1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 컴퓨터 및 주변기기 제조업과 도소매업을 영위하는 주식회사이다.

원고는 2013. 9. 30. B로부터 공급가액 501,521,000원, C로부터 공급가액 505,008,000원의 각 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 각 매입세금계산서’라 한다)를 수취하고, 같은 날 주식회사 D(이하 ‘D’이라 한다)에 공급가액 1,024,121,000원의 매출세금계산서(이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 발급하였다.

나. 원고는 2013. 10. 25. 이 사건 각 매입세금계산서와 이 사건 매출세금계산서의 공급가액 상당액을 매출 및 매입세액에 포함하여 2013년 제2기 부가가치세 예정신고(2013. 7. 1.부터 2013. 9. 30.에 해당하는 부가가치세에 관한 것이다)를 하였고, 2014. 1. 23. 2013년 제2기 부가가치세 확정신고(2013. 10. 1.부터 2013. 12. 31.까지에 해당하는 부가가치세에 관한 것이다)를 하고 14,639,368원을 납부하였다.

다. 피고는 2014. 2. 24. ‘원고가 2013년 제2기에 실물 거래 없이 C 및 B로부터 거짓 매입세금계산서를 수수하고, 재화 및 용역을 공급하지 아니하고 D에 거짓 매출세금계산서를 발행하였다’라는 이유로 매출세액을 102,409,798원 줄이고 매입세액을 100,652,000원 줄이며 가공세금계산서 수수에 따른 가산세 40,613,000원[{이 사건 매출세금계산서 공급가액 1,024,121,000원 이 사건 각 매입세금계산서 공급가액 1,006,529,000원(501,521,000원 505,008,000원)} × 2%]을 더하는 2013년 제2기 부가가치세 경정결정을 하고(이하 위 경정결정 중 가산세 부과 부분을 '이 사건 처분‘이라 한다), 원고에게 2,200,947원[(환급세액 28,117,579원 공제세액 57,000원) - (가산세 40,613,000원 - 기납부세액 14,639,368원)]을 환급하였다. 라.

원고는 이에 불복하여 2014. 5. 9. 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2014. 7. 22....