 제20호증 각 기재나 증인 GGG의 증언만으로는 원고 주장 금액이 이 사건 공장과 미등기 건물의 개량 또는 이용편의를 위하여 지출된 필요경비임을 인정하기에 부족하고，달리 실제 공사내역 등을 확인할 만한 객관적 자료를 찾을 수 없으므로 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

청구는 이유 없어 이를 기각한다,