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주문
1. 피고가 2017. 1. 13. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 160,445,650원의 부과처분을 취소한다...
이유
1. 처분의 경위
가. 원고와 B의 지위 1) 원고는 2000. 2. 26. 설립되어 위생용 종이의 제조판매업을 목적으로 하는 회사로 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 사업연도로 한다. 2) B 주식회사(이하 ‘B’이라 한다)는 2010 사업연도 매출액이 처음으로 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 위 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 2010 사업연도와 그 다음 3개 과세연도인 2011, 2012, 2013 사업연도까지 중소기업 유예기간의 적용을 받게 되었다.
나. 중소기업기본법 시행령과 조세특례제한법 시행령의 개정 경과 1) 조세특례제한법 시행령의 중소기업 요건은 중소기업기본법 시행령을 준용하고 있는데, 중소기업기본법 시행령은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면서 제3조 제2호에서 중소기업의 실질적인 독립성의 요건으로 ㈐목을 추가하여 ‘관계회사’(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되면서 명칭이 관계기업으로 변경되었다,
이하 ‘관계기업’이라 한다
)에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되면서 제7조의4로 이동하였다
)에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액이 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것‘을 규정하였고, 그 부칙 제1조 제1호는 제3조 제2호 ㈐목의 개정규정은 2011. 1. 1.부터 시행하도록 하였다. 2) 이후 조세특례제한법 시행령이 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되면서 제2조 제1항 제3호 전단에서 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 ㈎목부터 ㈐목까지의 규정에 적합할 것'을...