조심-2015-서울청-1276 (2015.12.07)

주요경비의 존재를 객관적인 증빙에 의하여 증명하지 않고 통계에 의한 평균치나 추정치로 증명하는 것은 원칙적으로 허용되지 않음

기준경비율제도 하에서는 주요경비의 존재를 객관적인 증빙에 의하여 증명하지 않고 통계에 의한 평균치나 추정치로 증명하는 것은 원칙적으로 허용되지 않음

소득세법 시행령 제143조추계결정 및 경정

서울행정법원-2016-구합-51316 종합소득세부과처분취소

유AA

ss세무서장

2018. 6. 21

1. 피고가 2014. 7. 1. 원고에게 한 2009년 귀속 종합소득세 974,539,310원 부과처분(가산세 포함)중 969,527,639원을 초과하는 부분, 2010년 귀속 종합소득세 1,844,030,050원 부과처분(가산세 포함) 중 1,815,795,490원을 초과하는 부분, 2011년 귀속 종합소득세 2,724,817,110원 부과처분(가산세 포함) 중 2,643,166,261원을 초과하는 부분, 2012년 귀속 종합소득세 134,398,700원 부과처분(가산세 포함) 중 108,375,268원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2014. 7. 1. 원고에게 한, 2009년 귀속 종합소득세 974,539,310원, 2010년 귀속종합소득세 1,844,030,050원, 2011년 귀속 종합소득세 2,724,817,110원, 2012년 귀속 종합소득세 134,398,700원의 각 부과처분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 3. 5.부터 현재까지 OO OO구 OO대로에서 양악수술을 전문으로 하는 치과의원인 'bb치과'(이하 '이 사건 병원'이라 한다)를 운영하고 있다.

나. OO지방국세청은 2011. 12. 27.부터 2012. 2. 14.까지 원고의 2008년 내지 2010년 귀속 종합소득세에 대한 세무조사(이하 '1차 세무조사'라 한다)를 실시하여 원고가수입금액을 누락한 사실을 확인하고 그 무렵 원고에게 종합소득세를 경정・고지하였다.

다. 이후 2013년 6월경 원고가 주CC 명의의 차명계좌를 사용하고 있다는 제보('이 사건 탈세제보'라 한다)가 피고에게 접수되었다. 이에 피고의 직원들은 구 조사사무처리규정(국세청훈령 제1945호, 2012. 6. 29. 개정)에 따른 현지확인1) 계획(대상기간 2013. 12. 9.부터 2013. 12. 13.까지)을 세우고, 위 대상기간 무렵 원고의 세무대리인으로부터 주CC 명의의 계좌와 관련된 거래내역을 제출받았다(이하 '이 사건 현지확인'이라 한다).

라. 원고는 2013. 12. 24. 피고에게 중복조사금지 원칙에 위배된다며 세무조사 중지를 요청하였으나, 피고는 2013. 12. 27. 원고에게 재조사가 예외적으로 허용되는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 있는 경우에 해당한다는 이유로 위 요청을 받아들일 수 없다는 취지를 통지하고, 세무조사 사전통지를 거쳐 2014. 3. 13.부터 2014. 6. 9.까지(2014. 6. 2. 조세범칙조사로 전환되었다) 원고의 2008년 내지 2012년 귀속 종합소득세에 대한 세무조사(이하 '이 사건 세무조사'라 한다)를 실시하였다.

마. 피고는 이 사건 세무조사를 통해, 원고가 이 사건 차명계좌를 이용하여 누락한 수입금액을 2009년 2,092,100,000원, 2010년 3,801,150,900원, 2011년 4,907,642,143원, 2012년 305,200,000원(1차 조사와 중복된 금액을 제외한 것이다)으로 확정하고, 과세표준을 계산함에 있어 장부의 중요한 부분이 허위 또는 미비한 것으로 보아, 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24365호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제143조에 따라 소득금액을 추계하여, 2014. 7. 9. 원고에게, 추가로 2009년 귀속 종합소득세 974,539,310원, 2010년 귀속 종합소득세 1,844,030,050원, 2011년 귀속 종합소득세 2,724,817,110원, 2012년 귀속 종합소득세 134,398,700원(각 가산세 포함)을 각 경정・고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2015. 2. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015. 12. 7. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 15, 16, 20, 21호증, 을 제1, 4, 9, 10호증(각가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 위법한 세무조사라는 주장

이 사건 세무조사가 1차 세무조사 또는 이 사건 현지확인과의 관계에서 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당하여 그에 기초한 이 사건 처분은 위법하다. 즉, ① 이 사건 현지확인은 피고가 원고에게 세무조사를 할 것임을 사전에 통지하고 구체적으로 이 사건 차명계좌의 제출을 요구하여 위 계좌 정보를 제출받은 점 등에 비추어, 단순한 사실관계의 확인을 넘어 재조사가 금지되는 세무조사를 실시한 것으로 보아야 한다. ② 이 사건 현지확인이 실질적으로 세무조사에 해당하지 않는다고 하더라도, 피고가 이 사건 현지확인에서 이 사건 차명계좌를 발견하지 못하였다면 조세탈루 혐의를 인정할 명백한 자료가 없이 이 사건 세무조사를 실시한 것이 되고, 이 사건 차명계좌를 발견하였다고 하더라도 그것만으로 소득의 은닉 여부를 알 수 없어 이 사건 세무조사를 실시하였다는 것이므로 이 경우에도 조세탈루 혐의를 인정할 명백한 자료가 없이 이 사건 세무조사를 실시한 것이 된다. 따라서 이 사건 세무조사는 어느모로 보나 예외사유가 인정되지 않음에도 이루어진 위법한 재조사에 해당한다.

2) 인건비 및 재료비를 필요경비로 공제하지 않은 위법이 있다는 주장

이 사건 처분이 위법한 중복 세무조사에 기초한 처분이 아니라고 하더라도, 이 사건 처분에는 소득금액 산정 시에 원고가 고용의사와 간호사, 위생사들에게 지급한 인건비(2009년 1,134,500,000원, 2010년 1,845,500,000원, 2011년 2,595,500,000원, 2012년 425,000,000원, 구체적인 내역은 별지 1 해당란 기재와 같다) 및 양악수술을 시행하는데 필수적으로 소요되는 재료비(2009년 325,928,274원, 2010년 605,027,773원, 2011년 912,224,537원, 2012년 52,448,228원, 구체적인 내역은 별지 1 해당란 기재와 같다)를 필요경비로 공제하지 않아 세액이 지나치게 과다하게 산정된 위법이 있다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 세무조사의 위법 여부

1) 기본 법리

구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제81조의4 제2항은 "세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다."고 규정하면서, 그 각 호에서 예외적으로 재조사가 허용되는 사유로서 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'(제1호) 등을 들고 있다. 그리고 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 위반하여 같은 세목 및 과세기간에 대하여 중복하여 실시한 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다고 보아야 한다(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결 등 참조).

2) 인정사실

가) 피고는 1차 세무조사 이후 2013년 6월경 원고가 차명계좌 {명의자: 주CC,

계좌번호: dd은행 517101-01-OOOOO), 이하 '이 사건 차명계좌'라 한다}를 사용하고 있다는 이 사건 탈세제보를 접수받았는데, 이 사건 제보자는 이 사건 병원에서 2010년 양악수술을 받기로 하고 이 사건 차명계좌에 수술 대금을 입금한 사람으로서, 본인의 실명과 함께 이 사건 차명계좌로 거래한 거래일자와 거래금액을 특정하고, 입금내역서를 증빙자료로 첨부하였다.

나) 피고의 직원들은 이 사건 탈세제보에 관한 사실 확인을 위하여 현지확인계획(대상기간 2013. 12. 9.부터 2013. 12. 13.까지)을 결재 받은 다음, 원고에게 전화로주CC 명의의 계좌와 관련된 자료를 제출할 것을 요구하였다. 원고의 세무대리인은 피고의 직원들 사무실을 직접 방문하여 원고가 고용한 의사인 주CC 명의 계좌의 거래내역을 제출하였다.

다) 피고는 원고의 세무대리인이 제출한 자료가 이 사건 차명계좌와 관련된 것이 아니고, 1차 세무조사는 주로 진료차트를 기준으로 원고 명의의 계좌로 입금된 현금수입금액의 누락분을 적출하여 진행된 것임을 확인한 뒤, 원고에 대하여 다시 세무조사를 하기로 결정하여 이 사건 세무조사를 실시하였다.

[인정근거] 일부 다툼 없는 사실, 갑 제21호증, 을 제9, 10호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 이 사건 현지확인이 실질적으로 세무조사에 해당하는지 여부

가) 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부ㆍ서류 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말한다. 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 '납세자 등'이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담하고, 이러한 질문ㆍ조사에 대하여 거짓으로 진술하거나 그 직무집행을 거부 또는 기피하면 조세범처벌법 제17조에 따른 과태료가 부과되며, 세무조사 과정에서 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 침해할 가능성이 항상 존재하므로, 세무조사는 기본적으로 권력적 행위의 성질을 가진다. 따라서 국세기본법 제81조의4는 '세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.'는 규정을 두고 있고, 같은 법 제81조의7은 납세자의 방어권 보장을 위하여 세무조사를 사전에 통지하도록 규정하고 있으며, 같은법 제81조의9는 대통령령으로 정하는 사유가 없는 한 세무조사 진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없도록 하고 만약 범위를 확대하는 경우에는 이를 납세자에게 통지하도록 규정하는 등 납세자의 권익을 보호하기 위한 여러 규정을 두고 있다.

위와 같은 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 조사사무처리규정에서 정한 '현지확인'의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자(이하 '납세자 등'이라 한다)로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당한다고 볼 것은 아니다. 그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적인 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8630 판결 참조).

나) 위 법리에 비추어 이 사안을 보건대, 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 피고가 국세청 훈령이 조사사무처리규정에 따라 내부적으로 '현지 확인'의 형식을 갖추어 이 사건 현지확인을 계획한 점, ② 이는 과세표준과 세액을 결정 또는 결정하기 위한 것이 아니라 이 사건 탈세제보의 신빙성을 확인하기 위한 것이었던 점(아래에서 보는 바와 같이 이 사건 탈세제보에 재조사가 허용될 정도의 객관성과 합리성이 인정되는지 여부와 피고가 이 사건 탈세제보의 신빙성을 확인하고자 이 사건 현지확인을 계획한 것은 별개의 문제이다. 즉, 이 사건 탈세제보에 객관성과 합리성이 인정되더라도 피고는 바로 세무조사를 실시하지 않고 현지확인을 계획할 수 있으므로, 현지확인을 계획하였다고 하여 이 사건 탈세제보가 세무조사를 실시할 수 있을 정도로 조세탈루 혐의를 인정할 명백한 자료로서의 요건을 갖추지 못하였다고 볼 것은 아니다), ③ 피고는 원고에게 주CC 명의 계좌와 관련된 거래내역의 제출을 요구하였을 뿐으로 이는 납세자 등이 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대될 뿐만 아니라 납세자의 영업의 자유 등에도 영향이 없는 점, ④ 피고는 피고의 사무실에서 원고의 세무대리인이 임의로 제출한 자료를 수령하였을 뿐, 달리 이 사건 병원을 방문하여 장부나 증빙서류 등 과세근거자료를 조사・수집하거나 원고 또는 원고와 거래가 있다고 인정되는 자에게 질문 등의 행위를 한 바도 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 현지확인은 단순한 사실관계의 확인을 위하여 실시된 것으로 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당한다고 볼 수 없다.

4) 예외적으로 재조사가 허용되는 경우인지 여부

가) 재조사를 금지하는 규정과 그 취지에 비추어 볼 때, 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라 함은 조세탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 말한다(2012. 11. 29. 선고 대법원 2010두19294 판결 등 참조).

나) 위 법리와 앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ①이 사건 탈세제보자는 실제로 이 사건 병원에서 양악수술을 받기로 하고 이 사건 차명계좌에 수술 대금을 입금한 사람인 점, ② 이 사건 탈세제보에 차명계좌번호, 거래일자, 거래금액이 구체적으로 적시되어 있고 증빙자료인 거래내역서도 첨부되어 있는 점, ③ 이 사건 차명계좌는 1차 세무조사 시 획득한 자료가 아니었고, 실제로 이 사건 탈세제보에 의하여 이 사건 차명계좌를 통한 수입금액 누락사실이 적발되어 이 사건 탈세제보의 내용이 사실로 확인된 점 등에 비추어 보면, 이 사건 탈세제보를 이유로 한 이 사건 세무조사는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 기하여 이루어진 세무조사로서 재조사금지의 원칙에 위반되지 않는다고 봄이 타당하다.

5) 소결론

이 사건 현지확인은 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하지 않고, 이 사건 세무조사는 1차 세무조사 이후 조세탈루의 혐의를 인정할 명백한 자료인 이 사건 탈세제보에 의하여 이루어진 세무조사로서 재조사금지의 원칙에 위반되지 않는다.

라. 세액 산정의 위법 여부

1) 관련 법리

구 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조제3항에 의하면 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 하며, 다만 대통령령이 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. 구 소득세법 시행령 제143조 제1항은 추계조사결정을 할 수 있는 사유로 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우를 규정하고, 같은 조 제3항 제1호는 추계결정을 하는 방법으로 수입금액에서 '매입비용과 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액, 종업원의 급여 등으로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액, 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액'을 공제하는 방법을 규정하고 있다.

과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

2) 인정사실

가) 피고는 아래 표 기재와 같이, 이 사건 차명계좌를 이용하여 누락한 수입금액을 확정하고, 신고한 매입비용, 인건비, 임차료 및 1차 세무조사 시 인정된 매입비용, 인건비를 주요경비로 보고 여기에다 '수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액'을 합하여 이를 최종적인 필요경비로 추계한 다음, 최종 경정수입금액에서 추계한 필요경비를 공제하여 각 연도의 귀속 소득금액을 결정하였다.

- 표 생략 -

나) 원고는 이 사건 세무조사 당시 주CC, 오EE, 이FF, 신GG, 최HH, 김II, 김JJ에게 합계 20억 4,700만원의 소개수수료를, 주CC, 오EE, 최KK, 이LL, 신GG, 김MM, 나NN, 금OO, 최HH, 김II, 김JJ, 나PP에게 합계 47억 2,300만 원의 인건비를 각각 지급하였다고 주장하면서 그와 같은 취지로 기재된 위 사람들 명의의 확인서(을 제2, 3호증)를 제출하였다. 한편, 원고는 이의신청 절차에서부터 이 법정에 이르기까지 위 소개수수료의 지급을 부인하되 인건비의 지급액을 증액하고, 김JJ에 대한 급여는 기신고를 이유로 제외하되 김QQ에 대한 인건비 1억 5,200만원을 추가하여, 별지1 '원고 주장 추가 인건비 내역' 기재와 같이 총 60억 500만 원의 부외인건비를 주장하면서, 이에 부합하는 내용의 위 사람들 명의의 확인서(갑 제3호증)를 제출하였다(다만, 박RR, 김QQ의 확인서는 존재하지 않는다). 또한, 원고는 이의신청 및 조세심판 절차에서 주로 2014년 거래명세서를 기준으로 수술 1건당 재료비 1,927,430원이 소요됨을 알 수 있다는 이유로, 위 재료비 상당액에 누락 수입금액에 대응하여 원고의 양악수술 1건당 수술금액 1,100만 원을 기준으로 산출한 누락 수술환자수를 곱하여 2009년 318,762,820원, 2010년 560,809,349원, 2011년938,658,410원, 2012년 53,968,040원 등 합계 1,872,198,619원의 부외재료비를 인정해야 한다고 주장하였다. 원고는 이 사건 소송절차에서 아래와 같이 양악수술을 시행하고 있는 병원 등에 대한 사실조회결과를 이유로 수술 1건당 재료비 1,873,151원에 원고가 계산한 누락 수술환자수를 곱하여 별지 1 '원고 주장 추가 재료비 내역' 기재와 같이 합계 1,895,628,812원의 부외재료비를 인정해야 한다고 주장하고 있다.

다) 피고와 조세심판원은 원고가 새로 제출한 확인서(갑 제3호증)에 기재된 인건비 액수가 타 근무처 급여 대비 277% 내지 1,680%에 이르러 사회통념상 인정하기 어려울 정도로 상당한 고액이고, 구체적인 거래증빙 등이 존재하지 아니하여, 원고 주장과 같은 부외인건비 및 부외재료비가 지급되었는지 객관적으로 확인된다고 보기 어렵다는 이유로, 인건비 및 재료비 공제 주장을 받아들이지 아니하였다.

라) 한편, 이 사건 각 처분의 종합소득세 포탈과 관련하여 원고에 대한 조세범처벌법위반 등에 관한 형사재판(서울중앙지방법원 ****고합1201호)이 진행 중인데, 검사는 최KK, 이FF, 금OO, 신GG에게 확인서 작성경위 등을 문의하고, 이 사건 차명계좌에서 출금된 수표들 중 최KK, 주CC, 이FF, 강TT, 이LL 등이 사용한 것이 다수 있음을 확인한 뒤, 이들의 소득 신고내역과 계좌 입출금 내역을 비교한 결과 이들에게 지급된 미신고 급여가 있다고 보아, 부외인건비 합계 58억 4,650만 원(원고 주장 부외인건비 중 김QQ 부분을 제외한 금액이다)을 주요비용으로 인정하여 이를 공제하고 포탈세액을 산정하여 기소하였다.

위 형사재판 절차에서는 대한치과의사협회에 양악수술에 소요되는 재료와 재료비 등에 대하여 사실조회를 하였는데, 위 협회장은 양악수술 과정은 환자 상태, 수술 방법,마취 방법, 병원 시설 및 규모에 따라 차이가 있어 소모되는 재료를 동일하게 적용하기 어렵고, 재료비는 의료기기를 적용하는 회사에 따라, 병원의 입원시설 및 환경에 따라 다양하게 산정되므로 구체적인 비용을 정확하게 산정하기 어렵다는 취지로 회신하였다.

마) 이 법원의 재료비와 관련한 사실조회에 대하여, ① OO대학교 치과대학병원장은 원내처방과 원외처방 구분이 개인병원과 차이가 있어 원고의 경우와 재료비를 추산하여 비교하기는 어렵고, 원고의 양악수술 단계에 소요되는 재료는 위 병원과 다소 차이는 있지만 유사한 재료들이 사용된 것으로 인정할 수 있으며, 각 항목의 재료비도 합당한 것으로 생각된다고 회신하였고, ② OO대학교 OO병원장은, 원고가 제시한 재료 리스트와 비용 중 불필요한 것은 없는 것으로 생각된다고 회신하였으며, ③ OO대학교 치과병원장은, 재료비는 같은 재료라 하더라도 회사마다 다를 수 있고, 대학병원과 같이 대량으로 구매할 때와 개인의원에 소량으로 구매할 때의 재료비용은 차이가 날 수 있으며, 사용량 또한 수술과정, 수술시간, 입원기간에 따라 다를 수 있고, 2012년도 중 임의의 시기에 위 병원에 입원하여 수술을 받은 50명의 환자에게서 발생한 재료비의 최소 금액은 1,836,695원, 최대 금액은 3,772,001원이라고 회신하였다.

한편 원고는 이 사건 소송절차에서, 미신고된 2011년도 재료비 지출내역의 증거자료로, 김UU(vv세탁)에게 매달 1,200,000원씩 합계 14,400,000원, 이WW(xx메디칼)에게 합계 27,239,453원, 김YY(z메디칼)에게 6,955,000원을 각 송금한 거래내역서(갑 제8호증의 2), 2011. 10. 31. 한국OO 주식회사에 51,921,000원을 송금한 거래내역서(갑 제8호증의 1)를 제출하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 5, 7 내지 8, 13, 14, 17 내지 19, 22 내지

25호증, 을 제2 내지 4, 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원의 OO대학교

치과병원장, OO대학교 OO병원장, OO대학교 치과병원장에 대한 각 사실조회회신

결과, 변론 전체의 취지

3) 판단

가) 판단의 전제

구 소득세법 시행령 제143조 제3항에 따른 기준경비율 방법에 따른 추계과세방법은 소득세법 시행령 제143조가 2000. 12. 29. 개정(2002. 1. 1. 시행)되면서 표준소득률 제도를 폐지하고 도입된 것으로, 이에 의하면 소득금액은 '수입금액 - 주요경비(매입비용 + 임차료 + 인건비) - 기준경비(수입금액 × 기준경비율)'로 산정된다. 이러한 기준경비율방식에서는 필요경비를 주요경비와 기준경비로 나누어 주요경비는 그 지출이 증빙서류에 의하여 객관적으로 증명된 경우에 필요경비로 인정하고, 나머지 기준경비는 추계에 의하여 산정하게 된다. 이처럼 장부가 없는 사업소득자의 소득금액을 추계함에 있어서, 총수입금액에 표준소득률을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 하던 종전 방식과 달리, 재료비・인건비 등 주요경비는 지출증빙이 있는 경우에만 비용으로 인정하여 소득금액을 계산하도록 하는 기준경비율제도를 도입한 취지는 사업자의 장부기장을 저해하고 고소득 자영업자의 절세수단으로 이용되고 있는 표준소득률 제도의 폐지를 통하여 기장문화 및 증빙에 의한 근거과세가 이루어질 수 있도록 하기 위함이다(구 소득세법 시행령 개정이유 참조). 따라서 기준경비율제도 하에서는 주요경비의 존재를 객관적인 증빙에 의하여 증명하지 않고 통계에 의한 평균치나 감정 등에 의한 추정치로 증명하는 것은 원칙적으로 허용되지 아니한다고 봄이 타당하다. 그렇지 않으면 기준경비율제도 하에서도 사업자는 장부나 증빙을 비치・기장하지 아니하였음에도 추정 또는 감정을 통해 일정금액의 비용을 인정받을 수 있게 되어 기준경비율제도를 채택한 취지가 몰각되고, 근거과세의 원칙에도 반하게 되기 때문이다.

나) 인건비 부분

위 법리에 비추어 이 사안을 보건대, 다음과 같은 점에서 김신희 부분을 제외하고 원고가 주장하는 부외인건비를 주요경비로 공제하여야 한다는 주장은 받아들일 수 없다. 즉, ① 앞서 본 바와 같이 원고가 주장하는 급여 지급내역에 일관성이 없고, 이를 뒷받침하는 자료는 원고의 요청에 따라 사후에 작성된 고용의사 또는 직원이라고 주장하는 자들의 확인서(이 또한 그 내용에 일관성이 없음은 앞서 본 바와 같다)밖에 존재하지 않는다. ② 검사가 이 사건 차명계좌에서 출금한 수표의 사용내역 등에 비추어 누락 수입금액 중 일부가 인건비 등으로 지급되었다고 보아 포탈세액을 산정함에 있어 원고가 주장하는 부외인건비 대부분을 인정하였다고 하더라도, 이는 형사사건에서는 범죄사실에 관하여 합리적인 의심을 할 여지가 없을 정도로 엄격한 증명을 요하기 때문인 것으로서, 입증정도를 달리하는 행정사건에서 형사사건에서의 수사기관의 사실인정을 그대로 받아들일 수 없다. ③ 기준경비율을 채택한 소득세법 시행령의 추계방법 개정의 입법취지에 비추어, 원고가 실제로 급여를 지출한 사정이 보인다고 하더라도 구체적인 증빙자료를 갖추지 못한 이상, 이를 인정받지 못하는 불이익은 원고가 감수하여야 한다. 그렇지 않으면 누락한 수입금액에서 급여를 지출한 사정이 드러날 경우 그 구체적인 금액에 대한 증빙자료가 없더라도 원고가 주장하는 급여지급 내역을 모두 인정해야 하는 결과가 된다.

다만, 앞서 인정한 사실에다가 갑 제4호증의 기재, 증인 이AB의 일부 증언, 변론전체의 취지를 더하여 보면, 김QQ는 원고의 병원에서 간호사로서 야간 근무자로 일하면서 2009년부터 2012년까지 계좌이체를 통해 월 400만 원의 급여를 지급받아 왔으나 그 중 2009년도에 4,000만원만을 과세자료로 신고하였다고 인정되므로, 나머지 1억 5,200만 원은 2009년 내지 2012년 귀속 종합소득세를 추계 과세함에 있어 매입비용으로 공제함이 타당하다.

다) 재료비 부분

위 법리에 비추어 이 사안을 보건대, 다음과 같은 점에서 아래 구체적인 증빙자료에 의하여 인정되는 재료비를 제외하고, 양악수술 1건당 최소 재료비에 누락 환자수를 곱한 방식으로 산정한 부외재료비를 주요경비로 공제하여야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 즉, ① 아래에서 인정하는 부분 외에 원고가 재료비를 지출하였음을 뒷받침하는 구체적인 증빙자료가 존재하지 않는다. ② 원고는 원고에게 재료를 공급하였다는 증인 강AC의 증언과 양악수술을 시행하는 병원에 대한 사실조회결과, 경험칙 등에 비추어 최소한의 재료비를 인정하여 필요경비로 공제하여야 한다고 주장하나, 이러한 방식을 기준경비율에 따른 추계방식에서 허용하고 있지 않음은 앞서 본 바와 같다. ③ 원고는 이 사건 처분에 재료가 필수적으로 소요됨에도 필요경비를 0으로 인정하는 위법이 있다고도 주장하나, 기준경비율은 국세청장이 규모와 업황에 있어서 평균적인 기업에 대하여 업종과 기업의 특성에 따라 조사한 평균적인 경비비율을 참작하여 기준경비율 심의회의 심의를 거쳐 결정한 경비율로서(구 소득세법 시행령 제245조 참조), 기준경비율에 따른 비용을 공제하는 이상, 주요경비를 공제하지 않았다고 하여 소득금액을 추계함에 있어 수입금액에서 경비를 전혀 공제하지 않은 경우와 같다고 볼 수는 없다. 다만, 앞서 인정한 구체적인 증빙을 갖춘 재료비 합계 100,515,453원(= 14,400,000원+ 27,239,453원 + 6,955,000원 + 51,921,000원)은 2011년 귀속 종합소득세를 추계 과세함에 있어 주요경비로 공제함이 타당하다.

라) 정당한 세액의 계산

이에 따라 원고에 대한 정당한 세액을 계산하면, 별지 3 세액계산표 기재와 같이 2009년 귀속 종합소득세는 969,527,639원, 2010년 귀속 종합소득세는 1,815,795,490원, 2011년 귀속 종합소득세는 2,643,166,261원, 2012년 귀속 종합소득세는 108,375,268원이 된다.

마. 소결론

따라서 이 사건 처분 가운데 2009년 귀속 종합소득세 974,539,310원의 부과처분(가산세 포함) 중 969,527,639원을 초과하는 부분, 2010년 귀속 종합소득세 1,844,030,050원의 부과처분(가산세 포함) 중 1,815,795,490원을 초과하는 부분, 2011년 귀속 종합소득세 2,724,817,110원의 부과처분(가산세 포함) 중 2,643,166,261원을 초과하는 부분, 2012년 귀속 종합소득세 134,398,700원의 부과처분(가산세 포함) 중 108,375,268원을 초과하는 부분은 모두 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 청구

는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.