1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 주권비상장법인인 주식회사 B(아하 ‘B’라고만 한다)의 발행주식 20,000주 전부를 소유한 B의 1인 주주였다.

나. 원고는 2016. 8. 22. 원고 소유의 B의 발행주식 10,200주(지분율 51%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 주식회사 C(이하 ‘양수법인’이라 한다)에 대금 20억 4,000만 원에 양도하는 계약을 체결(이하 ‘1차 계약’이라 한다)하였다. 원고는 2016. 8. 25. 양수법인과 사이에 1차 계약의 대금 20억 4,000만 원을 주식의 대금 2억 400만 원과 경영권 프리미엄의 대금 18억 3,600만 원으로 구분하고 대금지급기일을 조정하는 내용의 계약을 추가로 체결하였다. 다. 그 후 원고는 2016. 9. 12. 나머지 원고 소유의 B 주식 9,800주를 양수법인에 29억 5,400만 원에 양도하는 계약을 체결(이하 ‘2차 계약’이라 한다)하였다.

원고는 2016. 9. 13. 양수법인과 사이에 2차 계약의 대금 29억 5,400만 원을 주식의 대금 1억 9,600만 원과 경영권 프리미엄의 대금 27억 5,800만 원으로 구분하고, 대금지급기일을 조정하는 내용의 계약을 추가로 체결하였다. 라.

원고는 2016. 11. 30. 피고에게 1차 및 2차 계약으로 양도한 B 주식의 양도에 대하여 양도소득세 978,300,000원 및 증권거래세 24,970,000원을 예정신고하였다.

마. 그런데 양수법인이 2차 계약의 잔금을 지급하지 않아 2차 계약이 2017. 2. 28. 합의해제 되었고, 원고는 2017. 3. 17. 피고에게 2차 계약이 합의해제되었음을 이유로 2차 계약의 거래가액 29억 5,400만 원을 양도가액에서 제외하여 양도소득세 및 증권거래세의 감액을 구하는 경정청구를 하였다.

이에 피고는 2017. 6. 15. 원고의 위 경정청구를 받아들여 2016년 귀속 양도소득세를 395,260,000원으로, 2016년 3분기 증권거래세를 10,200,000원으로 감액 경정하였다.

바...