1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 이 사건 처분의 경위

가. 원고는 2010. 6. 14. JDC 제주국제자유도시개발센터(이하 'JDC'라 한다)에 그 소유의 제주시 B 목장용지 447,486㎡ 중 347,486/447,486 지분(이하 ‘이 사건 1 토지‘라 한다)을 6,081,005,000원에 매도하고, 2010. 6. 21. JDC에 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

나. 원고는 2010. 6. 18. C영농조합법인(이하 ‘이 사건 조합법인‘이라 한다)에 그 소유의 제주시 D 목장용지 150,998㎡ 중 85,998/150,998 지분 및 E 목장용지 73,091㎡(이하 위 150,998㎡ 중 85,998/150,998 지분을 ’이 사건 2 토지‘, 위 73,091㎡를 ’이 사건 3 토지’라 한다)를 출자가액 합계 4,566,290,000원에 각 현물출자하고, 각 2010. 6. 24. 이 사건 조합법인에 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

다. 원고는 2010. 8. 31. 이 사건 1, 2, 3 토지에 대한 양도소득세를 신고하면서 이 사건 2, 3 토지에 관한 양도소득세1,001,002,276원은 농업인이 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생한 소득이라는 이유로 면제신청을 하였다

라. 피고는 2012. 1. 10., 이 사건 조합법인에는 농업인이 아닌 자가 조합원으로 등재되어 있고, 이 사건 조합법인이 양도소득세를 회피할 목적으로 설립되었다는 이유로 위 면제신청을 부인하고 원고에게 가산세를 포함하여 양도소득세 1,149,951,410원을 부과(이하 ‘이 사건 처분‘이라 한다)하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2012. 4. 23. 이의신청을 거쳐 2012. 8. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2012. 11. 13. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 7호증, 을 제1, 2호증(가지번호가 있는 경우에는 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법성

가. 원고의 주장 이 사건 조합법인은 2010. 6. 18....