주문
1. 피고가 2012. 12. 14. 원고에 대하여 한,
가. 취득세 2,225,892,820원(가산세 포함)의 부과처분 중...
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 석탄 가공 및 판매사업, 주유소 및 가스충전소 등 석유가스류 유통사업, 에너지 기기 개발사업 및 해외유전개발사업 등을 주된 사업목적으로 하는 법인이다.
나. 원고는 2011년경 서울 구로구 신도림동 692 토지 지상에 ① 주거용 건축물인 공동주택(120,062,081㎡, 사용승인일: 2011. 7. 18.)과 ② 업무시설(사무실, 40,042㎡), 숙박시설(호텔, 51,091.57㎡), 1종 근린생활시설(2,347.04㎡), 문화시설(아트센터, 20,063.03㎡) 및 판매시설(백화점, 116,445.05㎡)로 구성된 비주거용 복합건축물(229,988.69㎡, 사용승인일: 2011. 8. 4., 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 각 신축하였다.
다. 원고는 2011. 8. 17. 피고에게 이 사건 건물의 총 연면적 229,988.69㎡ 중 5,170.98㎡(업무시설 40,042㎡ 중 3,798.58㎡, 호텔 51,091.57㎡ 중 817.78㎡, 백화점 116,445.05㎡ 중 377.76㎡ 및 기타 176.86㎡) 부분에 대해서는 본점 사업용 부동산으로 신고하면서 취득세 중과세율을, 나머지 부분에 대해서는 일반세율을 각 적용하여 산출한 취득세, 농어촌특별세 및 지방교육세(이하 통칭할 경우 ‘취득세 등’이라 한다) 합계 16,475,543,800원을 신고납부하였다
(원고는 이 사건 건물 전체 가액을 기초로 안분하는 방법이 아니라 시설별로 구별하여 투입하였다고 주장하는 비용을 기준으로 해당 취득세 등 과세표준을 산정하였다). 라.
서울특별시장은 2012. 6. 19.부터 같은 달 21.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 2012. 9. 17. 피고에게 이 사건 건물에 관한 취득세 과세표준 누락분 등의 세무조사결과를 통보하였다.
마. 이에 따라 피고는 ① 원고가 지출한 백화점 및 호텔의 운영시스템구축비용 등과 건설자금 이자 등은 이 사건 건물 및 주거용 건축물의 취득세 과세표준에 포함되어야 하고...