매출채권 지연회수에 해당되는지 및 적정임차료보다 과다하게 지급한 사실이 있는지 여부

원고가 다른 거래처들 보다 매매대금 채권 회수를 지연시켰다거나 그 지연에 정당한 사유 내지 경제적 합리성이 결여되었다고 단정할 수 없으나, 원고가 이 사건 부지를 시가보다 높은 임차료로 제공받은 것은 조세의 부담을 부당하게 감소시켰다고 봄이 타당함.

구 법인세법 제28조(지급이자의 손금불산입)

구 법인세법 시행령 제53조(업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입)

2015구합104007 법인세부과처분취소

000000 주식회사

00세무서장

2017. 5. 24.

2017. 6. 28.

1. 피고가 원고에 대하여 한,

가. 2014. 2. 3.자 2008 사업연도 법인세(가산세 포함) 954,477,181원의 부과처분 중 902,781,721원을 초과하는 부분과,

나. 2014. 12. 1.자 2009 사업연도 법인세(가산세 포함) 1,448,811,348원의 부과처분 중 1,313,045,255원을 초과하는 부분, 2010 사업연도 법인세(가산세 포함)

3,836,064,922원의 부과처분 중 3,726,455,570원을 초과하는 부분, 2012 사업연

도 법인세(가산세 포함) 2,573,518,669원의 부과처분 중 2,444,328,649원을 초과

하는 부분과,

다. 2015. 5. 4.자 2011 사업연도 법인세(가산세 포함) 18,080,305,008원의 부과처분 중 17,893,231,163원을 초과하는 부분을

각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한,

1. 2014. 2. 3.자 2008 사업연도 법인세(가산세 포함) 954,477,181원의 부과처분 중 902,781,721원을 초과하는 부분,

2. 2014. 12. 1.자 2009 사업연도 법인세(가산세 포함) 1,448,811,348원의 부과처분 중 1,313,045,255원을 초과하는 부분, 2010 사업연도 법인세(가산세 포함)

3,836,064,922원의 부과처분 중 3,712,033,836원을 초과하는 부분, 2012 사업연도 법인세(가산세 포함) 2,573,518,669원의 부과처분 중 2,435,226,388원을 초과하는 부분,

3. 2015. 5. 4.자 2011 사업연도 법인세(가산세 포함) 18,080,305,008원의 부과처분 중 17,881,119,720원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 세재, 계면활성제, 도료 등의 제조 및 판매를 목적으로 하는 회사이고,

aaaa 주식회사(이하 'aaaa'이라고 한다)는 법인세법상 원고의 특수관계인에 해당한다.

나. 원고는 aaaa에게 계면활성제 등의 제품을 판매할 때 판매대금을 어음으로

수령하고, 이를 지급기일에 결제받는 방식으로 매매대금(이하 '이 사건 매매대금'이라 한다)을 지급받아 왔다.

다. 원고는 aaaa으로부터 bb ccc ddd에 위치한 bb공장 부지와 ee fff ggg hhh에 위치한 ii공장 부지(이하 위 각 부지를 '이 사건 부지'라 한다)를 아래 표 기재와 같이 임차하여 사용하였다.

라. bb지방국세청장은 2013. 6. 25.부터 2013. 8. 9.까지 원고의 2008 내지 2012사업연도에 대한 세무조사를 실시한 후 아래와 같은 처분사유(이하 '이 사건 처분사유'라 한다)를 포함하여 피고에게 과세자료를 통보하였다.

1) 원고가 이 사건 매매대금을 정당한 사유 없이 지연회수하였으므로, 그 지연회수된 매출채권 상당액을 업무와 관련 없는 가지급금으로 보아 지급이자를 손금불산입하고, 부당행위계산 부인규정에 따라 인정이자를 익금산입한다.

2) 원고가 aaaa으로부터 이 사건 부지를 시가보다 높은 임차료로 임차하였으므로, 부당행위계산의 부인규정에 따라 시가와의 차액을 손금불산입한다.

마. 피고는 2014. 2. 3. 위 세무조사 결과에 따라 원고에게 2008 사업연도

51,695,460원, 2009 사업연도 301,850,960원, 2010 사업연도 363,964,200원, 2011 사업연도 591,069,450원, 2012 사업연도 543,531,070원의 법인세를 각 증액경정・고지하였다(이하 '1차 증액경정처분'이라 한다).

바. 원고는 위 처분에 불복하여 2014. 5. 2. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 조세심판원장은 2015. 6. 2. 위 심판청구 중 위 처분사유에 해당하는 부분은 기각하고, 나머지 처분사유 중 일부에 대하여 재조사 결정을 하였다.

사. 피고는 원고가 심판청구를 한 이후인 2014. 12. 1.과 2015. 5. 4.에도 원고에 대하여 각 증액경정처분(이하 각 처분을 '2차, 3차 증액경정처분'이라 한다)을 하였고, 재조사 결과에 따라 2015. 7. 27. 감액경정처분을 하였다. 2008 내지 2012 사업연도별로 피고가 경정처분한 세액(원) 내역은 아래 표 기재와 같다(이하, 2008 사업연도는 1차 증액경정처분, 2009, 2010, 2012 사업연도는 2차 증액경정처분 중 2015. 7. 27.자 감액 경정결정에 의하여 감액되지 않은 부분, 2011 사업연도는 3차 증액경정처분 중 2015. 7. 27.자 감액경정결정에 의하여 감액되지 않은 부분에 관하여 각 이 사건 처분사유와 관련된 부분을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다).

〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 10호증, 을 제1, 2호증의 각 기재(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 본안전 항변

원고는 이 사건 소를 제기할 당시 1차 증액경정처분의 취소를 구하였다가 2차에

걸쳐 청구취지를 변경하였다. 원고가 청구취지 변경을 통하여 추가로 취소를 구하는 부분은 국세기본법 제55조 제1항, 제56조 제2항에 의한 전심절차를 거치지 아니한 것이므로 부적법하여 각하되어야 한다.

나. 판단

1) 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조).

그런데 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 일부개정되기 전의 것) 제22조의2 제1항은 "세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리・의무관계에 영향을 미치지 아니한다."고 규정하고 있는바,

위 규정의 문언 내용 및 그 주된 입법 취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데 있는 점을 고려하면, 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있다 할 것이다.

나아가 과세관청이 증액경정처분 후에 당초 신고나 결정에 위법사유가 있다는 이유로 쟁송절차와 무관하게 직권으로 일부 감액경정처분을 한 경우에는 그 실질이 증액된 세액을 다시 감액한 것이 아니라 당초 신고나 결정에서의 세액을 감액한 것인 만큼, 납세자는 이와는 상관없이 여전히 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 취소를 구할 수 있다(대법원2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결 등 참조).

당초의 과세처분에 존재하고 있다고 주장되는 위법사유가 증액경정처분에도 마찬가지로 존재하고 있어 당초의 과세처분이 위법하다고 판단되면 증액경정처분도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우라면, 당초의 과세처분에 대한 전심절차의 진행 중에 증액경정처분이 이루어졌음에도 불구하고 그대로 전심절차를 진행한 납세자의 행위 속에는 달리 특별한 사정이 없는 한 당초의 과세처분에 대한 심사청구 또는 심판청구를 통하여 당초의 과세처분을 흡수하고 있는 증액경정처분의 취소를 구하는 의사가 묵시적으로 포함되어 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이러한 경우에는 설령 납세자가 당초의 과세처분에 대한 전심절차에서 청구의 취지나 이유를 변경하지 아니하였다고 하더라도 증액경정처분에 대한 별도의 전심절차를 거칠 필요 없이 당초 제기한 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 증액경정처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 할 것이다.

그리고 납세자가 이와 같은 과정을 거쳐 행정소송을 제기하면서 당초의 과세처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 기재하였다 하더라도, 이는 잘못된 판단에 따라 소송의 대상에 관한 청구취지를 잘못 기재한 것이라 할 것이고, 그 제소에 이른 경위나 증액경정처분의 성질 등에 비추어 납세자의 진정한 의사는 증액경정처분에 흡수됨으로써 이미 독립된 존재가치를 상실한 당초의 과세처분이 아니라 증액경정처분 자체의 취소를 구하는 데에 있다고 보아야 할 것이다. 따라서 납세자는 그 소송계속 중에 청구취지를 변경하는 형식으로 증액경정처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 바로잡을 수 있는 것이고, 이때 제소기간의 준수 여부는 형식적인 청구취지의 변경 시가 아니라 증액경정처분에 대한 불복의 의사가 담긴 당초의 소 제기 시를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 2. 14. 선고 2011두25005 판결 등 참조).

2) 피고가 원고에 대하여 3차에 걸친 증액경정처분을 한 뒤 감액경정처분을 한

사실, 원고는 당초 1차 증액경정처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다가 청구취지 변경을 통하여 1차 증액경정처분 중 2008 사업연도 법인세(가산세 포함) 954,477,181원 중 902,781,721원을 초과하는 부분, 2차 증액경정처분 중 2009 사업연도 법인세(가산세 포함) 1,448,811,348원 중 1,313,045,255원을 초과하는 부분, 2010 사업연도 법인세(가산세 포함) 3,836,064,922원 중 3,712,033,836원을 초과하는 부분, 2012 사업연도 법인세(가산세 포함) 2,573,518,669원의 중 2,435,226,388원을 초과하는 부분, 3차 증액경정처분 중 2011 사업연도 법인세(가산세 포함) 18,080,305,008원 중 17,881,119,720원을 초과하는 부분의 취소를 구하고 있는 사실,

원고는 2014. 5. 2. 조세심판원장에게 1차 증액경정처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나 이 사건 처분사유에 관한 부분은 기각결정을 받은 사실, 원고는 1차 증액경정처분 뿐만 아니라 2차, 3차 증액경정처분 모두에 대하여 이 사건 처분사유에 관하여 다투고 있는 사실, 2008, 2009 사업연도 법인세의 경우 당초 신고에 대한 경정청구기간인 2012. 3. 31.과 2013. 3. 31.이 각 도과한 후 1차 증액경정처분이 이루어진 사실, 2010 내지 2012 사업연도 법인세의 경우당초 신고에 대한 경정청구기간이 각 도과하기 전에 1차 증액경정처분이 이루어진 사실은 앞서 본 바와 같거나 이 법원에 현저하다.

살피건대, 이 사건은 1차 증액경정처분에 대한 심판청구절차의 진행 중에 2차 및 3차 증액경정처분이 이루어졌고, 이후 재조사 결정에 따라 감액경정처분이 이루어졌는데, 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 처분사유가 인정되지 않는다면 2차, 3차 증액경정처분의 당부에도 영향을 미치게 된다는 점에서 그 위법사유도 공통된다.

사정이 이와 같다면, 원고가 1차 증액경정처분에 대한 심판청구절차에서 1차 증액경정처분만을 다투겠다는 의사를 표시하였다고 볼만한 자료가 없고, 위법사유가 공통된 경우 당초의 과세처분에 대하여 적법한 전심절차를 거친 이상 원고는 2차, 3차 증액경정처분에 대하여도 다시 전심전차를 거치지 않고 청구취지 변경을 통하여 그 취소를 구할수 있다고 할 것이다. 나아가 원고는 이 사건에서 당초 신고한 세액에 대해서도 취소를 구할 수 있고, 다만 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고세액에 대하여만 불복이 제한될 뿐이다. 따라서 원고가 국세기본법상 전심전차를 거치지 아니하여 부적법하다는 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 사유로 위법하여 취소되어야 한다.

가) 어음의 지급기일은 거래처 내부기준에 따라 정하여지는 것으로 원고가 이 사건 매매대금의 회수를 지연시키는 행위를 한 사실이 없다. 또한 aaaa은 원고의 최대거래처로서 일반거래처와 다른 거래조건이 형성될 수 있으므로 매매대금 채권회수기간이 다른 거래처에 비하여 길다고 하더라도 정당한 사유가 있고, 경제적 합리성이 있는 행위이다. 따라서 피고가 지급이자를 손금불산입하고 인정이자를 익금산입한 것은 위법하다.

또한 피고는 이 사건 매매대금의 회수기간과 관련하여 인정이자를 익금에 산입을 하면서 당좌대출이자율을 시가로 보고 적용하였으나, 당좌대출이자율을 적용할 수 있는 요건에 해당되지 않으므로, 가중평균차임이자율이 시가로서 적용되어야 한다.

나) 원고는 aaaa과 이 사건 부지에 관한 임대차계약 체결시 주변의 시가에 관하여 비교대상을 찾을 수 없어 공시지가에 당좌대출이자율을 곱한 금액으로 임차료 가액을 결정하였다. 원고가 산정한 임차료가 다소 높다고 하더라도 실제 임차료 감정가액과도 큰 차이가 없고, aaaa이 이 사건 부지 바로 옆에 위치하여 운송비와 재고보관비용이 절감되는 점을 고려할 때 경제적 합리성이 인정된다. 반면 피고는 부당행위계산 부인규정의 적용기준이 되는 임차료를 지나치게 과소하게 산정하였다.

2) 피고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 사유로 적법하다.

가) 원고는 2003 사업연도부터 2007 사업연도까지 aaaa에 대한 매출채권 지연회수에 관하여 동일하게 법인세를 추징받은 사실이 있고, 2008 사업연도부터 2010 사업연도까지 aaaa 매출채권 지연회수에 대해 업무 무관 가지급금 지급이자 및 인정이자를 계상하여 자진신고한 사실이 있어 적정회수기일을 초과한 기간의 매출채권이 가지급금으로 전환된 사실을 간접적으로 시인하였다.

원고는 세무조사 당시 aaaa에 대한 매출채권 회수가 지연되는 사정에 관하여 명확하게 소명하지 못하였고, aaaa에 다른 거래처에 비하여 과다하게 혜택을 부여한 것이므로, 매출채권을 지연회수한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고는 채권 회수를 지연함으로써 조세의 부담을 부당하게 감소시켰으므로 그에 대한 지급이자를 손금불산입하고 인정이자를 익금산입한 것은 적법하다.

나) 피고는 원고가 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 규정상의 정기예금이자율(3.4%~4.3%)이 아닌 당좌대출이자율(9%)을 적용하여 임차료를 산출함으로써 적정임차료보다 과다하게 지급한 사실을 확인하였다. 또한 원고는 동일한 조건에서 제3의 거래처라면 쉽게 결정하지 못할 거래를 한 것이므로, 특수관계인인 aaaa에 임차료 과다지급을 통해 자금을 우회 지원한 것이다.

나. 관계 법령

별지 1 기재와 같다.

다. 이 사건 매매대금 채권 회수지연 여부

1) 관련 법리

법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 채권의 회수를 '정당한 사유 없이' 지연시키는 것은 실질적으로 그 채권 상당액이 의무이행기한 내에 전부 회수되었다가 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서 그 미회수 채권 상당액은 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나.목이 규정하는 '업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등'에 해당하여 그에 상당하는 차입금의 지급이자가 손금에 산입되지 않는다.

또한 그와 같은 채권의 회수지연이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 '경제적 합리성이 결여되어' 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 구 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호에 준하는 행위로서 같은 항 제9호의 규정에 의한 부당행위계산 부인에 의하여 그에 대한 인정이자가 익금에 산입된다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조).

2) 인정사실

다툼 없는 사실, 갑 제3, 5, 12, 17, 18, 19, 20호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

가) bb지방국세청장은 2008년경 원고의 2003 내지 2007 사업연도 법인세에 대한 정기세무조사를 실시하여 aaaa에 대한 대금회수를 지연하고 있다고 보았고, 피고는 회수가 지연된 금액을 업무 무관 가지급금으로 보아 지급이자를 손금불산입하고 부당행위계산 부인규정에 따라 인정이자를 익금산입하여 원고에게 법인세를 경정・고지하였다.

나) 원고는 2008~2010 사업연도 법인세 신고시에는 aaaa에 대한 매매대금 중 거래처 평균보다 늦게 회수된 금액에 대한 지급이자와 인정이자를 소득금액에 포함시켰으나 2011 사업연도 법인세 신고시부터는 aaaa에 대한 매매대금에 관하여 세무조정을 하지 않고 법인세를 신고.납부하였다.

다) 원고는 aaaa 등 거래처에 제품을 매출하고 그 대가로 어음을 받아 왔는데, 2011~2012 사업연도의 aaaa 및 다른 거래처들에 대한 어음결제기간은 아래 표 기재와 같다. 2008~2010 사업연도의 경우에도 aaaa에 대한 어음결제기간이 다른 거래처들과의 평균 결제기간보다 길었다.

라) aaaa은 2008년부터 2012년까지 원고의 가장 큰 거래처로서 원고와의 안정적인 거래관계를 유지하고 있다. 이 사건 부지에는 원고의 공장뿐만 아니라 aaaa의 공장도 위치하고 있어 원고가 aaaa에 제품을 공급할 경우 운송비와 재고보관비용이 절감될 수 있다.

마) aaaa에 대한 어음결제기한이 다른 거래처에 대한 평균적인 어음결제기한보다 길지만, aaaa보다 어음결제기간이 더 장기이거나 거의 차이가 나지 않는 거래처도 존재한다.

3) 판단

위 인정사실에다가 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 aaaa에 대하여 다른 거래처들 보다 매매대금 채권 회수를 지연시켰다거나 그 지연에 정당한 사유 내지 경제적 합리성이 결여되었다고 단정할 수 없다.

따라서 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 원고가 정당한 이유 없이 이 사건 매매대금의 회수를 지연하였다고 보아 그에 상당하는 차입금의 지급이자는 손금불산입하고, 부당행위계산 부인대상에 해당한다고 보아 인정이자를 익금산입하였으므로 이는 위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

가) 원고는 제품을 판매할 때 aaaa 뿐만이 아니라 다른 거래처들로부터도 만기가 정해진 어음을 지급받는다. 어음은 지급수단으로서의 기능 뿐만 아니라 어음만기까지 신용을 창조하는 기능도 가지고 있는데, 거래당사자 사이에서 어음으로 매매대금을 지급하기로 약정하였다면 그 만기를 언제로 정할지 여부는 조세부담을 부당하게 경감시킬 목적이 있다거나 사회통념상 경제적 합리성이 없다고 인정되지 않는 이상 거래당사자 사이에서 자유롭게 정할 수 있다고 보아야 한다.

나) 원고가 2008년부터 2012년까지 aaaa으로부터 어음을 결제받은 기간은 평균적으로 100일~120일 범위 내에 있다. 다른 거래처의 경우 짧은 경우는 30일부터 긴 경우는 140일까지 있고, 그 범위 내에서 어음 결제가 이루어져 왔다.

다) 거래당사자 사이에서는 거래규모, 거래기간, 거래당사자의 시장에서의 지위 등 여러 가지 변수에 의하여 거래조건이 변화될 수 있는 것이고, aaaa은 원고의 최대거래처로서 그 거래기간, 거래규모, 거래조건 등에 비추어 볼 때 단순히 어음결제기한이 평균적인 어음결제기한을 다소 초과하였다는 사정만으로 원고가 부당하게 매매대금 채권 회수를 지연시켰다고 보기 어렵다.

라) 피고는 원고가 적정회수기한을 초과하여 매출채권 회수를 지연하였다고 주장하나, 위와 같은 적정회수기한이 평균적인 어음결제기한을 의미하는 것이라면 매 사업연도마다 평균적인 어음결제기한이 달라질 수 있고, 원고가 위와 같은 평균적인 어음결제기한을 미리 예상하여 aaaa에 대한 어음결제기한을 정하도록 제한하는 효과가 발생하게 되어 부당하다.

마) 피고는 원고가 aaaa에 저렴한 조건으로 제품을 판매하고 있는 상태에서 대금결제기한의 이익이라는 혜택까지 부여하는 것은 부당하다는 취지로 주장하나, 거래기간, 거래규모, 거래조건 등을 감안하여 거래처별로 판매단가 뿐만 아니라 대금지급조건에 차등을 두는 것이 일반 사기업의 상관행상 용인될 수 없는 부분이라고 할 수 없을 뿐만 아니라, 다른 업체들에 대한 평균판매가격보다 저렴하게 판매하는 것은 가능하고, 다른 업체들보다 평균적으로 채권 회수를 늦게 하는 것은 허용될 수 없다고 보는 것은 그 기준이 자의적이라고 볼 수 밖에 없다.

바) 또한 aaaa은 원고 이외에도 다른 업체들과 계속적 거래를 하고 있는 회사로서 aaaa 자체에서 설정한 거래처들에 대한 대금결제기한이 있다면 제3자인 원고가 어음을 사용하는 거래과정에서 임의로 위 대금결제기한보다 조기에 대금을결제받는 것을 기대하는 것이 어려울 수도 있다.

라. 이 사건 부지 임차료 산정의 적부

1) 관련 법리

법인세법 제52조의 부당행위계산의 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조).

"구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제7호는 법인세법 제52조 제1항의 '조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우'의 하나로 '금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 대부하거나 제공받은 경우'를 들고 있고, 법인세법 제52조 제2항, 제4항, 구 법인세법 시행령 제89조 제1항은, 법인이 특수관계에 있는 자에게 시가보다 높은 대가를 지급하고 용역을 제공받은 경우에 해당하는지 여부의 기준이 되는 용역의시가'는 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 의한다고 규정하고 있으며, 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항에 의한 감정가액 등에 의할 수 있다고 규정하고 있다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 참조).",한편, 부당행위계산부인의 적용 기준이 되는 '시가'에 관한 입증책임은 부당행위계산부인을 주장하는 과세관청에게 있다고 할 것이다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조). 그리고 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과.고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이므로 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로 그 부분을 취소하여야 하고(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 등 참조), 과세처분 취소소송의 처분의 적법 여부는 과세액이 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 전부를 취소할 것이 아니다(대법원 1991. 4. 12. 선고 90누8459 판결, 대법원 2012. 7. 26. 선고 2012두 7196 판결 등 참조).

2) 인정사실

다툼 없는 사실, 갑 제4, 6, 14, 15호증의 각 기재, 감정인 jjj에 대한 감정촉탁결과에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

가) 이 사건 부지의 임대차계약 체결 현황은 다음과 같다.

나) 이 사건 부지는 원고가 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래한 가격이 없어 그 시가가 불분명하였다.

다) 원고는 이 사건 부지의 임차료를 산정할 당시 개별공시지가에 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 규정상의 정기예금이자율이 아닌 당좌대출이자율(9%)을 적용하여 임차료를 산출하였다.

라) 피고는 이 사건 부지의 시가(임차료)가 불분명하다는 이유로 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액(해당토지의 공시지가 × 50% × 정기예금이자율 3.4%~4.3%)을 시가로 보아 그 초과액을 손금불산입하였다.

마) 원고는 2014년경 감정평가법인(주식회사 나라감정평가법인, 주식회사 대한감정평가법인)에게 bb공장 부지에 관하여 2014. 4. 9.을 기준시점으로 하는 차임 감정을 의뢰하였고, bb공장 부지의 연 임차료는 각각 99,337,000원과 102,960,000원으로 평가되었다.

바) 감정인 jjj의 차임감정결과(이하 '이 사건 감정'이라 한다)에 의하면, 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지의 이 사건 부지의 적정임차료는 bb공장 부지는

94,275,000원, ii공장 부지는 62,122,000원이다.

사) 원고는 2014. 4. 2.경 위 감정평가법인에 ii공장 부지의 토지가액에 대한 감정을 의뢰하였고, 2014. 4. 9.을 기준시점으로 하여 ii공장 부지의 토지가액은 각각 151,000원/㎡(1,534,009,000원), 157,000원/㎡(1,594,963,000원)으로 평가되었다.

3) 판단

가) 법인세법 제52조 제2항은 '제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율・이자율・임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함 하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다'고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제89조는 사례가액, 감정평가액을 적용할 수 없는 경우 제4항에서 '유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액'을 시가로 한다고 규정하고 있다.

나) 살피건대, 위 인정사실에다가 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 부지를 시가보다 높은 임차료로 제공받아 조세의 부담을 부당하게 감소시켰다고 봄이 타당하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 원고가 aaaa에 지급한 이 사건 부지에 대한 차임은 연 111,196,800원(bb공장 부지), 86,856,000원 내지 83,760,000원(ii공장 부지)인데, 이 사건 감정가액을 기준으로 볼 때, 그 가액 차이가 bb공장 부지는 15%, ii공장 부지는 약 26% 내지 28%의 차이가 생긴다.

(2) 이는 법인세법 시행령 제88조 제1항 및 제3항에서 규정하고 있는 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 기준인 '시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우'를 상회하는 금액이다. 원고가 2014. 4. 9. 기준으로 의뢰한 차임감정에 의하여 산출된 임차료와 비교하더라도 상회하는 것은 마찬가지이다.

(3) 이 사건 부지를 임차하는 유사한 상황에서 특수관계인 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 알 수 있는 자료가 없고, 이 사건 부지 임차료의 감정평가액과 원고가 지급한 이 사건 부지 임차료의 차이도 상당하다.

(4) 원고는 이 사건 부지가 가장 큰 거래처인 aaaa에 위치함으로써 운송비 절감 등의 효과가 있고, 이 사건 부지를 임차하여야 할 경영상 필요가 크게 존재하였다고 주장한다. 그러나 원고는 이 사건 부지 임차료를 산정함에 있어 사례가액이나 감정평가액이 존재하지 않아 보충적 평가 방법의 일환으로 개별공시지가에 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 규정상의 정기예금이자율이 아닌 당좌대출이자율 (9%)을 적용하여 임차료를 산출하였는데, 당좌대출이자율을 적용해야 할 합리적인 근거가 없다.

또한 원고가 aaaa이 원고의 큰 거래처이고 운송비 등이 절감되어 시가 보다 높은 임차료를 지급하였다고 하더라도 동일한 조건에서 제3의 거래처와의 임대차 계약이었을 경우를 상정하면 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 경제적 합리성이 결여된 것으로 봄이 상당하다.

다) 그러나 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 피고가 보충적 평가방법에 의하여 산정한 이 사건 부지의 임차료는 이 사건 부지의 사용가치를 반영하지 못하고 있으므로, 객관적이고 합리적이라고 볼 수 없고, 이 사건 감정에 따라 시가를 계산하여야 한다.

(가) 피고는 이 사건 부지의 공시지가 × 50% × 정기예금이자율 (3.4%~4.3%)에 해당하는 금액을 시가로 보았는데, 연 임차료를 계산하면 bb공장 부지의 경우 약 2,900만 원에서 4,500만 원 사이이고, ii공장 부지는 약 1,600만 원에서 2,500만 원 사이이다. 피고가 산정한 금액은 이 사건 감정 결과와 비교하여 bb공장 부지는 약 31%에서 48%에 해당하고, ii공장 부지는 약 26%에서 40%에 불과하다.

(나) 원고가 이 사건 부지를 임차하는 유사한 상황에서 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 알 수 있는 자료가 없으므로, 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 기하여 이 사건 감정가액에 따라 시가를 객관적으로 산정할 수 있다.

(다) 이 사건 감정은 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지의 이 사건 부지의 임차료를 감정한 것이고, 이 사건 부지의 현황이 그 이전이나 이후 변동되었음을 인정할 자료가 없어 이 사건 부지의 2008년, 2009년, 2011년, 2012년 임차료도 이 사건 감정과 동일할 것으로 추인되므로, 이 사건 감정에서 평가된 임차료를 이 사건 부지의 적정임차료로 인정함이 상당하다. 따라서 이 사건 2008 내지 2012 사업연도의 이 사건 부지의 적정 임차료는 연 156,397,000원(= 94,275,000원 + 62,122,000원)이다.

마. 정당한 세액

갑 제9, 10, 19호증, 을 제11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면,

정당한 세액은 별지 2 기재 표의 '정당세액'란 기재와 같다. 다만 앞서 본 바와 같이 2008, 2009 사업연도의 법인세 중 경정청구기간의 경과로 확정된 당초 신고세액인 902,781,721원, 1,313,045,255원에 대하여는 취소를 구할 수 없으므로, 2008, 2009 사업연도의 법인세는 위 확정된 부분을 제외한 각 51,695,460원, 135,766,093원의 부과처분이 취소되어야 한다.

바. 소결론

따라서 피고가 원고에 대하여 한, 2014. 2. 3.자 2008 사업연도 법인세(가산세 포함) 954,477,181원의 부과처분 중 902,781,721원을 초과하는 부분, 2014. 12. 1.자 2009 사업연도 법인세(가산세 포함) 1,448,811,348원의 부과처분 중 1,313,045,255원을 초과하는 부분, 2010 사업연도 법인세(가산세 포함) 3,836,064,922원의 부과처분 중 3,726,455,570원을 초과하는 부분, 2012 사업연도 법인세(가산세 포함) 2,573,518,669원의 부과처분 중 2,444,328,649원을 초과하는 부분, 2015. 5. 4.자 2011 사업연도 법인세(가산세 포함) 18,080,305,008원의 부과처분 중 17,893,231,163원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.